Néanmoins, en 1788 seulement, après la mort de Buffon, il obtint de prendre place parmi les administrateurs du Jardin des Plantes, comme adjoint à Daubenton, «pour la garde des herbiers du roi», et demeura dans cette situation précaire, qui lui fut même âprement disputée, aux appointements de 1.800 livres, avec une femme et six enfants, jusqu'au décret de la Convention, en date du 10 juin 1793, qui transforma l'établissement en Muséum d'histoire naturelle.
Ce décret instituait, pour l'étude de toute la zoologie, deux chaires seulement: l'une affectée à l'histoire naturelle des quadrupèdes, des cétacés, des reptiles et des poissons; l'autre, à celle des insectes, des vers et des animaux microscopiques.
La première fut attribuée à Étienne Geoffroy-Saint-Hilaire, qui n'avait que vingt et un ans; la seconde, dont personne ne se souciait, parce que, selon l'expression de Michelet, elle avait pour objet l'inconnu, fut offerte à Lamarck; il l'accepta, bien qu'il fût âgé de quarante-neuf ans, qu'il se fût, jusque-là, principalement occupé de botanique, et qu'il n'eût d'autres titres à faire valoir, qu'une collection de coquilles, qu'il avait soigneusement formée en participant aux recherches de Bruguières; il est vrai que cette collection était fort rare, qu'elle était le produit de longues études, et que le gouvernement, instruit de sa valeur scientifique, en fit, ultérieurement, l'acquisition au prix de 5.000 livres.
«La loi de 1793, dit Étienne Geoffroy-Saint-Hilaire, avait prescrit que toutes les parties des sciences naturelles seraient également enseignées. Les insectes, les coquilles et une infinité d'êtres, portion encore presque inconnue de la création, restaient à prendre. De la condescendance à l'égard de ses collègues, membres de l'administration, et, sans doute aussi, la conscience de sa force déterminèrent M. de Lamarck: ce lot si considérable et qui doit entraîner dans des recherches sans nombre, ce lot délaissé, il l'accepta; résolution courageuse qui nous a valu d'immenses travaux et d'importants ouvrages»[1].
En effet, la portion du monde animal, dont l'étude échut à Lamarck, constituait la masse immense, confuse et ténébreuse, de ce qu'on nommait, vicieusement, depuis Linné, les animaux à sang blanc, et Lamarck, le premier, introduisit l'ordre et la lumière dans cette multitude inexplorée, en opérant des découvertes mémorables que je préciserai plus opportunément, lorsque j'apprécierai ses travaux biotaxiques.
Je noterai simplement ici que, doué d'une prodigieuse activité, il ouvrit son cours, en 1794, après dix mois de préparation, et que, d'année en année, il établit graduellement la classification des invertébrés sur des bases que la postérité s'est bornée à perfectionner, sans jamais les ébranler; car le monument scientifique qu'il a, de la sorte, édifié, est fait comme le disait Cuvier, «pour durer autant que les objets sur lesquels il repose».
Pour aboutir à ce grand résultat, Lamarck manipula, disséqua, compara une prodigieuse quantité d'êtres divers; leur contemplation familière fit surgir en lui des idées générales relatives à leur commune origine et à leur généalogie, autant qu'à leur similitude.
Il consigna le fruit de ses premières méditations sur ce difficile problème philosophique:
1o Dans le discours d'ouverture de son cours, prononcé le 21 Floréal an VIII, et publié en 1801, avec la première édition du Système des animaux sans vertèbres;
2o Dans un ouvrage de 1802, intitulé: Recherches sur l'organisation des corps vivants, et particulièrement sur son origine, sur la cause de ses développements et des progrès de sa composition, où il esquisse un tableau du règne animal, destiné à montrer la dégradation progressive des organes spéciaux jusqu'à leur anéantissement.