Cependant, cette catastrophe n'abattit pas Lamarck, chez qui l'énergie, nous l'avons dit, était à la hauteur du génie scientifique; en 1820, à l'âge de 76 ans, il eut encore assez de vigueur d'esprit et de sérénité pour dicter son testament philosophique qui parut, la même année, sous le titre de Système analytique des connaissances positives de l'homme, restreintes a celles qui proviennent directement ou indirectement de l'observation.
Ses dernières années, seules, furent assombries par la mélancolie, que des soucis matériels, causés par la perte du très modeste patrimoine qu'il avait épargné, aggravèrent encore.
La fortune ne sourit donc jamais à cet infatigable travailleur, dont le génie pourtant ne cessa de suivre une marche ascendante, comme l'atteste, notamment, la comparaison de la Philosophie zoologique (1809), et de la magistrale introduction de l'Histoire naturelle des animaux sans vertèbres (1815).
«Lamarck, dit Etienne Geoffroy-Saint-Hilaire, pour arriver à la démonstration du principe vrai de la variabilité des formes chez les êtres organisés, produisit trop souvent des preuves surabondantes, exagérées et pour la plupart erronées, que ses adversaires, habiles à saisir le côté faiblissant de ses talents, s'empressèrent de relever et de mettre en lumière. Attaqué de tous côtés, injurié même par d'odieuses plaisanteries, Lamarck, trop indigné pour répondre à de sanglantes épigrammes, en subit l'épreuve avec une douloureuse patience. Je me garderai d'insister sur ces souvenirs; j'aurais trop d'accusations à porter. Lamarck vécut longtemps pauvre et délaissé, non de moi; je l'aimai et le vénérai toujours. Sa fille, nouvelle Antigone, vouée aux soins les plus généreux de la tendresse filiale, soutenait son courage et consolait sa misère par ces seuls mots: La postérité vous honorera, vous vengera».
Et Cuvier lui-même traduit en ces termes le respect profond que le beau caractère de Lamarck imposait à tous: «Sa vie retirée, suite des habitudes de sa jeunesse, sa persistance dans des systèmes peu d'accord avec les idées qui dominaient dans les sciences, n'avaient pas dû lui concilier la faveur des dispensateurs de grâces; et lorsque les infirmités sans nombre, amenées par la vieillesse, eurent accru ses besoins, toute son existence se trouva à peu près réduite au modique traitement de sa chaire. Les amis des sciences, attirés par la haute réputation que lui avaient value ses ouvrages de botanique et de zoologie, voyaient ce délaissement avec surprise; il leur semblait qu'un gouvernement protecteur des sciences aurait dû mettre un peu plus de soin à s'informer de la position d'un homme célèbre; mais leur estime redoublait à la vue du courage avec lequel ce vieillard illustre supportait les atteintes de la fortune et celles de la nature; ils admiraient surtout le dévouement qu'il avait su inspirer à ceux de ses enfants qui étaient demeurés auprès de lui: sa fille aînée, entièrement consacrée aux devoirs de l'amour filial pendant des années entières, ne l'a pas quitté un instant, n'a pas cessé de se prêter à toutes les études qui pouvaient suppléer au défaut de la vue, d'écrire, sous sa dictée, une partie de ses derniers ouvrages, de l'accompagner, de le soutenir, tant qu'il a pu faire encore quelque exercice, et ces sacrifices sont allés au-delà de tout ce que l'on pourrait exprimer: depuis que le père ne quittait plus la chambre, la fille ne quittait plus la maison; à sa première sortie, elle fut incommodée par l'air libre dont elle avait perdu l'usage. S'il est rare de porter à ce point la vertu, il ne l'est pas moins de l'inspirer à ce degré et c'est avoir ajouté à l'éloge de M. de Lamarck que d'avoir raconté ce qu'ont fait pour lui ses enfants»[4].
Lamarck mourut en 1829, à l'âge de 85 ans; il laissait sans ressources ses deux filles et collaboratrices, qu'une tendre affection avait rendues plus clairvoyantes que tous les savants contemporains, à l'égard du génie de leur père.
«J'ai vu moi-même en 1832, dit M. Martins, auteur d'une réédition de la Philosophie zoologique[5], Mademoiselle Cornélie de Lamarck attacher, pour un mince salaire, sur des feuilles de papier blanc, les plantes de l'herbier du Muséum, où son père avait été professeur. Souvent, des espèces, nommées et décrites par lui, ont dû passer sous ses yeux, et ce souvenir ajoutait sans doute à l'amertume de ses regrets. Fille d'un ministre ou d'un général, les deux sœurs eussent été pensionnées par l'État; mais leur père n'était qu'un grand naturaliste honorant son pays dans le présent et dans l'avenir, elles devaient être oubliées et le furent en effet.»
D'autre part, si l'on excepte le discours ému, mais très bref, qu'Étienne Geoffroy-Saint-Hilaire prononça au cimetière Montparnasse[6], le 20 décembre 1829, le seul hommage véritable qu'on rendit à la grandeur de l'œuvre de Lamarck, à l'époque de sa disparition, fut de dédoubler la chaire dont il était titulaire au Muséum. L'entomologie fut attribuée à Latreille et la conchyologie à de Blainville, parce que le développement immense que le fondateur avait donné à l'objet primitif de cette chaire était désormais hors de proportion avec la capacité d'un professeur unique.
En effet, on ne peut, aujourd'hui, décemment considérer, comme une justice rendue à Lamarck, l'éloge que Cuvier, l'irréconciliable champion de la théorie de la fixité des espèces, avait préparé et qui fut lu, après sa mort, par le baron Sylvestre, à la séance de l'Institut du 26 novembre 1832[7].
Cet éloge, dont la lecture publique ne fut, du reste, possible que grâce à la suppression préalable de plusieurs passages trop acrimonieux, ne s'adresse qu'au naturaliste descriptif et au classificateur; il ne parle du philosophe qu'avec une impertinence académique, en l'assimilant à ces hommes qui «croient pouvoir devancer l'expérience et le calcul et construisent laborieusement de vastes édifices sur des bases imaginaires, semblables à ces palais enchantés de nos vieux romans que l'on faisait évanouir en brisant le talisman dont dépendait leur existence.»