En réalité, parmi les penseurs de la première moitié du XIXe siècle, Auguste Comte est le seul qui reconnut la puissante originalité de Lamarck et qui signala toute l'importance philosophique que ses théories présentaient pour l'entreprise et la direction des travaux biologiques ultérieurs.
Auguste Comte éprouvait la plus vive admiration pour Lamarck; il parle, fréquemment, avec une sorte d'enthousiasme, «de la hardiesse de son beau génie philosophique»; il oppose «la noble persistance de ce penseur, octogénaire et aveugle, à la rétrogradation de Blainville, en politique et même en science»; il donne une large place à l'appréciation de sa tentative de constitution de l'échelle animale, dans ses considérations générales sur la philosophie biotaxique[8]; il le proclame fondateur de la théorie des milieux et de la modificabilité[9]; enfin, il a fait figurer la Philosophie zoologique parmi les monuments de la pensée humaine, dont la postérité doit éternellement s'inspirer, et il inscrivit le nom de Lamarck dans son calendrier des grands hommes, dans le mois consacré à la commémoration des divers procréateurs de la science moderne, et dans la semaine réservée aux biologistes.
Préoccupé de l'amélioration organique des végétaux, des animaux et de l'homme, Auguste Comte a même proposé d'appliquer d'une manière, au moins curieuse, les théories de Lamarck; «sous la double influence de l'exercice individuel et de la transmission héréditaire, la vraie providence (c'est-à-dire la providence humaine), lui semblait pouvoir étendre la variation normale des espèces jusqu'à la transformation complète des herbivores en carnivores[10], dans le but de perfectionner l'intelligence de nos auxiliaires et spécialement celle du cheval».
D'autre part, «le principe irrécusable de Lamarck sur l'influence nécessaire d'un exercice homogène et continu, pour produire dans tout organisme animal, et surtout chez l'homme, un perfectionnement organique, susceptible d'être graduellement fixé dans la race, après une persistance suffisamment prolongée», lui paraît propre à expliquer à la fois, «la plus grande aptitude naturelle aux combinaisons d'esprit que présentent les peuples très civilisés, indépendamment de toute culture quelconque», et la prépondérance croissante, chez ces mêmes peuples, des plus nobles penchants de notre nature[11].
Néanmoins, Auguste Comte ne rendit à Lamarck qu'une justice partielle, parce qu'il professait «qu'on ne saurait se refuser d'admettre, comme une grande loi naturelle, la tendance essentielle des espèces vivantes à se perpétuer indéfiniment avec les mêmes caractères principaux, malgré la variation du système extérieur de leurs conditions d'existence»[12].
C'est pourquoi, tout en reconnaissant, selon sa propre méthode, qu'aucun problème n'est jamais nettement formulé, tant qu'on n'en fournit pas une première solution approximative, et que Lamarck eut le mérite de poser, sous cette forme, le problème de l'influence exercée par les milieux sur les êtres vivants, Auguste Comte considère, comme purement subjectives et même comme «naïves», les idées de Lamarck sur l'évolution continue des espèces.
Finalement, les conceptions magistrales de Lamarck semblaient devoir rester enfouies, avec lui, dans les ténèbres de la tombe, lorsque parut, en 1859, le livre de Darwin sur l'Origine des Espèces.
Ce livre fut le point de départ d'un ébranlement scientifique et philosophique, universel, relativement aux questions qui avaient fait l'objet incessant des méditations du grand naturaliste dont nous venons de retracer l'existence laborieuse.
La Philosophie zoologique et son complément, l'introduction de l'Histoire naturelle des animaux sans vertèbres, furent alors exhumés, et le génie de Lamarck resplendit enfin dans tout son éclat; on peut même, sans exagération, dire qu'à plusieurs égards il éclipse, aujourd'hui, celui de Darwin, non seulement à cause de son antériorité, mais en raison de l'ampleur et de l'importance supérieures des sujets sur lesquels il s'est exercé.
C'est du moins ce qui ressortira, je l'espère, de l'appréciation des principales théories biologiques de Lamarck, à laquelle je vais maintenant procéder, en dégageant préalablement les idées directrices et la philosophie qui les inspirèrent; car elles jettent une vive lumière sur l'ensemble de son œuvre, dont toutes les parties s'enchaînent, et permettent d'en mieux scruter les profondeurs.