Les émissaires envoyés secrètement par le Mahdi auprès de la population d’El Obeïd eurent un meilleur sort et plus de succès. En effet, la plus grande partie des habitants quittèrent la ville pour se joindre au Mahdi. Cette résolution provenait surtout de leur haine personnelle contre ceux qui étaient à la tête du Gouvernement, notamment contre Mohammed Saïd et Ahmed bey Dheifallah; en outre, la raison qui amenait de toutes parts au Mahdi tant de partisans résidait surtout dans le sentiment qu’on avait de la faiblesse du Gouvernement.
Le Mahdi écrivait à tous d’abandonner simplement ce qu’ils possédaient et de venir à lui tels qu’ils se trouvaient; leurs biens leur seraient rendus après la prise d’El Obeïd. Ainsi fut fait et dans la nuit du 5 au 6 septembre les habitants quittèrent la ville et se rendirent au camp des rebelles.
Mohammed Pacha avait suivi les conseils de Dheifallah et partagé la ligne de défense en plusieurs sections, considérant comme sans danger pour lui le quartier des marchands.
Lorsque, le 6 septembre au matin il trouva cette partie de la ville abandonnée, il ordonna aux soldats, de transporter dans les granges de la place tout le blé amassé dans les maisons; les soldats s’empressèrent d’obéir, tout heureux de trouver une occasion de s’approprier tout ce qu’ils purent des biens laissés par les fugitifs.
Le Mahdi fit une courte proclamation, appelant ses partisans à la guerre sainte, et leur promettant les biens terrestres dans ce monde et les joies célestes dans l’autre.
Dans la matinée du vendredi, 8 septembre, les hordes sauvages du Mahdi se dirigèrent en masses compactes vers El Obeïd. Elles n’étaient armées que de lances et d’épées, ne voulant pas vaincre avec d’autres armes. Les autres instruments de guerre pris sur Rachid bey et Shellali avaient été laissés à Gebel Masa.
Mais bien que les Remington des soldats fissent un effet merveilleux sur les assaillants qui étaient abattus par milliers; les fanatiques, altérés de sang et de butin, et marchant sur des monceaux de cadavres, franchirent d’assaut les remparts, trop peu élevés, et pénétrèrent dans la ville. En ce moment critique, le premier major Nesim effendi, un Tcherkesse gardant un sang-froid admirable, fit donner le signal de «montez». Toutes les trompettes retentirent; en un instant, les soldats se trouvaient sur les toits des maisons qui ne se composaient guère que d’un rez-de-chaussée et sur la terrasse de la caserne; de là, ils ouvrirent un feu meurtrier sur les Mahdistes. Ceux-ci ne pouvant atteindre avec leurs lances et leurs épées les soldats debout sur les toits, furent tués par milliers, prirent la fuite hors des remparts et ne s’arrêtèrent que lorsqu’ils furent arrivés hors de la portée des balles.
La première attaque pour laquelle l’ennemi fanatisé avait réuni toutes ses forces était donc brillamment repoussée par la vaillante garnison d’El Obeïd. Le frère du Mahdi, Mohammed, le frère du calife Abdullahi, Youssouf, étaient au nombre des morts et avec eux le premier cadi et de nombreux émirs (chefs).
Le Mahdi lui-même s’était pendant l’attaque tenu à l’écart, derrière une ferme isolée, hors de portée des coups de feu. Ah! si Mohammed Pacha Saïd avait suivi les pressants conseils d’Ahmed bey Dheifallah, et avait exécuté une sortie pendant la mêlée générale, peut-être, probablement même, il aurait anéanti d’un coup, d’un seul coup toute la révolution, en tuant le Mahdi lui-même. Mais, Mohammed Pacha se contenta du succès remporté, ne croyant pas que le Mahdi put rassembler de sitôt une armée aussi considérable, et comptant bien que Khartoum lui enverrait les secours promis depuis si longtemps.