Zobeïr, le conquérant du pays, éprouvait quelque ressentiment en voyant que le Gouvernement n’avait pas eu pleine confiance en lui; de son côté, Ismaïl, désireux de se débarrasser de la présence de Zobeïr, lui donna l’ordre d’aller occuper Dara et Shakka avec ses troupes. Zobeïr, irrité, envoya de Dara par El Obeïd un message à S. A. le Khédive, lui demandant l’autorisation d’aller au Caire. Cette permission lui fut immédiatement accordée, ainsi qu’à tous ceux qui désiraient l’accompagner.
Zobeïr ayant désigné pour le remplacer son jeune fils Soliman, partit sur le champ emmenant avec lui un grand nombre d’esclaves des deux sexes et des cadeaux de prix. Après avoir traversé Khartoum et Korosko, il arriva au Caire où il fut cordialement reçu. Il exposa aussitôt au Khédive ses griefs contre Ismaïl Ayoub Pacha. Ce dernier mandé à son tour, fit plusieurs dépositions qui n’étaient pas à l’avantage de Zobeïr, si bien que tous les deux furent gardés au Caire. Cependant, Hasan Pacha Hilmi el Djoeser avait été désigné comme représentant du Gouvernement au Darfour par Ismaïl Pacha Ayoub. Les habitants de la contrée, fatigués du gouvernement arbitraire du sultan, soupiraient après un changement. Mais ils s’aperçurent bientôt qu’ils étaient tombés de Charybde en Scylla et auraient préféré des rois qui les eussent châtiés, aux fonctionnaires peu scrupuleux qui affluaient dans la contrée.
Bientôt le plus amer mécontentement se répandit dans le pays, le Darfour se révolta et la population choisit pour sultan Haroun er Reschid, le fils de Sef ed Din tué à la bataille de Kabkabia. On prit secrètement la résolution de s’emparer de plusieurs places fortes appartenant au Gouvernement et, dans un espace de temps incroyablement court, les villes de Dara, Fascher, Kabkabia et Kolkol furent serrées de près, alors que le pays se déclarait soumis au successeur de ses anciens maîtres, le Sultan Haroun dont nous venons de parler.
A Fascher, le fort subit deux assauts si sérieux que le gouverneur sentant qu’il ne pouvait plus tenir, avait déjà tout préparé pour détruire le magasin de poudre et se faire sauter lui-même avec sa garnison. Il réussit pourtant, après un combat désespéré, à chasser l’ennemi de la position.
Cependant, les autorités de Khartoum envoyaient à la hâte des troupes sous les ordres de Abd er Razzak qui reçut des renforts à El Obeïd. Il s’avança à marche forcée sur le Darfour. A Brusch, à mi-chemin entre Omm Shanger et Fascher, il infligea une cruelle défaite aux rebelles.
Peu de jours après, Fascher était délivré, des renforts étaient expédiés à Dara, Kabkabia et Kolkol; et le pays rentrait sous la domination du Gouvernement égyptien.
Après le rappel d’Ismaïl Ayoub Pacha, Gordon, nommé gouverneur général du Soudan, jugea nécessaire de visiter le Darfour nouvellement conquis. Et de fait, quand il arriva à Fascher, à Kabkabia et à Kolkol, la révolte n’était encore qu’en partie réprimée. Malgré cela, Gordon voyageait, et dans son voyage à travers le pays il se trouva fréquemment dans des positions extrêmement dangereuses, d’où il sortit toujours grâce à sa présence d’esprit et à son grand courage. De Fascher, Gordon se rendit à Dara; par sa bonté, par sa sympathie, par sa libéralité, il gagna une grande partie de la population. Avec une poignée d’hommes et avec l’aide de quelques Arabes Risegat, il dompta complètement la tribu des Mima, célèbres par leur vaillance, et celle des Khauabir, et, peu à peu, grâce à ses efforts, la paix fut rétablie dans le pays.
Le Sultan Haroun, avec quelques partisans, chercha refuge dans les montagnes de Marrah, dont l’accès est très difficile. Hasan Pacha Hilmi l’y poursuivit, le battit deux fois, à Mortal et à Mortafal et le força à se retirer à Niurnja.
Gordon cherchait à gagner au Gouvernement la population du territoire soumis et à calmer les esprits excités. Son premier acte fut de remettre la majeure partie des impôts, qui, à cause de la guerre, n’avaient pu être payés. Il donna les instructions les plus sévères aux fonctionnaires afin qu’ils se comportassent avec douceur envers le peuple, les prévenant que toute désobéissance à ses ordres serait punie très sévèrement.