Le moment était donc mauvais à Gallabat et dans le Ghedaref. L’entretien et la nourriture de l’armée, déjà réduite à environ 8000 hommes, offraient de grandes difficultés. Le calife, informé de ces faits, ordonna à Zeki Tamel de laisser comme garnison à Gallabat, 2000 hommes sous les ordres d’Ahmed woled Ali, un cousin du calife, et de marcher avec le reste, soit 6000 hommes, contre les Shillouk et les Dinka et d’assiéger Faschoda. Zeki Tamel quitta alors Gallabat, passa le Nil Bleu près de Woled Medine et traversa le Ghezireh jusqu’à Kaua où l’attendaient les bateaux arrivés d’Omm Derman.
Zeki Tamel, d’une bravoure personnelle extraordinaire et connu pour sa générosité était un Taasha. Son grand-père était un esclave arabe libéré. Il tenait ses soldats très sévèrement et punissait souvent de mort les plus petites infractions à la discipline. Il se fit ainsi détester particulièrement par ses émirs qui, en raison de ses procédés draconiens, avaient souvent à déplorer la perte des hommes les plus capables.
Il s’embarqua à Kaua et se rendit directement à Faschoda. Le mek des Shillouk crut que Zeki allait pour soutenir Redjaf, ainsi que les bateaux qui avaient passé précédemment; mais, lorsqu’il le vit débarquer en terre ferme, il s’enfuit, surpris et effrayé. Poursuivi, il fut fait prisonnier et exécuté, ayant refusé d’indiquer l’endroit où il avait caché les sommes d’argent gagnées dans son commerce de blé depuis plusieurs années.
Les Shillouk, la tribu nègre la plus brave du Soudan égyptien, se rassemblèrent alors au sud et au nord de Faschoda et défendirent leur patrie et leur liberté avec un courage digne d’admiration. Les soldats de Zeki, habitués au combat et armés de fusils Remington, remportèrent toutefois la victoire après de nombreux combats sanglants dans lesquels les Shillouk, armés seulement de lances, rompirent souvent les rangs de l’ennemi et lui infligèrent de grosses pertes; vaincus, ils prirent la fuite. Les survivants se dispersèrent avec leurs familles dans le pays et furent poursuivis par Zeki; une grande partie tomba entre ses mains. Il fit passer au fil de l’épée tous les hommes dont il put s’emparer; les femmes, les jeunes filles et les enfants furent seuls chargés comme butin sur les bateaux et emmenés à Omm Derman. Le calife fit conduire tous les garçons dans une maison spéciale où ils furent élevés pour devenir des moulazeimie; il choisit les plus belles jeunes filles pour sa maison et pour en faire cadeau à ses parents ou à ses partisans préférés, puis fit vendre le reste aux enchères par le Bet el Mal. Des milliers de pauvres créatures furent amenées à Omm Derman tandis que beaucoup succombèrent pendant la marche, aux fatigues du voyage et au climat auquel elles n’étaient pas habituées. Les femmes des Shillouk, élevées en pleine liberté, ne purent que difficilement s’habituer à la vie, dans la ville malpropre où des centaines de mille hommes demeuraient entassés; beaucoup d’entre elles périrent. A cause de leur grand nombre, le prix en devint si réduit, que des esclaves nouvellement arrivés furent livrés souvent pour 8 à 20 écus, valeur d’Omm Derman.
Tandis que Zeki laissait Ahmed woled Ali à Gallabat, son frère Hamed woled Ali était nommé émir de Kassala. Cupide comme pas un, il prit aux gens, amis ou ennemis, leurs biens et leurs troupeaux, en sorte que les tribus arabes de l’est, des Hadendoa, des Halenka et des Beni Amer, qui avaient justement conquis Kassala pour le Mahdi, se révoltèrent et, se dirigeant sur Massaouah se placèrent sous la protection de l’Italie.
L’année de la famine fit le reste, en sorte que la tribu des Shoukeria, qui appartenait pour la plus grande partie à Kassala, périt presque entièrement. Comme les environs de Kassala avaient été abandonnés par les habitants échappés à la mort, il devint à la fin très difficile à la garnison elle-même de s’approvisionner. Le calife qui redoutait une marche en avant des Italiens, et qui considérait Kassala comme son boulevard, fut très irrité contre Hamed woled Ali, son cousin auquel il attribuait la principale responsabilité de la ruine du pays. Il le rappela à Omm Derman et lui infligea comme punition d’accomplir chaque jour les cinq prières dans la djami. Il mit à sa place Haggi Mohammed Abou Gerger qui avait été autrefois adjoint à Osman Digna.
Ce dernier, auquel la plus grande partie du Soudan oriental obéissait, avait réussi à soumettre la plupart des tribus arabes et il menaçait même Souakim, déjà depuis plusieurs années. Il soutint des combats continuels avec les troupes du Gouvernement. Un jour le sirdar actuel de l’armée égyptienne, Sir Herbert Kitchener Pacha, alors gouverneur du Soudan, surprit le camp de Digna établi dans le voisinage de la ville, et fut grièvement blessé. Osman Digna s’était retranché dans le voisinage de Souakim à Handoub et menaçait sans cesse la ville, jusqu’à ce qu’enfin le Gouvernement résolut d’envoyer des troupes pour le chasser de sa position.
Il se retira à Tokar où il avait établi déjà depuis longtemps son quartier général, et de ce point inquiéta, par ses incursions, la tribu des Omarar qui lui était hostile. Par sa sévérité exagérée et ses combats continuels, Osman Digna avait presque entièrement perdu son ancienne popularité; plusieurs de ses partisans commençaient à murmurer secrètement contre ses ordres. Le calife l’apprit et comme il tenait davantage à consolider son nouvel empire, qu’à suivre strictement les enseignements du Mahdi, il désira qu’Osman Digna «relâchât un peu la corde trop tendue» (proverbe arabe). Il désigna Mohammed Khalid pour porter ce message à Osman Digna.
Après avoir été privé de ses biens par Abou Anga et mis aux fers dans le Kordofan pendant une année, Mohammed Khalid avait été amené à Omm Derman, où le calife lui pardonna, lui rendit même une partie de sa fortune, et le soutint de ses propres moyens.
Il avait longtemps accompli avec le calife et dans son voisinage toutes les prières quotidiennes et s’était séparé même d’une façon ostensible du parti de ses parents auxquels il reprochait leur maladresse et leur ingratitude. Le calife qui avait privé les parents du Mahdi de toutes les places, abaissé toute leur influence, voulut toutefois sauver les apparences et donner au moins une position à l’un d’entre eux qu’il désirait s’attacher de cette manière. C’est pourquoi il nomma Mohamed Khalid comme son représentant personnel auprès d’Osman Digna. Mohammed Khalid s’acquitta pour le mieux de sa mission. Bientôt après, le calife l’envoya à Abou Hammed pour qu’il élaborât un rapport sur les dispositions des Ababda, qui étaient sujets du Gouvernement égyptien mais se trouvaient en contact continuel avec les tribus frontières mahdistes de la province de Berber.