L'affaire était de la plus haute importance. D'après la lettre de la réserve ecclésiastique, l'électeur avait perdu par cette apostasie tous ses droits à l'archevêché; et, si les catholiques étaient jamais intéressés à faire exécuter la réserve, c'était surtout lorsqu'il s'agissait d'un électorat. D'un autre côté, il était bien dur de renoncer au pouvoir suprême, et cela coûtait plus encore à la tendresse d'un époux qui aurait tant désiré de donner plus de prix à l'offre de son cœur et de sa main par l'hommage d'une principauté. La réserve ecclésiastique était d'ailleurs un point litigieux du traité d'Augsbourg, et toute l'Allemagne protestante jugeait d'une extrême importance d'enlever au parti catholique ce quatrième électorat. Déjà l'exemple d'actes pareils avait été donne, et avec un heureux succès, dans plusieurs bénéfices ecclésiastiques de la basse Allemagne. Plusieurs chanoines de Cologne étaient dès lors protestants et tenaient pour l'électeur; dans la ville même, il pouvait compter sur de nombreux adhérents de la même religion. Tous ces motifs, auxquels les encouragements de ses amis et de ses proches, et les promesses de plusieurs cours allemandes donnaient encore plus de force, décidèrent l'électeur à garder son archevêché, même après son changement de religion.
Mais on vit bientôt qu'il avait entrepris une lutte au-dessus de ses forces. En permettant le libre exercice du culte évangélique dans le pays de Cologne, il avait déjà provoqué la plus violente opposition de la part des chanoines et des membres des états. L'intervention de l'empereur et l'anathème de Rome, qui l'excommuniait comme apostat et le dépouillait de toutes ses dignités ecclésiastiques et séculières, armèrent contre lui ses États et son chapitre. Gebhard leva des troupes; les chanoines en firent autant. Pour s'assurer promptement un puissant soutien, ils se hâtèrent de nommer un nouvel électeur, et le choix tomba sur l'évêque de Liége, prince de Bavière.
Alors commença une guerre civile, qui pouvait aisément aboutir à une rupture générale de la paix dans l'Empire, vu le grand intérêt que devaient prendre à cet incident les deux partis qui divisaient l'Allemagne. Les protestants s'indignaient surtout que le pape eût osé, en vertu d'un prétendu pouvoir apostolique, dépouiller de ses dignités impériales un prince de l'Empire. Même dans l'âge d'or de leur domination spirituelle, les papes s'étaient vu contester ce droit: combien plus dans un siècle où, au sein d'un parti, leur autorité était entièrement tombée et ne reposait chez l'autre que sur de très-faibles appuis! Toutes les cours protestantes d'Allemagne intervinrent énergiquement à ce sujet auprès de l'empereur. Henri IV, qui n'était encore alors que roi de Navarre, ne négligea aucune voie de négociations pour recommander avec instance aux princes allemands de maintenir leurs droits. Le cas était décisif pour la liberté de l'Allemagne. Quatre voix protestantes contre trois voix catholiques, dans le collége des électeurs, faisaient nécessairement pencher la balance en faveur des protestants et fermaient pour toujours à la maison d'Autriche l'accès du trône impérial.
Mais l'électeur Gebhard avait embrassé la religion réformée, et non la luthérienne: cette seule circonstance fit son malheur. L'animosité qui régnait entre ces deux Églises ne permit pas aux princes évangéliques de le regarder comme un des leurs et de l'appuyer comme tel avec énergie. Tous l'avaient encouragé, il est vrai, et lui avaient promis des secours; mais un prince apanagé de la maison palatine, le comte palatin Jean Casimir, zélé calviniste, fut le seul qui lui tint parole. Malgré la défense de l'empereur, il accourut, avec sa petite armée, dans le pays de Cologne; mais il ne fit rien de considérable, parce que l'électeur, qui manquait même des choses les plus nécessaires, le laissa absolument sans aide. L'électeur nouvellement élu fit des progrès d'autant plus rapides, qu'il était puissamment soutenu par ses parents bavarois et par les Espagnols, qui le secoururent des Pays-Bas. Les soldats de Gebhard, laissés sans paye par leur maître, livrèrent à l'ennemi une place après l'autre; d'autres furent obligées de capituler. Gebhard se maintint un peu plus longtemps dans ses États de Westphalie, jusqu'à ce qu'il fut contraint là aussi de céder devant des forces supérieures. Après avoir fait pour son rétablissement plusieurs tentatives inutiles en Hollande et en Angleterre, il se retira dans l'évêché de Strasbourg, où il mourut doyen du chapitre: première victime de la réserve ecclésiastique ou plutôt du défaut d'harmonie entre les protestants d'Allemagne!
A cette querelle de Cologne s'en rattacha bientôt une autre dont Strasbourg fut le théâtre. Plusieurs chanoines protestants de Cologne, atteints de l'anathème papal en même temps que l'électeur, s'étaient réfugiés dans l'évêché de Strasbourg, où ils possédaient des prébendes. Les chanoines catholiques se faisant scrupule, vu qu'ils étaient proscrits, de leur en permettre la jouissance, ils se mirent eux-mêmes en possession, de leur autorité privée et par la force, et un puissant parti protestant de la bourgeoisie de Strasbourg leur donna bientôt la supériorité dans le chapitre. Les chanoines catholiques s'enfuirent à Saverne; là, sous la protection de leur évêque, ils continuèrent de tenir leur chapitre, comme le seul régulier, et déclarèrent intrus les chanoines restés à Strasbourg. Cependant ceux-ci s'étaient renforcés par l'admission de plusieurs membres protestants de haute naissance, si bien qu'à la mort de l'évêque, ils osèrent en présenter un nouveau dans la personne d'un prince protestant, Jean-Georges de Brandebourg. Les chanoines catholiques, loin d'accepter ce choix, présentèrent l'évêque de Metz, prince lorrain, qui signala aussitôt son élection par des hostilités sur le territoire de Strasbourg.
La ville de Strasbourg ayant pris les armes pour le chapitre protestant et le prince de Brandebourg, et le parti contraire, soutenu par des troupes lorraines, cherchant à s'emparer des biens de l'évêché, il s'ensuivit une longue guerre, accompagnée, suivant l'esprit du temps, de barbares dévastations. Vainement l'empereur voulut interposer son autorité souveraine pour décider la querelle: les biens de l'évêché restèrent longtemps encore divisés entre les deux partis, jusqu'à ce qu'enfin le prince protestant abandonna ses prétentions pour un médiocre équivalent en argent. Ainsi l'Église catholique sortit encore triomphante de cette affaire.
Ce différend était à peine terminé, qu'il se passa à Donawert, ville impériale de Souabe, un événement plus inquiétant encore pour toute l'Allemagne protestante. Dans cette ville, jusque-là catholique, le parti protestant avait pris, par les voies accoutumées, une telle prépondérance, sous les règnes de Ferdinand et de son fils, que les catholiques furent réduits à se contenter d'une église succursale dans le couvent de la Sainte-Croix et à dérober aux scandales de l'autre parti la plupart de leurs cérémonies religieuses. Enfin un abbé fanatique de ce couvent osa braver les sentiments populaires et ordonner une procession publique, avec la croix en tête et les bannières déployées; mais on le força bientôt de renoncer à son entreprise. L'année suivante, ce même abbé, encouragé par une déclaration favorable de l'empereur, ayant renouvelé cette procession, on se porta à des actes publics de violence. Comme la procession revenait, la populace fanatique ferma la porte aux religieux, abattit leurs bannières, et les accompagna chez eux avec des cris et des injures. Une citation impériale fut la suite de ces violences, et, le peuple furieux ayant menacé la personne des commissaires impériaux, toutes les tentatives d'accommodement amiable ayant échoué auprès de cette multitude fanatique, la ville fut mise formellement au ban de l'Empire, et le duc Maximilien de Bavière chargé d'exécuter la sentence. A l'approche de l'armée bavaroise, le découragement s'empara tout à coup de cette bourgeoisie naguère si arrogante, et elle posa les armes sans résistance. L'entière abolition du culte protestant dans ses murs fut le châtiment de sa faute. Donawert perdit ses priviléges, et, de ville impériale de Souabe, elle devint ville provinciale de Bavière.
Il y avait dans cette affaire deux circonstances qui devaient exciter au plus haut degré l'attention des protestants, quand même l'intérêt de la religion aurait eu pour eux moins de force. C'était le conseil aulique de l'Empire, tribunal arbitraire et entièrement catholique, dont ils contestaient d'ailleurs si vivement la juridiction, qui avait rendu la sentence, et l'on avait chargé de l'exécution le duc de Bavière, le chef d'un cercle étranger. Des actes si contraires à la constitution faisaient prévoir, de la part des catholiques, des mesures violentes qui pouvaient bien s'appuyer sur une entente secrète et un plan dangereux, et finir par la ruine entière de leur liberté religieuse.
Dans un état de choses où la force fait la loi, où toute sûreté repose sur le pouvoir, le parti le plus faible sera toujours le plus pressé de se mettre en défense. C'est ce qu'on vit alors en Allemagne. Si les catholiques avaient réellement formé quelques desseins hostiles contre les protestants, il était raisonnable de croire que les premiers coups seraient portés sur l'Allemagne du sud plutôt que sur celle du nord, parce que, dans la basse Allemagne, les protestants étaient liés entre eux, sans interruption, sur une grande étendue de pays, et pouvaient, par conséquent, se soutenir fort aisément les uns les autres; tandis que, dans la haute Allemagne, séparés de leurs coreligionnaires, entourés de tous côtés par les catholiques, ils étaient exposés sans défense à toute irruption. En outre, si, comme il était à présumer, les catholiques voulaient mettre à profit les divisions intestines des protestants et diriger leur attaque contre une seule secte, les calvinistes, qui étaient les plus faibles et d'ailleurs exclus du traité de paix, se trouvaient évidemment dans un danger plus prochain, et c'était sur eux que devaient tomber les premiers coups.
Les deux circonstances se rencontraient dans les États de l'électeur palatin: ils avaient dans le duc de Bavière un voisin redoutable, et leur retour au calvinisme ne leur permettait d'espérer ni la protection du traité de paix religieuse, ni de grands secours des membres évangéliques de l'Empire. Aucun pays d'Allemagne n'a éprouvé, en aussi peu d'années, des changements de religion aussi rapides que le Palatinat à cette époque. On vit, dans le court espace de soixante années, ce pays, malheureux jouet de ses maîtres, prêter deux fois serment à la doctrine de Luther, et deux fois l'abandonner pour celle de Calvin. D'abord l'électeur Frédéric III avait été infidèle à la confession d'Augsbourg, dont Louis, son fils aîné et son successeur, fit de nouveau, par un changement brusque et violent, la religion dominante. Les calvinistes furent dépouillés de leurs églises dans tout le pays; leurs ministres, et même les maîtres d'école de leur confession, furent bannis hors des frontières; ce prince évangélique si zélé les poursuivit jusque dans son testament, en ne donnant pour tuteurs à son fils encore mineur que des luthériens d'une sévère orthodoxie. Mais son frère, le comte palatin Jean Casimir, cassa ce testament illégal, et, en vertu de la bulle d'or, il prit possession de la tutelle et de toute l'administration. On donna au jeune électeur, Frédéric IV, âgé de neuf ans, des instituteurs calvinistes, à qui l'on recommanda d'extirper de l'âme de leur élève l'hérésie luthérienne, dussent-ils y employer les coups. Si l'on agissait de la sorte avec le maître, il est aisé de deviner comment on traitait les sujets.