Entre temps, bien des misères fondirent sur le pays. La famine et la peste dépeuplaient les villes et les villages. Les Tatars firent plusieurs incursions en Russie et, dans l'une de ces campagnes, ils brûlèrent même les faubourgs de Moscou et une grande partie de la capitale elle-même. Les Suédois firent une attaque du côté du Nord; Étienne Batory, élu par la diète après la mort de Sigismond, renouvela la guerre de Lithuanie et, malgré le courage des troupes russes, il les vainquit par son habileté et enleva à la Russie toutes les provinces occidentales. Le tzarévitch Jean qui prenait part aux atrocités que commettait son père, comprit néanmoins, cette fois, l'abaissement de l'État, et demanda au Tzar la permission de conduire des troupes contre Batory. Ivan crut voir dans cette demande l'intention de le détrôner et le Tzarévitch, sauvé autrefois par Sérébrany à la mare maudite, ne put échapper, cette fois, à une mort terrible. Dans un accès de rage, son père le tua d'un coup de son bâton ferré. On raconte que Godounof, qui s'était jeté entre eux, fut cruellement blessé par le Tzar et ne dut la vie qu'aux soins et à l'habileté médicale de Strogonof, négociant de Perm.
Après ce meurtre, Ivan, saisi d'un sombre désespoir, convoqua la Douma, déclara qu'il voulait entrer dans un monastère et ordonna d'élire un nouveau Tzar. Il céda néanmoins aux supplications des boyards et consentit à rester sur le trône, en se contentant de se confesser et d'envoyer de riches présents aux monastères. Mais peu de temps après, les supplices recommencèrent. Odesborn affirme dans ses écrits que Ivan condamna à mort, d'un seul coup, 2,300 personnes pour les punir d'avoir, soi-disant, livré plusieurs forteresses à l'ennemi, quoique Batory lui-même eût admiré leur courage.
Perdant ses provinces l'une après l'autre, serré de tous côtés par l'ennemi, voyant la désorganisation intérieure de l'État, Ivan fut cruellement frappé dans son orgueil; son extérieur s'en ressentit. Il se négligea dans sa tenue, sa haute taille s'affaissa, ses yeux devinrent ternes; sa mâchoire intérieure pendait comme chez un octogénaire et ce n'était qu'en présence d'étrangers qu'il faisait des efforts pour paraître tel qu'il était auparavant: il se redressait alors fièrement et jetait un regard soupçonneux sur son entourage pour savoir si l'on s'apercevait de sa décadence. Il était dans ces instants plus effrayant encore que dans sa pleine vigueur. Jamais Moscou n'avait éprouvé une pression aussi inexorable, une terreur aussi grande.
Au milieu de cette affliction générale, il arriva de l'extrême Orient une nouvelle inattendue qui ranima le courage des cœurs chancelants et changea en joie la douleur de la nation.
Des rives lointaines de la Kama arrivèrent à Moscou les notables commerçants Strogonof, parents de ce même marchand qui avait guéri Godounof. Ils avaient reçu en don du Tzar les terres inhabitées de la province de Perm et y demeuraient en seigneurs indépendants des lieutenants du lieu, ayant leur administration et leurs propres troupes, à l'unique condition de défendre la frontière contre les incursions des peuplades sauvages de la Sibérie, tributaires nouveaux et peu sûrs de la Russie. Inquiétés dans leurs redoutes en bois par le Khan Koutchoum, les Strogonof résolurent de franchir les monts Oural et d'attaquer l'ennemi chez lui. Pour donner à cette entreprise les meilleures garanties de succès, ils eurent recours à quelques chefs d'aventuriers qui ravageaient les rives du Volga et du Don. Ces principaux chefs étaient pour lors Iermak Timoiéef et Ivan Koltzo; ce dernier avait été jadis condamné à mort et s'était évadé des prisons du Tzar.
Ayant reçu une invitation, accompagnée de présents, des Strogonof, Iermak et Koltzo firent de nombreuses recrues sur les bords du Volga et se présentèrent devant les Strogonof. Quarante barques furent chargées de munitions en tout genre.
Ce petit détachement, après avoir fait dire des prières, s'embarqua sur la Tchousovaia et remonta avec de joyeuses chansons jusqu'aux sauvages montagnes de l'Oural. Battant partout les peuplades ennemies, transportant leurs barques d'une rivière à l'autre, les aventuriers parvinrent jusqu'à l'Irtich, où ils battirent et firent prisonnier le principal chef sibérien Mametkoul, et s'emparèrent de la ville de Sibérie, située sur les rives escarpées de l'Irtich. Ne se contentant pas de ce triomphe, Iermak poussa en avant, conquit tout le pays jusqu'à l'Oby et fit jurer, sur son sabre ensanglanté, aux peuplades conquises, fidélité au Tzar de toutes les Russies, Ivan Vasiliévitch. Ce fut alors seulement qu'il fit part de ses exploits aux Strogonof et qu'il envoya en même temps à Moscou Koltzo pour saluer en son nom le Tzar et lui offrir un nouveau royaume. Les Strogonof s'empressèrent d'aller porter cette bonne nouvelle au Tzar, et quelque temps après arriva l'ambassade d'Iermak.
Grande fut la joie à Moscou. Des Te Deum furent chantés dans toutes les églises, les cloches sonnèrent à toutes volées comme la nuit de Pâques.
Après avoir manifesté toute sa satisfaction aux Strogonof, le Tzar fixa le jour de la réception solennelle de l'envoyé d'Iermak.
Dans la grande salle du Kremlin, entouré de tout l'éclat de la majesté royale, Ivan Vasiliévitch était assis sur le trône, coiffé du bonnet de Monomaque, couvert de vêtements d'or, ornés de saintes images et de pierres précieuses. A sa droite se tenait le Tzarévitch Théodore, à sa gauche Boris Godounof. Autour du trône se tenaient les écuyers vêtus de caftans en satins blancs, bordés d'argent, avec des haches sur l'épaule. La salle était pleine de princes et de boyards.