Les souffrances que s'imposa Don Juan pour expier le nouveau crime qui avait fait périr le dernier membre de l'infortunée famille de Ojedo sont parmi les plus terribles que l'histoire monastique ait enregistrées. La moindre de ses pénitences, c'est que, chaque matin notamment, il devait se présenter au frère cuisinier qui le gratifiait d'un vigoureux soufflet.
Il mourut, dit-on, en odeur de sainteté. Don Juan de Maraña repose aujourd'hui dans le chœur de l'église de la Charité, à Séville, et sur la pierre a été gravée, selon son désir formel, l'inscription suivante:
CI-GIT LE PIRE HOMME QUI FUT AU MONDE!