Et depuis cette époque saint François est resté le patron du Nouveau-Mexique. Castaneda qui accompagnait l'expédition de Coronado, en 1540, comme historien, raconte que:
"Les chefs dirent à Coronado, que leurs villages étaient plus anciens que la mémoire de sept générations. Les femmes portaient des manteaux de coton qui étaient attachés autour du cou et passaient ensuite sous le bras droit, pour tomber sur des jupons aussi fabriqués de coton. Elles portaient aussi des perles sur la tête et des colliers de coquillages autour du cou.. Elles arrangeaient leurs cheveux derrière la tête dans la forme d'une roue ou de l'anse d'une tasse."
Antonito de Espejo, quarante ans plus tard en 1582, écrivait ce qui suit:
"Nous trouvâmes partout des maisons bien construites et ayant à l'intérieur des poêles de pierre, pour la saison d'hiver. Les habitants sont vêtus de coton et de peaux de daims, selon la manière des Indiens du royaume du Mexique. Mais ce qu'il y a de plus étrange c'est de voir les hommes et les femmes porter des souliers, ce qu'on ne voit jamais parmi les Indiens du Mexique. Les femmes peignent leurs cheveux avec soin et ne portent rien sur la tête. Dans tous ces pueblos il y a des caciques qui gouvernent comme les caciques du Mexique et qui ont des sergents-d'armes qui proclament leurs ordres et leurs commandements et qui veillent à leur exécution. Dans leurs champs qui sont vastes et nombreux. Ils construisent des abris couverts de terre où les travailleurs mangent et se reposent pendant les grandes chaleurs du jour, car ce sont des nations adonnées à un travail constant et régulier. Les armes dont ils se servent sont des arcs et des flèches avec des pointes de silex qui traversent une cotte de mailles; aussi des manacas ou épées dont la tranche est aussi faite de silex et avec lesquelles ils peuvent couper un homme en deux. Ils ont aussi des boucliers faits de peaux de bison."
Villanueva écrivait cent ans plus tard:
"Il est indubitable que les habitations des pueblos sont mieux construites que celles des autres Indiens du Mexique et que leurs habitants sont plus civilisés et plus industrieux que les autres peuplades que nous connaissons."
La forme de gouvernement de ce curieux peuple est aussi restée exactement ce qu'elle était lors de la première conquête. Les gouverneurs espagnols respectèrent leurs us et coutumes, lorsqu'ils virent qu'il était parfaitement inutile d'essayer de les soumettre aux usages européens. Ce ne fut pas, cependant, sans luttes et sans persécutions que ces pauvres Aztèques réussirent à conserver leurs traditions, et l'histoire du premier siècle de leur esclavage est une longue suite de cruautés inutiles et de persécutions sanglantes.
Les Espagnols voulurent agir avec les puebloanos comme ils l'avaient fait avec les Mexicains et avec les Péruviens. On les réduisit en esclavage et on les força à travailler dans les mines, où ils succombaient le plus souvent sous le poids d'un labeur surhumain. On les contraignit à embrasser le christianisme par la torture et la prison, et on renversa les autels de leurs dieux domestiques. La supériorité des armes européennes leur en imposa d'abord et ils endurèrent ainsi durant cent ans le régime tyrannique de leurs oppresseurs. Mais il arriva un jour où la mesure fut à son comble, et pendant "la première lune du mois d'août 1680", il y eut un soulèvement général, pendant lequel tous les Espagnols furent massacrés, toutes les églises furent démolies et réduites en cendres et toutes les traces du régime exécré furent oblitérées. Les quelques militaires qui purent s'enfuir se dirigèrent en grande hâte vers Mexico, où ils racontèrent ce qui venait de se passer dans la capitale de la Nouvelle-Espagne.
Plusieurs expéditions furent organisées pour reconquérir le pays; mais elles subirent d'abord des échecs répétés. Les capitaines Otermin, Ramirez, Cruzate et Posada furent tour à tour vaincus par les habitants des pueblos qui s'étaient réunis en armes pour combattre l'ennemi, commun dont ils connaissaient alors la tactique et les manières de faire la guerre. Ce ne fut qu'en 1692, grâce aux divisions intestines qui existaient alors parmi les Indiens, que Diego de Vargas réussit à rétablir l'autorité de la couronne d'Espagne. Mais un traité en règle accordait cette fois aux Puebloanos la restauration de leur forme primitive de gouvernement, les exemptait de l'esclavage et du travail dans les mines et permettait le libre usage de leur culte à ceux qui n'avaient pas jugé à propos d'embrasser le christianisme.. Ce même Diego de Vargas avait cependant déclaré, en quittant Mexico "qu'il était aussi impossible de convertir un sauvage sans les soldats que d'essayer de faire entendre raison à un juif sans le tribunal de la sainte Inquisition." On voit que le vaillant capitan avait été forcé d'en rabattre, et qu'il fut fort heureux d'accepter la soumission des Indiens, tout en leur accordant des privilèges fort libéraux, à une époque où l'Espagnol ne régnait en Amérique que par la terreur et la persécution. Les Puebloanos avaient donc fait preuve d'une grande valeur et s'étaient montrés aussi braves soldats qu'ils étaient bons laboureurs et sages administrateurs.
