L'immensité des informations contre une bande aussi nombreuse, la multiplicité des griefs, et surtout la nécessité où l'on avait été de faire imprimer les actes de l'instruction faite par les magistrats, et qui formait cinq gros volumes in-fol., avaient fait retarder de jour en jour l'instruction publique du procès.
Le 1er brumaire an XII (24 octobre 1803), tous les accusés, au nombre de soixante-cinq, comparurent devant le tribunal criminel spécial établi à Mayence. Ils marchaient attachés deux-à-deux et par rang à une seule et longue chaîne; un corps d'infanterie et quatre brigades de gendarmerie formaient l'escorte. Le cortége s'avança lentement, au milieu d'une foule immense, le long du Rhin. Arrivé à la salle dite de l'académie, qui avait été préparée pour l'audience, Schinderhannes qui avait parcouru avec la plus grande sérénité le trajet depuis la prison, sauta légèrement à la place qui lui avait été assignée, et se mit à contempler l'appareil imposant dont il était entouré.
Cent trente-deux témoins avaient été assignés à la requête du ministère public, et deux cent deux à celle des différens accusés. Le premier jour et une partie du second furent employés à la lecture de l'acte d'accusation; lorsqu'elle fut terminée, le président adressa un discours aux témoins et à Schinderhannes lui-même. Il lui dit que, dans la position fâcheuse où il se trouvait, le tribunal devait attendre de lui un sincère aveu de ses crimes et la révélation de tous ses complices: «Ce n'est que de cette manière, lui dit-il, que vous pouvez vous rendre digne de la grâce que vous avez implorée du premier consul.» Schinderhannes parut ému, et la gaîté qu'il affectait l'abandonna pendant quelques instans; mais elle reparut bientôt à la déposition du premier témoin.
Un dessinateur s'était placé dans la salle pour saisir les physionomies les plus frappantes. Un des accusés en fit faire la remarque à Schinderhannes: «Laisse-le faire, dit-il, j'ai une mine d'honnête homme, et ne crains pas de la montrer; ceux qui ont peur n'ont qu'à se retourner.» Schinderhannes ne perdit sa contenance et sa gaîté que lorsque la mère du meûnier de Merxheim, sous le bras de laquelle on avait tenu une chandelle allumée, eut été entendue comme témoin. Jusqu'alors il avait eu la prétention de ne pas paraître aussi cruel que ses complices, mais, après cette séance, toutes les espérances qu'il avait conçues semblèrent l'avoir abandonné; il dit d'un air morne: «J'ai entendu le cri de l'oiseau de la mort.» Puis il demanda au président du tribunal s'il était vrai qu'il dût périr sur la roue. «Ce genre de supplice est aboli en France», lui répondit-on; il reprit: «Si j'ai souhaité de vivre, c'était pour devenir honnête homme. Mais Julia! elle est innocente, je l'ai séduite, et que deviendra mon malheureux père?»
Pendant tout le temps des débats, il s'efforça constamment de détourner les charges qui pouvaient peser sur ces deux prévenus; enfin, après vingt-huit jours d'audiences consécutives, le tribunal rendit son jugement qui condamnait à la peine de mort Schinderhannes et vingt de ses complices. Buckler père fut condamné en vingt-deux années de fers, et Julie Blæsius à deux ans d'emprisonnement, par forme de correction. Les autres prévenus furent condamnés aux fers pendant un plus ou moins grand nombre d'années, selon la gravité des crimes qui leur étaient attribués.
Schinderhannes n'avait point manifesté d'émotion, en entendant prononcer son arrêt, mais il témoigna quelque joie, lorsqu'il connut l'indulgence dont les juges avaient usé à l'égard de sa maîtresse et de son père. Quand le jugement eut été prononcé, il demanda à parler encore une fois au président du tribunal. On était curieux de savoir ce qu'il avait à dire, et l'on s'attendait même à quelque déposition importante; il se borna à renouveler le vœu qu'il avait déjà fait plusieurs fois, qu'après sa mort, on prît soin de son père, de sa maîtresse et de son enfant.
Lorsqu'il sortit de la salle pour être reconduit en prison, il dit, en voyant la foule assemblée: «Regardez-moi, car aujourd'hui et demain c'est pour la dernière fois.» Ses conducteurs pressaient un peu la marche: «Eh quoi! leur dit-il, le bourreau est-il donc si impatient?»
Le jugement du tribunal criminel spécial était sans appel; en conséquence, le lendemain, 21 novembre 1803, avait été fixé pour l'exécution.
Le matin, un ministre de la religion vint, suivant l'usage, pour exhorter Schinderhannes. Dès que celui-ci l'aperçut, il lui dit d'un air calme: «Vous venez m'apporter des consolations; allez près de ceux qui sont à côté de moi, ils en ont plus besoin. Je suis entièrement résigné.» Il témoigna ensuite au ministre le désir de recevoir de sa main la communion, qui ne lui avait pas été administrée depuis beaucoup d'années. Enfin vers une heure après midi, les condamnés furent placés dans cinq charrettes, et conduits au lieu du supplice, situé sur l'emplacement du château de la Favorite. Pendant le chemin, Schinderhannes aperçut une personne de sa connaissance, à qui il souhaita le bonsoir, et qu'il chargea de faire ses adieux à sa Julia; puis il s'adressa au ministre qui l'avait accompagné à l'échafaud, et lui dit: «Je vais maintenant vous raconter comment j'ai commencé une vie qui a une fin si triste.» Il continua son récit sans interruption jusqu'à l'échafaud; il y monta rapidement, examina d'abord avec attention la guillotine et demanda si le jeu de cette machine était aussi prompt et aussi assuré qu'on le disait. On lui répondit affirmativement. «Ne serait-il pas possible, ajouta-t-il, que je me préparasse moi-même sans qu'il fût besoin de m'attacher?» On lui observa qu'il ferait mieux de se soumettre à la manière ordinaire employée pour ce genre de mort.
Alors, il regarda des deux côtés de l'échafaud, la multitude que la curiosité y avait attirée, et s'écria: «J'ai mérité la mort, mais dix de mes camarades meurent innocens. Voilà mes dernières paroles.» Il se livra ensuite au bourreau.