La Croisade semblait compromise ; ce fut le moment que Philippe-Auguste choisit pour en saisir la direction afin d’en recueillir les fruits. Son fils Louis prit le commandement des troupes d’Amaury désemparées et à la suite de plusieurs campagnes qu’il poursuivit pendant son règne éphémère de trois ans (1223-1226), il prépara la victoire finale qui fut obtenue grâce à l’habileté diplomatique de sa femme Blanche de Castille, sous la minorité de son fils Louis IX. En 1229, Raymond VII, comte de Toulouse, demanda la paix qui fut signée définitivement à Paris en 1229.

Par ce traité, Raymond VII cédait au roi de France le bas Languedoc, qui forma les sénéchaussées de Carcassonne et de Beaucaire ; il ne gardait pour lui que le Toulousain, l’Agenais, la Rouergue et une partie de l’Albigeois. Il donnait à un frère de Louis IX, Alphonse de Poitiers, sa fille unique Jeanne en mariage et par elle la succession éventuelle des domaines qu’il conservait.

Le cardinal légat Romain de Saint-Ange, négociateur du traité, fit insérer dans le texte des clauses concernant la répression de l’hérésie. Raymond VII s’engageait à faire ce que son père Raymond VI avait refusé avant la Croisade, à poursuivre les hérétiques et à les exterminer, c’est-à-dire à les expulser de ses terres après leur avoir confisqué leurs biens.

Pour agir ainsi, il fallait les rechercher avec d’autant plus de soin que ne pouvant plus compter sur la faveur des princes, ils allaient désormais se cacher en donnant à leur secte le caractère d’une société secrète.

Cette recherche (inquisitio) des hérétiques en vue de leur procès et de leur extermination fut l’Inquisition.

A vrai dire elle n’était pas une nouveauté.

Nous avons vu plus haut que, dès les origines même du christianisme, les princes, empereurs romains et byzantins, rois de France, avaient édicté des mesures sévères pour réprimer et punir l’hérésie à cause de ses doctrines anarchiques et antisociales. Les papes du XIIe siècle n’avaient fait que marcher sur leurs traces, lorsqu’ils avaient publié des ordonnances contre les hérétiques de plus en plus dangereux et ordonné aux souverains de les exécuter.

Dès 1139, le concile œcuménique de Latran présidé par Innocent III, s’exprimait ainsi dans son canon 23 : « Les hérétiques qui rejettent le sacrement du corps et du sang du Seigneur, le baptême des enfants, le sacerdoce et les autres ordres, condamnent le mariage, sont expulsés de l’Église de Dieu ; nous les condamnons et nous ordonnons au pouvoir civil de les réprimer ». Le concile de Reims qui se tint en 1148 sous la présidence du pape Eugène III, effrayé des progrès des Cathares dans le Midi de la France, renouvela ces sentences : « Personne, disait-il, ne devait défendre ou protéger les Cathares ; aucun seigneur ne devait les accepter sur ses terres sous peine d’anathème et d’interdit. »

Effrayés, comme l’avait été Robert le Pieux, par le caractère antisocial et anarchiste des doctrines et des organisations hérétiques, les princes sollicitaient de l’Église de semblables décrets et l’inclinaient vers la rigueur. Rien n’est plus curieux à ce propos que la discussion qui s’engagea, en 1162, entre le roi de France Louis VII et le pape Alexandre III.

Le frère du roi, Henri, archevêque de Reims, inquiet du progrès des Cathares, s’apprêtait à les poursuivre lorsque ceux-ci firent appel au Saint-Siège. Alexandre III répondit à leur attente en recommandant ainsi la douceur envers eux à l’archevêque et au comte de Flandre. « Mieux vaut absoudre les coupables que de s’attaquer par une excessive sévérité à la vie d’innocents… l’indulgence sied mieux aux gens d’Église que la dureté. » Et il appuyait son conseil sur ce texte de l’Écriture : « Noli nimium esse justus. »