Quand les inquisiteurs étaient infidèles à cet idéal, les papes les frappaient parfois sévèrement. Innocent IV, le 13 janvier 1246, et Alexandre IV, le 13 mai 1256, ordonnèrent aux provinciaux et aux généraux des Prêcheurs et des Mineurs de déposer les inquisiteurs de leurs ordres qui par leur cruauté, soulèveraient l’opinion publique. A plusieurs reprises, les papes réprimèrent directement les inquisiteurs. « Dès les débuts de l’Inquisition (1234), le comte de Toulouse dénonça leurs excès à Grégoire IX et celui-ci chargea aussitôt l’archevêque de Vienne, son légat, de les réprimer. Il donnait des conseils de sagesse, de modération et de prudence aux évêques de Toulouse, d’Albi, de Rodez, d’Agen et de Cahors en leur recommandant « la pureté d’intention » et la « vertu de discrétion ». Après avoir félicité de son zèle, l’inquisiteur de France, Robert le Bougre, Grégoire IX apprit qu’il exerçait avec cruauté ses fonctions. Il ordonna aussitôt une enquête, et quand elle eut prouvé la vérité des faits incriminés, non content de révoquer Robert, il le condamna à la détention perpétuelle. Les inquisiteurs encouraient les sentences d’excommunication et par conséquent de déposition « s’ils poursuivaient quelqu’un injustement et pour des motifs impurs » ; et seul, le pape pouvait les relever de ces peines. Il en était de même « si l’inquisiteur poussé par l’avarice, se rendait coupable d’extorsions dans l’exercice de ses fonctions, avec une intention de lucre personnel. »

Les autres membres du Saint-Office, commissaires, notaires, scribes et employés subalternes étaient tenus, sous les mêmes peines, à la même intégrité. Un acte consistorial du pape Benoît XII du 18 février 1340 nous montre sur ce point la vigilance du Saint Siège. Lorsque le neveu de Jean XXII eut été nommé évêque d’Albi, cinq consuls de cette ville furent envoyés à Avignon pour présenter les hommages de leurs concitoyens au pape, aux cardinaux et à leur nouvel évêque ; l’un d’eux Giraud Coll en profita pour dénoncer au cardinal Fournier des injustices et des abus commis par les notaires de l’inquisition d’Albi.

Jean XXII mourut bientôt après et le cardinal Fournier lui succéda sous le nom de Benoît XII. Pour couper court aux plaintes du consul d’Albi, le commissaire de l’Inquisition de Carcassonne, Menet de Robécourt, chanoine de la collégiale de Montréal, entama une information contre Giraud Coll, lui reprochant de vouloir, par ses plaintes, entraver l’œuvre de l’Inquisition. Benoît XII évoqua à lui-même l’affaire, la confia à l’examen de deux cardinaux qui, après de longs débats contradictoires, se prononcèrent contre le commissaire de l’Inquisition. Portant lui-même la sentence définitive, Benoît XII condamna Menet de Robécourt qui fut révoqué de ses fonctions et dut rembourser à Coll, rétabli dans tous ses droits, tous les frais du procès et les dommages qu’il avait subis[12].

[12] Vidal. Bullaire de l’Inquisition française, p. 266.

D’autres faits de ce genre ont fait porter sur le personnel du Saint-Office ce jugement par un historien par ailleurs fort sévère pour l’Inquisition, M. de Cauzons : « Les faits de corruption que nous connaissons étant fort rares, tout nous fait supposer une honnêteté générale, jointe à une discipline rigoureuse, parmi le personnel inquisitorial[13]. »

[13] De Cauzons. Histoire de l’Inquisition, t. II, p. 86.

Le tribunal étant constitué, avec l’aide de ses commissaires, l’inquisiteur dressait la liste des personnes qui étaient suspectées d’hérésie ou en faisaient profession ouverte, qu’elles lui fussent désignées par le bruit public ou par des dénonciations. Dans l’édit de grâce qu’il avait promulgué, à son arrivée, l’inquisiteur avait, en effet, enjoint sous peine d’être excommuniés et de devenir à leur tour suspects d’hérésie, à tous ceux qui connaîtraient des hérétiques, des Croyants ou des suspects, de les lui dénoncer.

Les inculpés étaient aussitôt cités devant le tribunal de l’inquisiteur ou Saint-Office soit par trois monitions portées à domicile par le curé du lieu, soit par un avis lu au prône du dimanche ; la dernière citation était dite péremptoire. Certains inquisiteurs se contentaient d’une seule. Si le cité ne se présentait pas personnellement ou par procureur, il était déclaré provisoirement contumax. La contumace comportant l’excommunication et maintenant toujours le procès en suspens, était définitive au bout d’un an.

Parfois, l’inculpé était mis en état d’arrestation pour attendre en prison le jour du procès ; c’était apparemment quand il était important ou dangereux. Parfois, le Saint-Office procédait lui-même par ses sbires aux arrestations ; mais le plus souvent il en chargeait l’autorité civile ; car, d’une part, les Souverains Pontifes et les évêques faisaient un devoir aux magistrats civils de livrer les hérétiques, sous peine d’être eux-mêmes suspects d’hérésie ou de complicité, et d’autre part, presque tous les princes avaient, en acceptant l’Inquisition, enjoint « à leurs officiers ainsi qu’à ceux des comtes, barons et seigneurs, leurs vassaux, aux scribes, juges, baillis et sergents dépendant d’une autorité quelconque… de prêter aide et conseil aux inquisiteurs dans l’exercice de leurs fonctions et d’obéir à leurs ordres et réquisitions. »

Dès que, prévenus libres, ou détenus en prison préventive, les inculpés se trouvaient en présence du tribunal on leur donnait connaissance des soupçons, dénonciations et charges qu’on avait réunies contre eux. Beaucoup naturellement demandaient les noms des dénonciateurs ne fût-ce que pour discuter la valeur de leur témoignage. Dans ce cas, l’inquisiteur se trouvait en face d’une difficulté que la coutume a résolue dans des sens opposés.