Le Manuel de Bernard Gui précise le cérémonial et l’ordre du jour du sermo generalis. M. de Cauzons le résume ainsi : « En dehors de l’évêque et du clergé, l’inquisiteur convoquait au sermon les autorités civiles ainsi qu’un certain nombre de parents, amis et compatriotes des condamnés, pour servir de témoins à leur châtiment ou à leur repentir, pour apprendre aussi par leur exemple terrible, à fuir l’erreur. Des archers et gens d’armes, envoyés par la municipalité ou le seigneur, veillaient au bon ordre, protégeaient le cortège, surveillaient les prisonniers.
« Tous ceux qui faisaient partie d’une confrérie quelconque revendiquaient leurs privilèges en ce jour. Ils prenaient rang dans les processions, qui des chapelles des confréries se dirigeaient vers le lieu du sermon… Là, sur des estrades, le clergé et les autorités civiles dominaient la foule ; ils faisaient face aux bancs ou à l’estrade des condamnés. »
Tel était le cadre ; voici les cérémonies qui s’y déroulaient.
Le plus souvent, quand la cérémonie avait lieu le matin, elle commençait par une messe ; puis, avait lieu le sermon qui donnait son nom à l’assemblée. L’inquisiteur ou un prêtre désigné par lui parlait sur la foi et réfutait l’hérésie, surtout celle contre laquelle on allait sévir. On promulguait ensuite les indulgences en faveur des assistants et l’excommunication contre quiconque s’opposait à l’exercice de l’Inquisition. Enfin on recevait les serments des autorités séculières promettant de prêter leur concours à la poursuite de l’hérésie.
On s’occupait ensuite des hérétiques. Ceux qui avaient accompli leur pénitence ou en avaient obtenu remise étaient rendus à la vie libre. Ceux qui venaient d’être condamnés à ces mêmes pénitences les entendaient proclamer et s’en voyaient imposer les signes sur eux et sur leurs vêtements ; aussitôt après, ils faisaient leur abjuration. Puis étaient lues les sentences portant des peines afflictives dont la plus terrible était celle qui livrait le coupable au bras séculier, c’est-à-dire à la mort, infligée par l’autorité civile sur condamnation portée par l’Inquisition.
Même quand l’Église poursuivait avec le plus de rigueur l’hérésie, elle ne perdait pas de vue la maxime que « Dieu veut non la mort du pécheur, mais sa conversion. » Aussi les juges de l’Inquisition préféraient-ils user de pénitences canoniques, suivies de la réconciliation du pécheur, que de peines afflictives et de supplices, punitions de sa révolte obstinée.
La réconciliation du pécheur exigeait, d’une part, l’aveu spontané de sa faute et la promesse formelle de n’y plus retomber et, d’autre part, une pénitence l’expiant. Voilà pourquoi le Saint-Office tenait un grand compte des aveux spontanés, suivis d’abjuration. Dans ce cas, les inquisiteurs se présentaient comme des médecins spirituels, selon l’expression de Guy Fulcodi qui devint le pape Clément IV ; ceux qui fuyaient leur contact leur semblaient redouter la médecine spirituelle qu’ils leur apportaient, medicinam sibi apponi metuentes salutarem, dit d’eux Nicolas Eymeric.
Les aveux spontanés procuraient l’absolution avec des pénitences variées selon la gravité du cas.
C’étaient d’abord des œuvres de piété. Bernard Gui en énumère plusieurs dans son manuel : réciter certaines prières, assister à la messe paroissiale les dimanches et y entendre le sermon, jeûner pendant l’Avent comme pendant le Carême, faire des dons déterminés aux églises, par exemple d’un cierge, d’un calice, d’un ornement, d’une somme d’argent, aider à construire un sanctuaire ; la visite annuelle et à vie de certaines églises, à des fêtes déterminées, par exemple des églises Saint-Étienne de Toulouse le 3 août, jour de sa fête patronale (Invention de saint Étienne), Saint-Sernin de Toulouse dans l’octave de Pâques, Saint-Nazaire, cathédrale de Carcassonne, le 28 juillet, sa fête patronale, Sainte-Cécile, cathédrale d’Albi, le 22 novembre, jour de sa fête.
Les pèlerinages étaient des pénitences plus graves à cause des longs voyages, des absences et des frais qu’ils causaient. Dans le Midi de la France, on distinguait les pèlerinages majeurs et les pèlerinages mineurs.