Au lendemain de la Croisade, il avait été également édicté que toute maison où un hérétique aurait été reçu, serait détruite. Cette pratique fut conservée par l’Inquisition. Le concile de Toulouse de 1229 décréta en effet que toute maison où on trouverait un hérétique serait rasée de son emplacement et confisquée.

Cette mesure aurait accumulé trop de ruines si elle avait été rigoureusement appliquée ; aussi fut-elle souvent atténuée. M. de Cauzons signale des cas où des maisons ainsi confisquées furent plusieurs années après réclamées, preuve qu’elles n’avaient pas été démolies. Par ordonnance du 19 octobre 1378, Charles V défendit la destruction de maisons en Dauphiné, sauf dans des cas fort graves et avec le consentement du gouverneur.

Toutefois, on trouve souvent mention de maisons d’hérétiques démolies, avec défense de les reconstruire. « Leur emplacement devenait un dépotoir infect. Bernard Gui précise que cet endroit devrait rester à jamais inculte et sans clôture pour servir de dépôt d’ordures. On a un vivant commentaire de ces prescriptions dans une supplique d’Aymon de Caumont à Clément VI du 22 août 1343. On y voit qu’un de ces endroits maudits, situé dans le plus beau quartier de Carcassonne était devenu, à cause de l’infecte puanteur des immondices qui s’y accumulaient depuis des années, un tel foyer d’épidémies que les riches bourgeois du voisinage étaient contraints de déserter leurs hôtels. Afin de parer à ce danger permanent pour la santé publique, on voulut dresser autour de ce cloaque une clôture non pas de pierres, mais de piquets de bois : il fallut l’agrément du pape.

L’hérétique était frappé ipso facto d’incapacité civile et ecclésiastique et cette incapacité pouvait s’étendre à ses enfants et à ses petits-enfants. Elle les rendait inaptes à remplir certains actes de la vie civile, à occuper des charges et remplir des fonctions civiles et religieuses. Ceux qui en étaient revêtus les perdaient par la révocation, la déposition et la dégradation.

Ces pénalités sévères n’ont pas été inventées par l’Inquisition ; elles figuraient déjà dans la loi portée contre les Manichéens par les empereurs Arcadius et Honorius en 407, et dans le Code Justinien. Elles avaient été rappelées par les papes Lucius III et Innocent III dans les bulles qui ordonnaient la poursuite de l’hérésie et elles furent insérées par Grégoire IX dans les Décrétales.

Tandis que l’Église, de sa propre autorité, enlevait aux clercs leurs bénéfices et fonctions religieuses et leurs privilèges ecclésiastiques, en procédant publiquement dans les sermones generales à leur dégradation, l’État, de son côté, appliquait aux hérétiques, dans la vie civile, toutes les conséquences de l’incapacité. « L’hérétique non clerc, privé du droit de témoigner en justice, d’ester en aucune affaire comme demandeur, de contracter, acquérir ou transmettre à titre gratuit ou onéreux à quelque personne que ce fût, était encore dépouillé de ses fonctions, dignités et charges. Juge, ses sentences n’avaient plus de force ; avocat, il n’était plus admis à offrir ses services ; notaire, les instruments de sa main perdaient toute valeur… Les sujets d’un seigneur hérétique se trouvaient déliés de leur serment de fidélité ainsi que de toutes obligations envers lui. Les pères étaient déchus de leurs droits sur leurs enfants, le mari sur sa femme bien que le lien du mariage persistât… » (de Cauzons, II 315-316.)

Une ordonnance de Saint Louis du 14 octobre 1258 défendait expressément de donner des charges et des fonctions aux fils et petits-fils d’hérétiques et de Croyants et Philippe le Bel révoqua un notaire d’Avignon et Raymond Vital, dont l’aïeul avait été brûlé comme relaps.

L’emprisonnement à temps ou à vie figurait assez souvent parmi les pénalités infligées par les tribunaux de l’Inquisition. On n’a pas oublié le fameux tableau de Jean-Paul Laurens intitulé « les Emmurés de Carcassonne » ; les victimes de l’Inquisition y sont représentées entassées derrière un mur fermé devant eux et invoquant du Ciel leur délivrance. Il donne l’impression fortuite ou voulue que ces malheureux, littéralement « murés » et à jamais séparés de leurs semblables, étaient condamnés à mourir de faim dans leur isolement. En réalité « mur » était tout simplement synonyme de « prison » et « emmuré » de « prisonnier ».

Selon les cas, la prison était plus ou moins rigoureuse. On distinguait, en Languedoc, le mur large, régime relativement doux avec facilité de se procurer quelques aises et de se promener dans les cloîtres et les préaux de la prison, et le mur étroit, régime dur, désigné dans les sentences par ces mots : « le pain de douleur et l’eau de tribulation. » Parfois, le prisonnier soumis à ce régime était enchaîné, mis aux entraves, sans distraction autant que possible, en cellule séparée bien que l’encombrement des débuts ait nécessité l’internement dans les salles communes (de Cauzons, II, p. 370).

Rarement, les inquisiteurs avaient des prisons à eux ; le plus souvent, ils empruntaient, pour y enfermer les prévenus et les condamnés, les prisons seigneuriales, municipales et royales ou les prisons épiscopales.