D’Allemagne, l’Inquisition s’étendit en Bohême, en Hongrie, et de là, dans les pays slaves et scandinaves. Quant à la Flandre et aux Pays-Bas, ils étaient soumis, dès 1233, à l’action de l’Inquisiteur de France, Robert le Bougre. Vers 1240, il y avait des tribunaux inquisitoriaux, confiés aux dominicains et aux franciscains, dans la plupart des pays chrétiens.

L’Inquisition finit par avoir raison de l’hérésie contre laquelle elle avait été instituée, le néo-manichéisme cathare. Au commencement du XIVe siècle, il avait perdu toute sa force dans le Midi de la France et même en Italie ; on n’en trouvait plus que des cas isolés.

L’hérésie vaudoise fut beaucoup plus tenace. Parce que l’Inquisition du XIIIe siècle la poursuivit en même temps que le catharisme, on la confond souvent avec lui ; en réalité, elle en différait beaucoup. « La doctrine vaudoise, écrit avec raison M. Jean Marx dans sa savante étude sur l’Inquisition en Dauphiné, innove peu en matière de dogme ; elle est surtout une négation de l’autorité de l’Église et de la valeur de ses œuvres. » Ce n’est pas chez elle qu’il faut chercher la survivance des hérésies des premiers siècles se rencontrant au sein du catharisme : le dualisme des manichéens, les émanations infinies d’hypostases de la gnose et du marcionisme, l’encratisme et le docétisme, que nous avons décrits en étudiant la doctrine cathare.

Les Vaudois voulaient, avant tout, revenir à la pauvreté évangélique, et ils condamnaient tout ce qui dans l’Église s’en écartait : la richesse des clercs, leurs principautés, leur autorité temporelle. Dans la hiérarchie ecclésiastique, ils ne voyaient plus une force sanctifiante ; la sainteté n’était à leurs yeux qu’individuelle et elle ne s’acquérait ni par des sacrements ni par des pratiques rituelles, mais par des œuvres personnelles.

Ils croyaient à la divinité du Christ et de ses enseignements et admettaient même avec l’Eucharistie, la Confession ; mais ils pensaient que tout homme juste pouvait continuer l’œuvre du Christ au milieu de ses frères, et par exemple, absoudre des péchés, consacrer l’Eucharistie, présider aux prières et annoncer l’Évangile. Ainsi, ce n’étaient pas seulement les richesses et la puissance temporelle de l’Église qu’ils rejetaient, mais toute la hiérarchie de l’Église. Nous pouvons nous les représenter comme des puritains protestants ayant encore conservé quelques dogmes spécifiquement catholiques et pénétrés d’un esprit de pauvreté, évangélique ou franciscain. En un temps où ce clergé qu’ils rejetaient depuis le pape jusqu’au dernier des clercs, jouissait de richesses et d’une puissance temporelle considérables, les Vaudois faisaient figure de révolutionnaires. Leur puritanisme ébranlait les fondements de la puissance civile. Ils faisaient du serment un péché ; ils s’élevaient contre toute guerre offensive ou défensive ; ils refusaient à la société tout droit de répression sanglante ; et par l’anarchie, ils rejoignaient les Cathares.

Ce qui faisait aussi qu’on les confondait avec eux, c’est qu’ils avaient, eux aussi, leurs Parfaits, leurs Purs. C’étaient des hommes ayant un tel renom de sainteté qu’on s’adressait à eux pour obtenir l’absolution des péchés par une cérémonie rappelant le Melioramentum des Albigeois.

Ces hommes particulièrement vénérés et influents, se nommaient barbes et comme les Parfaits cathares, ils menaient une vie beaucoup plus austère que les autres adhérents de leur secte. Bernard Gui nous la décrit dans sa Pratica. « Une fois qu’ils sont reçus dans l’ordre (car ils finissaient par former un clergé), ils promettent d’observer la pauvreté évangélique et la chasteté ; ils doivent vivre d’aumônes. Tous les ans, ils tiennent un ou deux chapitres généraux en secret, se rassemblant dans une maison louée pour la circonstance par un des leurs. C’est là que le majoral charge les frères de missions dans les divers pays. On lui rend compte des collectes et des dépenses qui ont été faites. » Au XIIIe et au début du XIVe siècle, les Pauvres constituaient une sorte de confrérie où l’on entrait par le diaconat. Le diacre subissait un examen préalable sur les Écritures, puis il allait étudier à l’école que la secte possédait à Milan ou dans quelque autre maison lui appartenant. L’ordination se faisait par le majoral ou par un autre supérieur au moyen de l’imposition des mains.

Quant aux autres membres de la secte, ils devaient se rapprocher le plus possible de la vie des Pauvres, mais sans être tenus à la suivre et partout où la pratique de leur foi était impossible, ils avaient la permission de se conduire extérieurement comme des catholiques plus ou moins pieux.

L’hérésie vaudoise semble s’être tout d’abord développée dans la région de Lyon ; c’est dans cette ville que vivait le riche marchand Pierre Valdo, qui donna son nom aux « Pauvres de Lyon, » parce qu’il avait fait un abandon total de ses biens afin de pratiquer la pauvreté absolue. Chassés de Lyon par l’archevêque, les Vaudois ou Pauvres de Lyon se répandirent dans la région lyonnaise, le Dauphiné, la Provence et même le Languedoc, où on les confondit avec les Cathares. Comme ces derniers, ils essaimèrent en Italie, dans l’empire germanique et jusque sur le littoral de la Baltique. Ils se cantonnèrent solidement dans les vallées alpestres du Dauphiné et du Piémont que l’on appela plus particulièrement les vallées vaudoises. C’est surtout là que l’Inquisition les poursuivit.