Dès le début du XIIIe siècle, en 1208, Innocent III nommait les évêques de Couserans et de Riez et l’abbé de Citeaux légats non seulement dans la province de Narbonne et d’Auch, mais aussi dans celles d’Aix, d’Arles, d’Embrun et de Vienne, pour y combattre l’hérésie, et en même temps, l’empereur Otton IV de Brunswick ordonnait à l’évêque de Turin d’expulser les Vaudois de son diocèse.
Dans le cours du XIIIe siècle, une série d’inquisiteurs procédèrent contre eux ; le dominicain Étienne de Bourbon qui parcourut le Lyonnais et le diocèse de Valence et décrivit leurs croyances et leurs mœurs dans ses Anecdotes historiques ; l’évêque d’Avignon, Zoen Tencarari, qu’Innocent IV envoya comme légat dans les provinces de Besançon, Tarentaise, Vienne, Embrun, Arles et Aix en 1243 ; les Frères Mineurs qu’Urbain IV institua, en 1263, inquisiteurs de Provence et de Forcalquier.
Malgré les efforts de l’Inquisition, l’hérésie vaudoise était fort puissante dans la région des Alpes, au commencement du XIVe siècle. En Piémont et dans la haute Lombardie, les hérétiques tenaient publiquement des congrès réunissant plus de 500 personnes.
Ils bravaient les inquisiteurs. En 1321, deux frères mineurs, Catelain Faure et Pierre Pascal, avaient été envoyés contre eux par l’inquisiteur en chef Jacques Bernard. Ils s’arrêtèrent à Montélier, au prieuré de Saint-Jacques. Dans le silence de la nuit, un groupe nombreux d’hérétiques armés pénétra dans le prieuré, brisant les portes de la chambre où reposaient les inquisiteurs. Ceux-ci furent massacrés et les meurtriers s’acharnèrent sur leur corps… Ils marchèrent, en 1332, contre l’inquisiteur Jean Albert, de Castellazzo et l’obligèrent à fuir et Guillaume, curé d’Angrogne, fut tué sur la place du village alors qu’il venait de célébrer la messe ; les Vaudois le soupçonnaient de les avoir dénoncés à l’inquisiteur. A Suse en 1365, à Buqueras en 1374, des inquisiteurs périrent ainsi. En 1383, en Dauphiné, les gens de Valpute attaquèrent rudement le châtelain Antoine Ruchier, qui fut même blessé. En 1474, l’inquisiteur Jean Veylet, accompagné d’un religieux et d’un secrétaire, fut assailli entre le mont Genèvre et Césane ; ses bulles, ses papiers et ses pièces de procédure furent enlevés ainsi que l’argent qu’il emportait pour aller à Rome. Quelques années plus tard, les hérétiques de Valcluson attaquèrent et pillèrent la maison de l’inquisiteur Blaise de Berra et tuèrent un de ses serviteurs. Les tentatives amiables d’Alberto Cattaneo, en 1487, furent accueillies assez mal ; les Vaudois du Valcluson, se rassemblèrent en grand nombre et parlèrent d’aller attaquer le commissaire apostolique[38].
[38] Jean Marx. L’Inquisition en Dauphiné, pp. 17-18.
C’était sans doute parce que l’hérésie était si puissante que parfois les gouverneurs et les magistrats hésitèrent à prêter contre elle main-forte à l’Inquisition. Le 19 octobre 1331, Jean XXII blâmait le bailli de Briançon et le châtelain de Queyras des obstacles qu’ils mettaient à la poursuite des hérétiques et les sommait en particulier de livrer à l’Inquisiteur ou à l’évêque du lieu deux d’entre eux qu’ils protégeaient[39].
[39] Vidal. Bullaire de l’Inquisition française, no 114.
Le successeur de Jean XXII, Benoît XII, activa de toute façon la poursuite des Vaudois. Dès la première année de son pontificat, il exhortait Humbert, dauphin du Viennois, à rechercher soigneusement les Vaudois et à les livrer aux inquisiteurs (16 juin 1335) et le même jour, il écrivait, dans le même sens, à Aymar de La Voulte, évêque de Valence. L’année suivante (13 avril 1336), à la demande du frère mineur Guillaume de Montrond, inquisiteur de Provence, il ordonnait aux prélats, aux inquisiteurs, aux seigneurs temporels et aux villes de Lombardie, de faire arrêter les hérétiques de l’Embrunois et des autres contrées de Provence, réfugiés chez eux (Vidal, no 149).
Ainsi donné, l’élan ne se ralentit pas. L’inquisiteur Pierre de Monts et l’archevêque d’Embrun faisaient brûler douze habitants de la Valpute en face de l’église d’Embrun ; en 1353, ils réconciliaient 150 Vaudois en leur imposant des Croix et 18 autres, l’année suivante. Les deux inquisiteurs franciscains, Hugues Cardillon et Jean Richard, parcoururent, en 1363, les vallées de l’Embrunois.
Leur zèle fut encore dépassé par François Borrel. Il était déjà à la tête de l’Inquisition dauphinoise avant l’avènement de Grégoire XI (1370). Ce pape lui maintint ses fonctions et, après le grand schisme, le pape d’Avignon Clément VII les lui confirma en 1381. Par une série de bulles, Grégoire XI lui assura le concours du gouverneur du Dauphiné, des seigneurs de Vinay, de Virieu, de Chateauvillain, du bailli d’Embrun et de Briançon, des sires de Clermont et de Roussillon. Après avoir énergiquement reproché leur faiblesse aux archevêques et évêques de Vienne, Embrun, Tarentaise, Valence, Viviers, Grenoble, et Genève, il leur mandait de se mettre à l’entière disposition du frère Borrel. Puis s’adressant à l’inquisiteur lui-même, il lui ordonnait d’envoyer dans toute l’étendue du Dauphiné, de la Savoie et de la Provence, des missionnaires des quatre ordres mendiants, dominicains, augustins, carmes, mineurs, pour prêcher les hérétiques (7 mai 1375). Cette énergique campagne de prédications et d’inquisition était appuyée par la présence d’un légat spécial du Saint-Siège, Antoine, évêque de Massa. Les gouverneurs et les magistrats accompagnaient Borrel dans ses tournées.