Ainsi organisée, la répression fut sévère ; à Magdebourg, Erfurt, Nordhausen, plusieurs Béguins furent brûlés. Elle fut efficace ; car l’Empereur déclara bientôt que l’hérésie était anéantie dans les provinces de Magdebourg et de Brême, en Thuringe, dans la Hesse et en Saxe et Grégoire XI ordonnait, en 1372, de poursuivre les hérétiques dans les pays de Brabant, de Hollande, de Poméranie et de Silésie, où ils avaient reflué vers les confins de l’Empire.
En affaiblissant l’Église partagée entre deux obédiences rivales, le grand Schisme ne paralysa pas l’Inquisition d’Allemagne. En 1392, un inquisiteur papal, nommé Martin, traversa la Souabe, réconcilia avec l’Église un grand nombre de Béguins et de Spirituels et en envoya aussi quelques-uns au bûcher ; la même année, à Bingen, 36 hérétiques étaient brûlés. Les années suivantes, 1393 et 1394, un autre inquisiteur papal, Pierre, provincial des Célestins, montra une grande activité. Il réconcilia un grand nombre d’hérétiques, se contentant de leur imposer des pénitences canoniques ; un de ses registres, dit M. Lea, ne contient pas moins de 443 affaires.
Ce qui amena cette recrudescence d’activité de l’Inquisition, même pendant le schisme, c’est que l’hérésie devenait de plus en plus redoutable. Toutes les sectes qui avaient pullulé à la suite du mouvement mystique des Spirituels s’étaient confondues les unes dans les autres ; d’autre part, l’hérésie vaudoise se réveillait à leur contact. Enfin, toutes ces sectes prenaient de plus en plus un caractère révolutionnaire.
Les Spirituels avaient dirigé déjà contre Jean XXII une offensive religieuse et politique à la fois, puisqu’ils l’avaient déclaré intrus et avaient fait cause commune avec son rival l’Empereur Louis de Bavière, pour le faire déposer et déchaîner le schisme. Les doctrines impérialistes des légistes furent propagées par les docteurs spirituels contre la papauté. Le théologien franciscain Occam fit cause commune avec les légistes impériaux, Marsile de Padoue et Jean de Jandun. A mesure que le mouvement s’accentua, il prit un caractère social, parce que c’était dans les masses populaires que l’hérésie se recrutait et bientôt, de social il devint socialiste et même anarchiste, avec les Lollards, Wicklef et Jean Huss.
En 1413, Jean Lucke tira des œuvres du premier 160 propositions qui furent, bientôt après, condamnées par le Concile de Constance ; or voici celles qui, dans le nombre, traitent des relations sociales.
« 1o Sans la grâce, l’homme ne saurait tirer un droit légitime de propriété ni des dépositions des témoins, ni des sentences des juges, ni de la possession matérielle, ni de l’hérédité, ni des mutations, ni même de tout cela réuni ;
« 2o Puisque Dieu a donné à l’homme tout bien, dès que l’homme en abuse, il ne peut plus se réclamer de la donation divine ; et si ce titre de propriété lui fait défaut, je ne sais quel autre il pourra alléguer ;
« 3o Tout homme injuste, occupant un bien de Dieu, ne saurait l’avoir que par vol, rapine et brigandage.
« 4o Toute communauté, toute personne ecclésiastique ayant coutume d’abuser de ses richesses, peut en être dépouillée par le pouvoir civil, quels que soient d’ailleurs les titres humains sur lesquels elle s’appuie.
« 5o Dieu ne peut pas donner à l’homme, ni pour lui-même ni pour ses héritiers, une puissance civile perpétuelle.