Dans les savantes études qu’il a consacrées, dans l’Histoire littéraire de la France aux « Écrivains juifs français » du XIVe siècle, Renan nous rappelle que, chassés de France par Philippe le Bel, désireux avant tout de s’approprier leurs richesses, malgré le droit canon, « les juifs trouvèrent un asile dans les terres qui allaient devenir papales (Avignon et le Comtat), dans le comté d’Orange, en Provence et en Catalogne. « Vers le milieu du siècle, ajoute-t-il, nous rencontrerons des étudiants juifs à Montpellier. L’arabe était enseigné par eux à Arles, à Tarascon, à Perpignan. Le roi Robert d’Anjou était l’instigateur de ce travail. Nous trouverons un grand nombre d’auteurs hébreux qui lui dédient leurs ouvrages (par exemple Schemariah de Nègrepont) ; c’est pour lui que Calonyme fit des traductions en latin. » Parmi ces Juifs, dont Robert d’Anjou était le mécène, figurait Lévi de Bagnols, auteur de plusieurs ouvrages de philosophie : « Les papes d’Avignon, dit Renan, faisaient grand cas de ses travaux astronomiques. »
Dans ces conditions, les inquisiteurs n’eurent à s’occuper des Juifs que lorsque, par leurs écrits, ils attaquaient l’Église ou bien lorsque s’étant convertis, ils devenaient par leur baptême des justiciables de l’Église pour tout ce qui regardait la foi qu’ils venaient d’adopter librement, et en particulier pour le cas d’apostasie.
Autant en effet l’Église reconnaissait aux juifs le droit d’être et de demeurer librement juifs, autant elle redoutait de les voir s’infiltrer chez elle sous le couvert d’une conversion simulée. Elle craignait d’être corrompue par cette immixtion sournoise d’éléments étrangers et d’exposer ses fidèles aux entreprises d’ennemis prenant les fausses apparences de frères. Aussi surveillait-elle la sincérité des Juifs convertis et quand elle avait des raisons d’en douter, elle leur appliquait les pénalités sévères qui frappaient les apostats ; car le Juif converti qui demeurait Juif dans sa foi était le renégat de son propre baptême, c’est-à-dire un apostat. Punition d’une tromperie, moyen de défense contre une sournoise pénétration juive, tel fut le caractère des mesures inquisitoriales qui furent portées contre les Juifs relaps.
Reconnaissons, d’autre part, que plusieurs de ces conversions étaient le fait non d’une simulation mais de la terreur. A maintes reprises, les populations médiévales, dans tous les pays, manifestèrent la haine la plus féroce contre les Juifs ; à la suite de crimes commis par tels d’entre eux ou d’accusations calomnieuses propagées par la crédulité, elles firent de grands massacres, des pogroms, dirions-nous, de juifs ; et beaucoup d’entre eux ne purent conserver la vie qu’en se faisant chrétiens. Que la paix revenue ils aient rejeté un christianisme qui n’avait été pour eux qu’un abri contre l’assassinat, on le comprend ; et dans ce cas, semble excessive l’application qu’on leur faisait des pénalités frappant les relaps.
En 1268, Clément IV ordonna aux Inquisiteurs de poursuivre les Juifs convertis retournés à leurs erreurs ; cette bulle fut renouvelée par plusieurs de ses successeurs, Grégoire X, Nicolas III et Nicolas IV. Elle était assurément appliquée puisque, en 1285, un dominicain, Guillaume d’Auxerre, s’intitulait « Inquisiteur des hérétiques et Juifs apostats de France. » Dans son Bullaire de l’Inquisition française, M. Vidal nous présente plusieurs procès engagés par l’Inquisition contre des Juifs convertis au christianisme, revenant au judaïsme.
Le 7 avril 1338, Benoît XII ordonnait à toute personne revêtue d’une autorité civile ou religieuse de prêter main-forte à Raimond Raboti, bénédictin du monastère de Saint-Eutychius, au diocèse de Spolète, et à Laurent Raimbert, citoyen d’Avignon, chargés par le sénéchal de Provence, Jean Badas, d’arrêter un espagnol nommé Alfonse Dias, « qui olim de judaismo ad fidem conversus, catholicam et sacri baptismatis gratiam consecutus, postmodum, instigante diabolo… in errorem judaicae caecitatis pristinum, tamquam canis ad vomitum… est subversus. » Dias s’était réfugié parmi les Juifs du Dauphiné ou de Savoie.
Une autre bulle de Clément VI (31 janvier 1343), nous montre un juif relaps achetant, pour arrêter son procès, le notaire et commissaire de l’Inquisition Menet de Robécour, chanoine de Montréal. Ce juif, Jean de Lombers, avait été dénoncé comme relaps par Amiel Massol, Durand Ros, Raymond de Ulmo, Jacques Matfredi de Graulhet, Jean de Cunho de Puybegon, Guillaume Texier et Jean des Breuils, clercs et laïques des diocèses de Castres et d’Albi. Cité, Jean de Lombers, au lieu de comparaître, avait acheté Menet, lequel incarcéra les délateurs et les soumit à la question pour leur faire retirer leur déposition. N’ayant rien pu obtenir de ces témoins, Menet avait interpolé le texte de leurs déclarations. C’est de leur prison où ils étaient détenus depuis la Noël que ces témoins en appelaient au Saint-Siège ; le pape ordonna à l’évêque de Carcassonne de les entendre. Il est à croire que la plainte de ces témoins ainsi emprisonnés, était fondée ; car ils furent mis en liberté et quelque temps après, Menet de Robecourt n’était plus commissaire et notaire de l’Inquisition ; mentionnant une procédure de lui, une bulle du 13 juin de la même année le désigne comme ayant été commissaire et notaire de l’Inquisiteur.
Le 30 septembre 1359, Innocent VI chargea le franciscain Bernard Dupuy, inquisiteur de Provence, de rechercher les Juifs relaps qui s’étaient réfugiés en d’autres pays. Ces pays c’étaient les royaumes de Castille et d’Aragon puisque c’est à leurs rois que le pape recommandait la mission de Pierre Dupuy. Une inquisition de même genre fut confiée par Urbain V, le 26 juin 1364, au successeur de Pierre Dupuy, le franciscain Hugues de Cardillon ; elle devait porter sur la région de Carpentras, la Savoie, le Valentinois et le Diois ; car c’est auprès des seigneurs de ces pays que le pape accréditait l’inquisiteur. En 1391, l’inquisiteur de Carcassonne, Pierre de Baucheyo, poursuivait toujours les juifs relaps puisque son vicaire, Bernard de Gaillac, en condamnait un à Montpellier. Enfin en nommant, le 30 août 1409, le franciscain Pons Feugeyron inquisiteur d’Avignon, du Dauphiné, de Provence et du Comtat Venaissin, le pape nouvellement élu au concile de Pise, Alexandre V, lui rappelait qu’il devait poursuivre les juifs convertis qui retournaient au judaïsme.
L’Église s’est toujours efforcée de réagir contre les poussées de haine qui entraînaient le peuple chrétien à des actes de violence contre les juifs. Les inquisiteurs pouvant être emportés eux-mêmes dans ce mouvement, le Saint-Siège leur rappela à plusieurs reprises les règles du droit à cet égard. En 1360, les juifs de Provence avaient, dans une supplique, signalé au pape Innocent VI un certain nombre d’abus de pouvoir commis par les Inquisiteurs à leur détriment. On ne leur permettait pas, par exemple, de recevoir copie, à leurs frais, des procédures dirigées contre eux ; on n’observait pas dans les procès où ils étaient impliqués, le décret du concile de Vienne imposant l’assistance d’un représentant de l’Ordinaire ; la prison préventive était pour eux aussi dure que l’afflictive, « duro carceri qui magis ad penam quam ad custodiam videtur tendere, presumitis mancipare. » Le pape prit en considération toutes ces plaintes et ordonna aux inquisiteurs de tenir beaucoup plus de compte désormais, à l’égard des juifs, des règles du droit et des lois de l’humanité.
Boniface VIII avait permis de donner aux juifs poursuivis, comme aux autres inculpés, les noms des témoins à charge quand l’anonymat n’était pas nécessaire à la sécurité de ces derniers ; il est à croire que parfois on ne tenait pas un compte suffisant de cette bulle. Grégoire XI en renouvela les prescriptions le 1er juin 1372. Quelques années plus tard, le 15 avril 1383, le pape d’Avignon retirait à l’Inquisition la connaissance des procès dans lesquels seraient engagés des juifs pour les confier aux Ordinaires apparemment plus cléments parce qu’ils étaient mêlés davantage au monde. Ce fut l’objet d’une lettre qu’il écrivit aux provinces ecclésiastiques de Sens, de Rouen, de Reims et de Lyon. D’autre part, il permit la présence de juifs parmi ces probi viri qui assistaient les inquisiteurs pour peser les témoignages et donner des consultations sur les cas litigieux.