Pendant la campagne d'Écosse, où Somerset avait pour lieutenant le comte de Warwick, et où il voulait enlever la petite Marie Stuart pour Édouard VI, Thomas Seymour ne fut pas oisif. Tandis que le duc, aidé de Warwick, gagnait la bataille de Pinkey, l'amiral captivait le jeune roi son neveu. Il lui persuadait que c'était assez pour Somerset d'être le protecteur du royaume, et que c'était à lui, Thomas Seymour, d'être le gouverneur du roi. L'amiral était le plus aimable des oncles, et sa proposition ravit Édouard. Il lui écrivit une lettre favorable, et Thomas Seymour était près de s'en appuyer au Parlement, lorsque Somerset le manda devant le conseil privé. L'amiral fut très-hautain de langage et d'accent, mais il recula. Menacé de la Tour et du billot, il se réconcilia cette fois avec son frère et reçut un accroissement de dix mille livres sterling de rente à ses revenus.

Il reprit ses complots après la mort de sa femme. Son intention était de supplanter le lord protecteur et d'épouser la princesse Élisabeth.

En même temps qu'il entretenait une liaison avec la fille d'Anne Boleyn, il redemandait Jane Grey qui pleurait à Bradgate la reine douairière. Catherine Parr ne fut profondément regrettée que de cette vierge de son adoption et de toutes ses complaisances. Elle seule porta son deuil dans le cœur. L'amiral, qui demeurait avec sa mère, insista pour avoir Jane qui serait sous cette surveillance auguste. Le marquis et la marquise de Dorset hésitant, Seymour avança beaucoup d'argent au marquis, lequel renvoya la muse adolescente de Charnwood dans la maison de l'amiral.

Thomas Seymour avait deux buts en réintégrant chez lui Jane Grey. Il l'arrachait au lord protecteur qui la désirait pour son fils aîné le comte de Hertford. Bien plus, l'amiral souhaitait de la marier au jeune roi qu'il tiendrait alors doublement à discrétion. C'était le destin de Jane, cette âme sublime et ce beau génie, d'être le jouet de la faiblesse de ses proches et de l'ambition de leurs amis.

Ainsi l'amiral, soit par son mariage, soit par sa tendresse pour Élisabeth, soit par son influence sur lord et sur lady Dorset, allait dans toutes les directions à la puissance.

Il redoubla ses trappes. Il prodiguait l'argent au roi, il flattait ses désirs, il comblait ses fantaisies, il soudoyait des bandits, il engageait des pirates, il enrôlait la noblesse, il enrégimentait les députés des communes et les lords dans une croisade contre le protecteur.

C'est au milieu de ces intrigues sans doute exagérées par la police du duc de Somerset, que Thomas Seymour fut arrêté. Il fut enfermé à la Tour sous la prévention d'une conjuration contre le roi et contre la forme du gouvernement.

L'amiral ne se déconcerta point. Il nia les accusations et défia les accusateurs. Il embarrassa les juges d'instruction, les commissaires, le conseil privé lui-même qui se transporta un matin à la Tour afin d'interroger le prisonnier. Thomas Seymour fut véhément, logique, impérieux et dédaigneux, ne réclamant pour toute grâce que d'être confronté avec ses dénonciateurs et de se défendre en personne devant le Parlement. Il fit peur au duc de Somerset et au conseil privé. Il était dans toute la vigueur de son courage et de son esprit. Sa trahison, s'il y avait trahison, n'était pas manifeste. Il avait eu le jeune roi pour complice. Élisabeth serait impliquée dans la procédure. Le prestige de l'amiral, sa beauté, ses ressources, son éloquence et son audace pouvaient arracher un acquittement qui serait la déchéance du lord protecteur. Toutes ces craintes poussèrent le duc de Somerset et ses partisans à provoquer un bill d'attainder, d'après lequel Thomas Seymour fut jugé sans être entendu.

Le 17 mars 1549, l'ordre de la décapitation fut signé par les lords du conseil et par le lord protecteur. Le 20 mars, l'illustre captif marcha bravement à l'échafaud où il protesta de son innocence avant de poser sa tête sur le billot. Le bourreau trancha d'un seul coup cette tête de dandy et de héros, cette tête belle comme la tête d'Antinoüs, martiale comme celle du jeune Hotspur.

Jane Grey avait quitté une seconde fois le seuil ravagé de Seymour. Elle séjournait successivement soit à Bradgate, soit au palais Dorset, à Londres, chez son père, soit à Hampton-Court, à Greenwich ou à Windsor, près de son cousin Édouard VI qui pleurait avec elle le grand amiral dont il n'avait pas osé abolir la sentence à jamais tragique.