Alors le primat s'adressant à Édouard et à Somerset, les invita l'un et l'autre à ne plus résister. Le roi ne demandait pas mieux. Le protecteur était découragé. Le 10, il se résigna. Le 13, Warwick et ses collègues étaient à Windsor. Ils firent conduire à la Tour Somerset, contre lequel ils entassèrent vingt-neuf chefs de criminalité.
Le protecteur ne montra pas dans ses revers l'audace de son frère le grand amiral. Il confessa tout ce que lui dictèrent Warwick et ses ennemis. Il eut recours à la clémence du roi. A ce prix il eut la vie sauve. Il fut condamné à une amende de deux mille livres sterling de revenu, à la confiscation de tous ses biens mobiliers et à la déchéance de toutes ses dignités.
Le duc de Somerset sortit dégradé de la Tour, le 6 février 1550.
Le comte de Warwick, maître absolu de l'autorité, toucha profondément le roi en ne le forçant pas à répandre le sang de son oncle. Édouard crut que ce calcul de Warwick était de la générosité et il lui en sut un gré infini.
Les réformés tremblèrent pour leurs dogmes. Le duc de Somerset avait été leur providence. Que ferait le comte de Warwick? Ce rusé politique devinait toutes les pensées. Il avait conquis le roi en n'exigeant pas le supplice de Somerset; il cimenta sa prépondérance en ménageant les protestants qui étaient les préférés du jeune monarque théologien. Le comte de Warwick jouait un jeu double; car d'un autre côté il n'offensait pas les espérances des catholiques.
Cranmer continuait son œuvre, une œuvre de douceur et de charité autant que de foi.
Dès le nouveau règne, le primat s'était empressé d'assurer par des pensions le sort des moines sans asile et sans pain. Il avait modifié les ordonnances cruelles de Henri VIII. Il avait obtenu l'amnistie de toutes les condamnations religieuses antérieurement prononcées. Il fit rapporter la loi inquisitoriale des six articles. Il remplaça la liturgie romaine par la liturgie anglaise. Il publia un catéchisme dans lequel, tout en constatant les devoirs des citoyens, il n'omettait pas de rappeler parallèlement les devoirs des gouvernements. Voici son commentaire sur le deuxième commandement: «Tu ne déroberas pas: quand les magistrats chargent leurs sujets outre mesure et requièrent d'eux plus qu'il n'est besoin pour le payement des obligations publiques, cette exaction est un vol et un crime devant Dieu!»
Cranmer correspondait avec Calvin et avec les réformateurs les plus éminents de l'Europe. Il avait fait le pas des sacramentaires et rejeté la présence réelle de l'Eucharistie. Il restitua aux fidèles le calice, et la communion fut célébrée sous les deux espèces. Il supprima le culte des images, retrancha les fêtes superflues, composa un recueil de prières et couronna tant de travaux en donnant aux pasteurs une famille. Le mariage des prêtres fut permis.
Les pères du concile de Trente suscitèrent à l'unité de la Réforme anglicane de redoutables embarras. Ils eurent l'art de dépêcher des anabaptistes dans la Grande-Bretagne. Une lettre à Gardiner prouve ce fait machiavélique.
Les anabaptistes arrivèrent. Ce n'étaient pas les sectaires féroces et dissolus de Jean de Leyde, non, c'étaient des sectaires pacifiques. Sous beaucoup de subtilités, leur religion était un théisme. Pour eux le Christ n'était pas Dieu, c'était seulement un homme inspiré. Ils n'admettaient pas le baptême des enfants: ils en conféraient un autre aux adultes qu'ils régénéraient dans une nouvelle ablution. D'ailleurs ces anabaptistes d'Angleterre étaient inoffensifs, bons, miséricordieux, les ancêtres, selon l'esprit, des quakers de la Grande-Bretagne et de l'Amérique.