Cranmer devait à ces sectaires la même tolérance qu'il accordait aux savants, aux artistes, aux réfugiés allemands, florentins, génois, vaudois, vénitiens, milanais et calabrais. Il était naturellement disposé à l'indulgence, mais poussé par les violents de son Église, il eut le malheur de laisser allumer les bûchers de Jeanne de Kent, et de Von Parris, un Hollandais qui exerçait la chirurgie à Londres (1551).
Siècle formidable que celui où Thomas Morus, le meilleur des catholiques, faisait brûler trois hérétiques, et, où Cranmer, le meilleur des protestants, faisait brûler à son tour deux anabaptistes! Le crime est plus grand chez Cranmer, parce qu'il est plus illogique. Le catholicisme en effet n'est que par l'autorité; au contraire, si le protestantisme est sous le soleil, c'est par la liberté de discuter et de conclure. Comment donc qualifier le protestantisme inquisiteur? En persécutant, le catholicisme n'est qu'inhumain; en persécutant, le protestantisme est inhumain et absurde, plus qu'absurde: idiot.
Le duc de Somerset cependant, dépouillé de tout, avait tout retrouvé en quelques mois. Il n'y avait que le titre et la puissance de protecteur qu'il n'eut pas. Il rentra dans ses biens. Il fut lord du conseil et lord de la chambre du roi. Le comte de Warwick, le ministre dictateur, consentit même, pour satisfaire Édouard, à donner son fils lord Lisle à l'une des filles de Somerset.
L'harmonie toutefois était loin de ces émules. La haine sous des dehors de courtoisie couvait entre eux.
Ils n'étaient pas égaux. Le duc de Somerset n'était que mollesse et violence; le comte de Warwick avait la souplesse de la force, la dissimulation, la patience, la décision. Il frappait sans menacer à la différence du mobile duc qui menaçait sans frapper.
Le comte de Warwick connaissait toutes les rodomontades de Somerset. Il faisait parvenir au roi par des espions de tous les âges, de tous les rangs, et de tous les sexes, les moindres imprudences du duc.
Somerset entretenait une bande nombreuse. Il avait autour de lui des spadassins déterminés. Il parlait de soulever la cité, de reconquérir le jeune roi, d'exterminer sir Williams Herbert, le comte de Wiltshire, et surtout le comte de Warwick. Le roi était instruit à mesure et indirectement par des créatures de Dudley qui en même temps captivait Édouard et les lords du conseil. Le comte de Warwick édifiait le roi en accélérant les progrès de la Réforme, en répondant avec modération aux outrages de Somerset et en comblant ses collègues des faveurs de la cour. Il ne s'oubliait pas lui-même. Ainsi, Thomas Percy, le frère du lord Percy qui avait aimé Anne Boleyn, ayant été décapité et ses enfants mis hors de la noblesse, lord Percy ne put léguer à ses neveux le titre de comte de Northumberland. Ce grand titre vacant, Dudley le travestit et l'arracha au roi, mais il est le seul de sa famille qui en fut décoré. Ce nom de Northumberland, un instant usurpé, refleurit plus tard dans l'antique maison des Percy. Édouard VI, après avoir créé duc de Northumberland le comte de Warwick, créa, par l'insinuation du nouveau duc, d'autres dignités. Il institua duc de Suffolk le père de Jane Grey, le marquis de Dorset dont les deux beaux-frères, fils du dernier lit du vieux Suffolk, avaient succombé à l'épidémie de la suette. Le comte de Wiltshire fut déclaré marquis de Winchester; sir Williams Herbert, comte de Pembroke; Cecil, Cheek, Sidney et Nevil furent faits chevaliers. Northumberland distribua partout des grâces, se fortifiant auprès du roi par sa bienveillance hypocrite envers Somerset, auprès des lords par ses largesses d'argent et de charges.
Pendant ce temps, Somerset se permettait les jactances, les insultes, les mépris. Tout chez lui se bornait aux paroles. Il se berçait de vaines illusions de vengeance et de domination, lorsque, le 17 octobre 1551, comme il se rendait en grande pompe à Westminster, il fut arrêté et conduit à la Tour.
La même prison d'État se referma bientôt sur les partisans du duc. Crane et sa femme, sir Thomas Holcroft, sir Michel Stanhope, sir Thomas Arundel, sir Miles Partridge, lord Paget, le comte d'Arundel, lord Dacres y furent successivement écroués. La duchesse de Somerset ne fut pas épargnée non plus. Elle avait toujours été le mauvais ange de son mari, l'ange de l'orgueil.
Le marquis de Winchester fut nommé lord sénéchal dans le procès. Le duc de Northumberland et le comte de Pembroke, les ennemis de Somerset, ceux qu'il avait voulu assassiner furent parmi ses vingt-neuf juges.