L'Europe était obligée de prêter son attention à la Réforme, car l'écroulement des monastères et de l'édifice traditionnel faisait beaucoup de bruit. En Allemagne et en Angleterre, les biens des couvents étaient confisqués au profit des novateurs, et partout les intérêts servaient, comme toujours, dans les révolutions, de ciment aux idées.
Les spoliations, quoique moindres en Suisse, éveillaient, en même temps que les prédications, les colères des cantons catholiques. Une guerre éclata entre eux et les cantons protestants. En 1531, Zwingle périt dans un combat furieux, et scella de son sang sa doctrine. Bullinger, chassé de Bremgarten, se réfugia à Zurich. Il y fut accueilli d'un grand cœur. Ses talents et sa considération croissant avec ses devoirs, il fut salué comme le successeur de Zwingle. Il ne recula pas devant l'œuvre que les acclamations publiques lui confiaient.
Cette œuvre, c'était le triomphe du zwinglisme, que le réformateur magistral de Genève marqua de sa griffe et qu'il changea en calvinisme. L'audace de Zwingle et de Calvin fut l'adoption du dogme des sacramentaires, à savoir: l'abolition de la présence réelle dans la sainte Cène.
Bullinger eut à Zurich la direction de ce grand mouvement.
Il s'occupa non-seulement de prêcher, mais de moraliser. Il obtint la suppression des enrôlements à l'étranger. Il parla, il agit; il donna des exemples meilleurs encore que les conseils. Il se multiplia. Il ne veilla pas qu'aux soins du gouvernement religieux. Il avait compris que l'instruction publique était la racine de l'arbre de vie. Il l'abreuva sans repos ni trêve cet arbre, et il le fit fleurir sous les rosées.
Il fonda plusieurs écoles normales de prédicateurs, qu'il distribuait ensuite avec un tact supérieur là où ils étaient le plus utiles. Ce fut son infatigable tâche. Il établit partout des chaires d'hébreu et de théologie. Il fut pendant cinquante années l'âme de la prédication et de la doctrine dans le canton de Zurich et bien au delà.
Il rédigea en 1564 une Confession helvétique. La peste ravageait les villes et les campagnes. Bullinger vivait au chevet des malades, au milieu de la mort. Tout en exerçant la charité avec une sainte imprudence, il grava de sa main le dogme nouveau, afin de laisser une instruction durable aux survivants, s'il était fauché lui-même en consolant ceux que le fléau atteignait.
Cette confession mémorable fut adoptée par les théologiens de la Suisse presque entière avec cette restriction magnifique:
«Avant tout nous déclarons que si l'on nous proposait quelque chose de meilleur, selon la parole de Dieu, notre ferme propos serait de le recevoir et de nous y conformer.»