La triste mélopée monta, se prolongea, baissa peu à peu et s'éteignit enfin dans le silence. Ces jeunes paupières s'étaient fermées. Le roi et le page étaient endormis sur leurs chevets.
Le sommeil du roi ne fut pas long. Le grincement des clefs dans les serrures et le bruit des portes sur leurs gonds le réveillèrent en sursaut. Il était environ minuit et demi. Inquiet, le pauvre roi appela Taylor. Lui-même, se précipitant hors de son lit, prit sa pelisse et s'avança dans les corridors du vieux manoir. Taylor suivait Henri, une petite lampe à la main. Les rares serviteurs du roi étaient gagnés au comte de Bothwell. Eux, qui étaient présents, qui n'ignoraient rien, et des lèvres de qui le murmure primitif de la tradition tomba dans l'oreille du peuple, furent sourds par subornation et par crainte aux cris de leur maître. Aucun d'eux ne se montra, aucun d'eux ne répondit. Le roi, éperdu, dans la surprise d'un réveil soudain, descendit l'escalier toujours accompagné de son page rêvant à demi. Ce fut là qu'il aperçut quelques hommes qui se glissaient et qui rampaient le long des marches. C'étaient les sicaires du comte de Bothwell, les bandits qu'il appelait « ses agneaux, » et qui allaient exécuter ses ordres. Ils s'élancèrent sur le roi et sur son page, et, après une courte lutte, ils les étranglèrent. Le meurtre consommé, ils portèrent les cadavres dans un petit verger du voisinage, se décelant eux-mêmes par une sorte d'égarement providentiel. Bothwell n'était pas avec eux. Le sinistre comte, après une apparition rapide au bal d'Holyrood, où des regards mystérieux furent échangés entre lui et la reine, avait passé dans l'appartement de Marie. La reine l'y rejoignit et s'entretint tour à tour avec Bothwell en présence d'Erskine, le capitaine de ses gardes, et avec Bothwell seul. Le comte rentré chez lui, se coucha, puis, « … sortant de son lit, dit Dalgleish, son valet de chambre, il mit ses chausses de velours : sur ces entrefaites arriva François Paris qui lui dit quelque chose à l'oreille. Le comte de Bothwell me parla comme si de rien n'étoit, et me demanda son manteau de cheval et son épée que je luy donnay. » Il couvrit son visage d'un masque, sa tête d'un chapeau rabattu à larges bords, et dans ce nouveau costume il arriva vers une heure du matin à la maison de l'Église-du-Champ. Les assassins avaient déjà transporté leur double fardeau dans le verger. Content d'avoir été prévenu, croyant sans doute les cadavres sous le toit fatal, Bothwell ordonna d'allumer la mèche préparée pour l'explosion des poudres amassées par ses soins, et la maison sauta depuis les fondements jusqu'au sommet. Bothwell contempla quelques secondes ces tristes débris, congédia ses complices, et se retira chez lui où il se recoucha. Quand George Hakit vint heurter à sa porte et lui apprendre l'attentat de la nuit, Bothwell, feignant l'étonnement et l'indignation, se leva précipitamment en criant : « Trahison! »
Cependant le lord prévôt et les magistrats étaient accourus à l'affreuse commotion qui avait épouvanté la ville entière. Ils erraient çà et là parmi les décombres, conjecturant l'assassinat et n'osant s'avouer leurs soupçons. Ce fut seulement au jour qu'un officier de police, s'étant écarté, trouva dans le verger le cadavre de Henri Darnley près du cadavre de son page. Des meurtrissures au cou et le reste du corps intact indiquèrent le genre de mort. Les deux jeunes gens gisaient l'un à côté de l'autre, et se touchaient encore dans l'éternel sommeil. Une froide pluie tombait des rameaux nus du tilleul au pied duquel ils avaient été déposés. Il n'y avait là que des hommes sévères et même durs, des soldats et des magistrats ; mais un sanglot s'échappa de leurs poitrines et se prolongea dans la ville.
Le peuple nomma tout haut les coupables. Des placards accusateurs furent collés aux murs. De furieuses clameurs montèrent le jour et la nuit du fond des carrefours jusqu'au palais. Une affiche fut appliquée sous les fenêtres mêmes de la tour qu'habitait la reine. On y lisait : « Paix au doux Henri! vengeance sur la Guizarde! »
Marie se rendit à cheval d'Holyrood à la citadelle par la Canongate. Les femmes se groupèrent en foule sur son passage. Elles gardèrent un silence menaçant. L'une d'elles s'étant écriée, « Dieu sauve Votre Grâce! » une autre reprit aussitôt : « Dieu la sauve comme elle le mérite! »
Bothwell, suivi d'une troupe armée, parcourut au galop les rues encombrées d'une multitude émue, et, la main sur sa dague, il criait : « Où sont-ils les poseurs d'affiches, que cette bonne lame fasse connaissance avec leur cuir? » Escorté de sa bande féroce, il organisa la terreur du sabre dans la cité. D'aussi loin qu'ils le voyaient, les bourgeois effrayés rentraient dans leurs maisons et se barricadaient. Knox seul, inaccessible à la crainte, rendit audace pour audace.
Il réunit autour de lui tous ses fidèles presbytériens, c'est-à-dire tout Édimbourg. La foule était immense. La ville remplissait le temple. Knox, le front austère, la tête inclinée, traversa la multitude respectueuse qui attendait impatiemment sa parole. Il monta lentement dans sa chaire, se recueillit longtemps, puis éclatant comme malgré lui, l'œil en feu, le geste terrible, il fit d'une voix tonnante, à la manière des prophètes et dans les images de l'Écriture, le tableau des prostitutions de Babylone. Tout l'auditoire était haletant. Les allusions étaient transparentes. Avant de finir cette éloquente malédiction, Knox s'arrêta tout à coup, et déchirant d'horreur, de douleur, son manteau de ministre, il s'écria : « Ma patience est à bout, mes frères. Mes yeux en ont trop vu, mes oreilles trop entendu. Je ne resterai pas une heure de plus dans Sodome. Je vais vivre au fond des bois, pour n'être plus témoin de l'abomination de la désolation. Vous qui demeurez, révélez et vengez! Reveal and revenge! »
Après ce redoutable anathème, il descendit de sa chaire et sortit d'Édimbourg. Il se retira dans une hutte de bûcheron, où ses disciples allaient secrètement en pèlerinage. Ils en rapportaient ces passions ardentes, ces inspirations de flamme qui embrasaient le peuple, et qui allumaient de plus en plus la colère universelle contre la reine.
Ce grand jour où Knox s'enfuit au fond des bois, quelques heures après son arrivée dans la cabane du bûcheron, il s'évanouit. Nul de ses disciples ne réussit à le rappeler à la vie. Ce fut un pâtre des monts Pentlands, qui, en jouant un air du Lothian sur sa cornemuse, réveilla Knox de cet évanouissement qui passa dans toute l'Église presbytérienne pour un sommeil divin.
Tous les soirs, très-tard, il s'endormait au bruit d'une cascade de la montagne. La chute harmonieuse et monotone de cette grande nappe d'eau pouvait seule calmer l'agitation formidable de ses pensées.