« Je les ai exhortés à prêcher et à conseiller les voies de douceur. Je n'ai trouvé en eux qu'austérité. Je ne sais pas ce qu'ils feront dans la suite.
« … On dit hautement parmi le peuple et parmi les gens de tous les états, que la reine n'a pas plus le droit de commettre un meurtre ou un adultère qu'aucun particulier, et qu'elle est également soumise en ces points aux lois divines et humaines. »
Irritée du refus des lords confédérés qui interdisaient à Trokmorton l'entrée de Lochleven Élisabeth les jugeait sévèrement.
Elle écrivit à son ambassadeur le 6 août :
« … Nous trouvons que leurs comportements et procédés envers leur reine surpassent tout le reste, et sont si extraordinaires, que nous ne pouvons pas nous empêcher de penser, et tout l'univers sans doute avec nous, qu'ils ont en ceci été bien au delà du devoir de sujets, et qu'il doit nécessairement en résulter sur eux une tache perpétuelle et ineffaçable. »
Trokmorton insinua aux principaux des nobles le mécontentement d'Élisabeth. Les lords s'excusèrent, et persistèrent à barrer le chemin à Trokmorton. Décidés à précipiter Marie d'un pouvoir qu'elle voulait partager avec Bothwell, leur ennemi, ils comprirent qu'il ne fallait pas donner à leur reine une force de plus en lui apprenant, par un négociateur aussi délié que Trokmorton, la bienveillance de l'Angleterre.
Rebuté de nouveau, l'ambassadeur d'Élisabeth, sur l'ordre de sa maîtresse, s'adressa au parti des Hamilton. Il les encouragea à prendre les armes et à remettre Marie en liberté.
« Notre intention, lui écrivait Élisabeth, est que vous fassiez bien entendre aux Hamilton que nous approuvons leurs procédés (en ce qui concerne leur souveraine, par rapport à sa délivrance), et que nous sommes disposée à faire, sur ce point, tout ce qu'il nous paroîtra raisonnable de faire pour la reine, notre sœur. »
Mais Élisabeth, Trokmorton et les amis de Marie Stuart furent alors impuissants. Édimbourg et toute l'Écosse étaient en feu. Knox et les ministres soulevaient les fureurs de la multitude contre le meurtre et l'adultère. Les nobles se liguaient pour empêcher à tout prix la réhabilitation de Bothwell et les vengeances qui auraient suivi une restauration de la reine et de son audacieux complice.
Nommés pour gouverner le royaume par intérim, les lords du conseil agitèrent le sort de Marie Stuart. Plusieurs proposèrent des mesures extrêmes, et voulaient condamner Marie pour l'assassinat de Darnley. La majorité inclina à une décision moins rigoureuse. Elle conclut à dépouiller Marie de la royauté dont elle s'était rendue indigne. Elle était alors tellement tombée dans l'estime de l'Europe, le mépris universel l'avait tellement découronnée, que du Croc, l'ambassadeur des Guise autant que du roi de France, s'entendit avec les lords du conseil pour sauver le trône des Stuarts en l'assurant à Jacques VI. Ils députèrent à la reine Ruthven, Melvil et Lindsey, afin de la plier à leurs desseins. Marie, avertie par Trokmorton que tout ce qu'elle promettrait dans sa prison ne l'engagerait point, céda aux injonctions de ses ennemis. Sir Robert Melvil, en qui elle avait foi, lui parla secrètement dans le sens de Trokmorton. Ruthven, dont le père s'était si barbarement signalé dans l'assassinat de Riccio, était absent ce jour-là, malgré le témoignage contraire de quelques historiens. C'est Lindsey qui présenta la plume à la reine, et qui la pressa de tracer son nom au bas des actes qui lui étaient imposés. Il ajouta violemment et avec un accent qui fit tressaillir Marie, que c'était le seul moyen de racheter sa tête. Comme elle hésitait, il avança la main, et du même gantelet de fer qu'il avait envoyé de la colline de Carberry à Bothwell en signe de défi, il serra jusqu'à le meurtrir le bras de la reine trop lente à signer.