Ce fut le 24 juillet 1567 que Marie Stuart, brutalement contrainte, abdiqua en faveur de son fils, et nomma régent le comte de Murray. Le jeune prince fut reconnu roi et sacré le 29 à Stirling. Le comte de Marr le tenait dans ses bras pendant la cérémonie. Le comte de Morton à droite, le comte d'Athol à gauche, portaient l'un le sceptre, l'autre la couronne ornée du chardon. L'épée était aux mains de lord Glencairn. Knox, sorti depuis quelque temps de sa retraite, prêcha. Dans un sermon véhément, il déchaîna sur l'assemblée et sur l'Écosse tous les orages de sa solitude, il secoua toutes les torches de son fanatisme politique et religieux.

Murray, qui avait quitté précipitamment la France, se rendit à Londres, où il conféra avec les ministres d'Élisabeth. Le 11 août, il était à Édimbourg. Sûr d'être élevé à la régence par les lords presbytériens, il ne dédaigna pas de donner à son droit une sanction de plus : le vœu spontané de la reine captive. Il la visita à Lochleven. Marie, qui l'aimait encore, l'accueillit comme une espérance. Murray, dans les deux premières entrevues qu'il eut avec elle, fut sévère jusqu'à la dureté ; dans la troisième il parut s'attendrir ; et la reine, touchée, lui demanda tout en larmes d'accepter la régence. Elle l'en supplia en son nom et au nom de son fils. Alors Murray s'engagea à subir ce triste fardeau du pouvoir par dévouement pour elle et pour le jeune roi. Marie se crut sauvée, en échappant à l'autorité du conseil qui aurait gouverné si Murray eût refusé la régence, et Murray, heureux de son stratagème profond, s'empara de la dictature qui aurait écrasé tout autre que lui. Il s'empressa de la légitimer auprès des nobles, en déclarant qu'il la tenait de leur confiance ; auprès des puissances étrangères, en alléguant qu'il avait fléchi aux prières de sa sœur ; auprès du clergé presbytérien et du peuple, en jurant qu'il n'oublierait pas son premier devoir qui était envers l'Évangile. « … J'aurai soin, écrivait-il dans une proclamation célèbre, de chasser du royaume d'Écosse et de ses dépendances, tous les hérétiques et ennemis de la véritable religion du Christ. »

Pendant que ces événements s'accomplissaient à Lochleven et à Édimbourg, Bothwell se réfugia dans les Shetland. Traqué par Kirkaldy de Grange et par la haine écossaise, il recommença son ancien métier de corsaire. La mer du Nord le revit sur son brick redouté. Il fut pris enfin dans un dernier combat, dans un combat acharné, au milieu d'une tempête. Bothwell, son brigantin démâté, ses canons éteints, s'obstina contre les éléments, contre les ennemis et contre le sort. Il répondit longtemps à une formidable artillerie, par une fusillade de plus en plus faible. Ce fut seulement quand il n'y eut plus d'espoir que blessé, sanglant, il baissa son pavillon noir de pirate devant le drapeau rouge étoilé de la croix blanche, pavillon glorieux du Danemark.

Il fut condamné à une prison perpétuelle. Selon le mode le plus ignominieux de la dégradation des chevaliers, le bourreau brisa à coups de hache les éperons de Bothwell, qui fut enfermé entre les quatre murs du château de Malmoë, seul avec sa conscience et ses souvenirs, dénué de toute consolation, privé même d'un serviteur. Triste retour des choses humaines! Cet aventurier audacieux, qui croyait grandir toujours par les attentats, au lieu de vivre sur le trône, ainsi qu'il s'en était flatté, parmi les délices de l'amour et les splendeurs d'Holyrood, fut jeté dans l'humide solitude d'une forteresse. Ce qui s'entre-choqua de regrets, de révolte, de désespoir dans cette âme superbe, Dieu seul le sait! Tantôt debout à sa fenêtre, un tremblement nerveux agitait tous ses membres, tantôt accroupi sur sa natte comme un athlète terrassé, une sueur froide mouillait son visage. Il écoutait dans un farouche silence les bruits du dehors et du dedans, le pas des geôliers, le cliquetis des clefs à leur ceinture, le retentissement des armes sur les dalles des corridors et sur le pavé des cours, le cri du hibou, le gémissement du vent et des flots du Sund, le ruissellement de la pluie sur le toit, le roulement de la foudre sur les créneaux, et plus haut peut-être que toutes ces voix, la voix du sang injustement versé! Ces choses sans cesse entendues firent plus que le tuer ; elles le rendirent fou.

Cependant Marie Stuart expiait de son côté ses fautes et son forfait. Reléguée dans une petite île, en un donjon délabré, où elle n'avait pour promenoir qu'un espace de cinquante pieds, elle luttait sans cesse contre le découragement. Du haut de sa tour de Lochleven elle regardait aux quatre coins de l'horizon, à l'orient et à l'occident, au sud et au septentrion, interrogeant l'air, sondant l'étendue, appelant de toutes les puissances de son désir des secours et des partisans.

Ce séjour de Lochleven, sur lequel le roman et la poésie ont répandu des lueurs si charmantes, l'histoire plus vraie ne peut le peindre que dans sa nudité et dans ses horreurs. Le château, ou plutôt le fort, n'était qu'un bloc massif de granit, flanqué de deux lourdes tours, peuplé de chauves-souris, éternellement noyé dans la brume, défendu par les eaux du lac, par le fanatisme, par la vengeance. C'est là que gémissait Marie Stuart, opprimée sous les violences des lords presbytériens, déchirée par le remords, troublée par les fantômes du passé et par les terreurs de l'avenir.

Et ce qui ajoutait aux tortures de sa captivité, c'est qu'elle était grosse dans ce donjon. Elle y accoucha, au mois de février 1568, d'une fille qui fut emmenée sur le continent, et qui devint religieuse au couvent de Notre-Dame de Soissons.

Entièrement guérie, mais profondément triste, Marie Stuart écrivait, le 31 mars 1568, à l'archevêque de Glasgow, en France :

« De Lochleven.

« Monsieur de Glascow, votre frère (John Beatoun), vous fera entendre ma misérable condition ; et, je vous prie, présentez-le et ses lettres, sollicitant ce que vous pourrez en ma faveur. Il vous dira le surplus : car je n'ai ni papier ni temps pour écrire davantage, sinon prier le roy, la royne et mes oncles de brusler mes lettres : car si l'on sait que j'ai escrit, il coûtera la vie à beaucoup, et mettra la mienne en hasard, et me fera garder plus estroitement. Dieu vous ait en sa garde et me donne patience!

« De ma prison, ce dernier mars, votre ancienne bien bonne maistresse et amie,

« Marie, R. (Royne), maintenant prisonnière. »

Elle écrivait à Catherine de Médicis :