Les vrais sentiments de Marie éclataient parfois dans l'intervalle de ces communications fardées. Il se présenta vers cette époque une occasion propice. Ayant reçu des encouragements de la reine Élisabeth d'Espagne, fille de Henri II, femme de Philippe II et sœur de Charles IX, elle versa dans sa réponse toute son âme.
« De Bolton, 24 septembre 1568.
« Madame ma bonne sœur, je ne vous saurois descrire le plaisir que m'ont donné, en temps si mal fortuné pour moy, vos aymables et confortables lettres, qui semblent envoyées de Dieu pour ma consolation, entre tant de troubles et d'adversités dont je suis environnée… Je vous diray une chose en passant, que si les roys, vostre seigneur et frère, estoyent en repos, mon désastre servirait à la chrestiantay. Car ma venue en ce pays m'a tant esclairée de l'estat issi, que, si j'avois tant soit peu d'espérance de secours d'ailleurs, je métroys la religion subs, ou je mourrois en la poyne. Tout ce quartier est entièrement dédié à la foy catholique, et pour ce respect, et du droit que j'ay à moy, peu de chose aprandroit cette royne d'aider aux sujets contre les princes. Elle est en si grande jalousie, que cela, et non autre chose, me fera remestre en mon pays. Mais elle vouldroit par tous moyens me faire porter blasme de ce dequoi j'ay estay injustement accusée, comme vous verrés en brief par un discours de toutes les menées qui ont estay faytes contre moy depuis que je suis née, par ces traistres à Dieu et à moy. Il n'est encore achevé. Cependant je vous diray que l'on m'ofre beaucoup de belles choses pour changer de religion ; ce que je ne feray. Mays si je suis pressée d'accorder quelques points que j'ay mandé à vostre ambassadeur, vous pouvés juger que ce sera comme prisonnière. Or je vous assure, et vous suplie, assurés en le roy, que je mourray en la religion catholique romaine, quoy que l'on en dise. Je ne puis l'exerser issi, car l'on ne me le veult permettre ; et seullemant pour en avoir parlé, l'on m'a menassée de me retenir, et me donner moings de crédit.
« Au reste, vous m'avez entamé un propos en vous jouant que je veulx prandre en bon essiant : c'est de mesdames vos filles. Madame, j'ai un fils. J'espère que si le roy, et le roy vostre frère, auquel je vous suplie escrire en ma faveur, veullent envoyer une ambassade à cette royne, en déclarant l'honneur qu'il me font m'estimer leur sœur et alliée, et qu'ils me veullent prendre en leur protection ; la requerrant, d'autant que leur amitié lui est chère, de me remettre en mon royaume, et m'ayder à chatier mes rebelles, ou qu'ils s'esforceront de le fayre, et qu'ils s'assurent qu'elle ne vouldra estre de la partie des subjects contre les princes, elle n'oseroit le refeuser, car elle est assez en doubte elle mesme de quelque insurrection… Elle n'est pas fort aymée de pas une des religions, et, Dieu merssi, je pance que j'ay guagné une bonne partie des cueurs des gens de bien de ce pays despuis ma venue, jusques à hasarder ce qu'ils ont avecques moy, et pour ma querelle. En cas que Dieu me soit misericordieulx, je proteste que si vous m'acordiés l'une de vos filles pour lui (pour Jacques), laquelle qu'il vous playra, il sera trop heureulx. L'on m'offre quasi de le faire naturaliser, et que la royne l'adoptera pour son fils. Mais je n'ay pas envie de leurs bayller et quister mon droit, qui seroit cause de le randre de leur religion méchante ; mays plutost, si je le ray, je le voudrois envoyer, et me soubmettre à tous dangers pour establir toute ceste isle à l'antique et bonne foy. Je vous suplie, tenés cessi segret ; car il me cousteroit la vie.
« J'aurois bien plus à vous écrire, mais je n'ose. Encore ays-je la fièvre de ceste-ci. Je vous suplie, envoiés moi quelque un en vostre particulier nom, en qui je me puisse fier, affin que je lui fasse entendre tous mes desaints.
« Vostre très-humble seur à vous obéir,
« Marie. »
Cette lettre éloquente, aveugle et résolue, peint admirablement la nièce des Guise.
Tandis qu'Élisabeth descendait le courant du double esprit de la réforme dans les deux royaumes, Marie aspirait à le remonter. Issue d'un Stuart et d'une Lorraine, élevée par des oncles ambitieux et fanatiques, elle voulait s'allier à l'Espagne, unir son fils à la fille de Philippe II, châtier par les armes ses rebelles d'Écosse, rétablir, au milieu des applaudissements de la France et des bénédictions de Rome, le catholicisme dans toute l'île de la Grande-Bretagne. Reine, voilà ses chimères, sa politique impossible ; mais femme, comment ne pas la comprendre, comment n'être pas touché, quand elle est de la religion de sa mère, quand elle est au désespoir et qu'elle se soulage en s'épanchant?
Cependant les conférences entre les commissaires d'Élisabeth, ceux de Marie et les seigneurs écossais s'envenimaient de plus en plus. Il ne s'agissait de rien moins que de la couronne, et peut-être de la vie de la reine d'Écosse. Le duc de Norfolk, le comte de Sussex, sir Ralph Sadler, représentaient Élisabeth ; Leslie, évêque de Ross, les lords Livingston, Herries, Boyd et l'abbé de Killwinning représentaient Marie Stuart. Murray, Morton, Lindsey, l'évêque d'Orkney et l'abbé de Dunfermlin, se portaient pour accusateurs. Ils étaient assistés de Maitland, de Robert Melvil et de Buchanan.
Ces conférences furent tenues d'abord à York, dans le palais épiscopal, à quelques pas de la cathédrale, cette œuvre accomplie, ce Parthénon gothique dont le voisinage religieux était impuissant contre de si furieuses passions.
Pour plus de commodité, et pour être heure par heure au courant de ses vengeances, Élisabeth substitua bientôt Londres à York.
De nouvelles conférences eurent lieu quelquefois à Westminster, le plus souvent à Hampton-Court.
Hampton-Court, au bord de la Tamise, le château majestueux dont les innombrables façades bâties en pierres et en briques sont flanquées de tours et de clochetons d'un goût si exquis, le rendez-vous de tous les plaisirs et de toutes les fêtes, le Versailles des Tudors, devint une tragique maison de justice, un tribunal ténébreux où se jouèrent, par la tyrannie d'une reine, l'honneur et la liberté d'une autre reine.
Là, Norfolk excepté, les commissaires d'Élisabeth chargés d'entendre les deux parties, exploitèrent l'équivoque situation de Marie dans le sens de la haine et de la politique de leur maîtresse.