Cependant le régent, le comte de Lennox, était au pouvoir des cavaliers de la reine. Il s'était rendu à Spens de Wormeston. Il était monté en croupe derrière l'ennemi généreux qui avait reçu son épée. Spens courait à toute bride pour soustraire à la fureur des Hamilton le vieillard qui avait mis en lui son espérance. Claude Hamilton les atteignit. Il ordonna à son escorte de faire feu sur le comte de Lennox. Spens s'y opposa, et périt héroïquement en défendant son captif blessé mortellement à ses pieds. Ce meurtre fut la vengeance d'un autre meurtre, de celui de l'archevêque de Saint-André, un Hamilton.
Le comte de Marr succéda à Lennox. Il ne gouverna que peu de mois. Le fardeau fut trop lourd pour sa vertu.
Le comte de Morton le remplaça aux affaires. Son ambition longtemps contenue éclata. Toujours influent par sa naissance, par ses talents, par son courage, il n'avait pas encore exercé la dictature, dont il s'empara enfin. Il était naturellement féroce, et rien ne surpassait sa cruauté, si ce n'est sa cupidité. Il vendait tout, même la justice. Il envenima la guerre civile. Guerre de vols, de viols, de meurtres, où la société, en proie à tous les fléaux de l'anarchie armée, chancelait sur ses bases éternelles, comme les édifices dans les tremblements de terre ; guerre impie, qui bouleversait l'État, comme la tempête bouleverse les éléments, et qui chassait le laboureur du sillon, le négociant du comptoir, le juge du tribunal, le prêtre du sanctuaire, sans respecter personne, si ce n'est les hommes de pillage et de carnage, qui ne respectaient rien! Les deux partis continuèrent, l'un sur les injonctions de Morton, l'autre à son exemple, d'exécuter leurs prisonniers. Chaque jour, de nouvelles escarmouches livraient au bourreau de nouvelles et d'innombrables victimes. Morton était un Douglas, et ces guerres exterminatrices furent appelées, de son nom de famille, les guerres des Douglas. Les armoiries de sa maison, les armoiries au cœur sanglant, étaient l'emblème vrai de sa vie. Il entremêlait de volupté les vices et les crimes. Le lendemain de la mort de sa femme, il exprimait sa joie et en cherchait une autre. Il entretenait autour de lui trois ou quatre maîtresses de haut rang, sans compter les filles du peuple, qu'il regardait toutes comme ses concubines. Plus homme politique, toutefois, qu'homme de plaisir, fourbe, sans pitié, dévoré de la soif de l'or, abandonné à tous les vertiges du pouvoir, ce fut un Sylla féodal. Il n'eut pas moins de perversité, et il eut autant de grandeur. Il déjoua et il lassa pendant cinq années le parti de la reine. Les deux principaux seigneurs de ce parti, le duc de Châtellerault et le comte de Huntly, se soumirent à l'autorité du roi. Ils reconnurent le comte de Morton comme régent. Kirkaldy de Grange persista seul, avec Maitland de Lethington, à tenir pour Marie Stuart dans le château d'Édimbourg.
De Grange résistait depuis plusieurs années sur ce roc formidable, sur ce mamelon de granit qui domine la mer, la plaine et la ville. Depuis longtemps il n'était plus secouru ni de l'Écosse ni de la France. Tout lui faisait défaut. Il commandait des soldats que son seul courage préservait de la désertion. Il n'avait plus d'argent, plus de crédit, plus de ravitaillements. Il s'obstinait par honneur au sommet de cette forteresse suprême de son parti, le seul pan de montagne dont Marie fût restée maîtresse dans le royaume de ses pères. « De Grange m'asseure, écrivait-elle à l'archevêque de Glasgow, qu'il me gardera le chasteau tant que vie luy durera. »
Tous les efforts de Morton se concentrèrent à la fin contre cette citadelle. Après avoir échoué par la diplomatie, il tenta de réussir par la force. Il rassembla toutes les troupes écossaises dont il put disposer, et il fit un pressant appel à Élisabeth dont l'alliance lui était acquise à jamais. Une fraternité machiavélique et des intérêts réciproques cimentaient cette alliance. Morton avait besoin d'Élisabeth pour son autorité, et Élisabeth avait besoin de Morton pour ses desseins sur l'Écosse. Elle se hâta d'envoyer de Berwick des troupes nombreuses et un corps d'artillerie pour former le siége du château d'Édimbourg.
Le brave Kirkaldy de Grange prit toutes les mesures que suggère une expérience consommée ; il déploya toutes les ressources qu'inspirent le mépris du danger et la science de la guerre. Du haut de son nid d'aigle il arrêta trente-quatre jours les armées réunies de l'Écosse et de l'Angleterre. Réduit aux dernières extrémités, sollicité par les prières de la garnison exténuée de faim et de soif, il se défendait encore. Les munitions manquant, il exhorta ses soldats à se contenter de l'arme blanche. « Mourons, disait-il, comme nous avons vécu, le sabre et l'épée hors du fourreau. » Mais il parlait à des spectres que le désespoir saisit, lorsque des deux fontaines qui les abreuvaient l'une tarit, et l'autre disparut sous les décombres amoncelés par l'artillerie des assiégeants. Forcé de capituler, de Grange se rendit au général anglais, au maréchal de Berwick, Drury, qui promit, au nom d'Élisabeth, de recommander la garnison et son généreux commandant à la clémence du jeune roi d'Écosse. Mais Élisabeth s'entendait bien avec Morton ; elle lui livra le héros et le diplomate des guerres civiles de l'Écosse, Kirkaldy de Grange et Maitland de Lethington. Dès qu'on soupçonna cette intention de la reine d'Angleterre, des rumeurs sinistres circulèrent sourdement à diverses reprises. L'ambassadeur de France, La Mothe-Fénelon, eut plusieurs explications avec Élisabeth. Il se plaignit que le comte de Morton voulût verser le sang des prisonniers du château d'Édimbourg, « qui s'estoient rendus à elle, et qu'il sembloit qu'un régent ne debvoit entreprendre un faict de telle conséquence, sans en advertyr les principaulx alliés de la couronne. »
Les réponses d'Élisabeth, transmises par La Mothe-Fénelon furent toujours les mêmes, successivement et atrocement hypocrites : « A sçavoir, » écrit l'ambassadeur à Charles IX, « qu'elle n'avoit rien entendu de l'exécution ; qu'elle avoit remis tout l'affère à ceulx du pays ; n'avoit accepté les personnes du chasteau pour prisonnyers, et qu'elle sçavoit bien que son ambassadeur vous avoit donné compte de tout ce fait ; dont pensoit que, par le premier pacquet que je recepvrois de Vostre Majesté, j'en serois amplement informé. »
Les officiers anglais furent navrés de la décision de leur reine. Ils pleurèrent tous cette trahison envers le héros de Dunedin ; c'est ainsi que les soldats appelaient Kirkaldy, du nom celtique du château d'Édimbourg. Le maréchal de Berwick, qui avait pour de Grange un culte militaire, fut si pénétré de douleur qu'il renonça à son gouvernement des frontières, aimant mieux encourir le ressentiment d'Élisabeth que de paraître participer à la violation d'une parole qu'il avait engagée à un tel homme, et d'une capitulation qu'il avait signée.
Du reste, les bruits précurseurs des tragiques rancunes du régent n'étaient que trop fondés.
Maitland comprit tout de suite qu'il n'y avait pas de grâce à espérer de Morton. Il se résigna vite, avec la facilité d'un courage longtemps éprouvé dans les troubles de sa patrie. Il se prépara à bien mourir. Cette vaste et souple intelligence, si fertile en expédients, n'en découvrait plus qu'un, le poison, un de ces poisons subtils dont les princes d'Italie faisaient alors un si fréquent usage, et qui étaient en quelque sorte un élément de leur politique infernale. Maitland déploya tranquillement le papier où il conservait cette petite poudre qui allait le délivrer, et la délaya dans un verre de vin des Canaries. Il posa ce verre sur la table, devant laquelle il s'assit comme pour y travailler à quelque plan d'homme d'État. Mais son âme trop souvent emportée à tous les vents de l'intrigue diplomatique et factieuse n'avait plus qu'une affaire, celle de l'éternité.