De Morlaix, les cinq Maries furent menées sans retard à Saint-Germain en Laye, où la petite reine fut accueillie avec une tendresse mêlée d'ambition et de curiosité.

François Ier venait d'emporter dans la tombe les regrets des gens de lettres et des gens d'épée. L'avénement de Henri II avait été l'avénement d'une maîtresse et de plusieurs favoris. « Au moment de l'agonie du roy, dit un historien contemporain, le Dauphin (Henri II), travaillé de desplaisir, s'estoit jetté sur le lit de la Dauphine (Catherine de Médicis), laquelle estoit à terre, et faisoit de l'esplorée et dolente. Au contraire, la grande séneschale (Diane de Poitiers), et le duc de Guise, qui n'estoit alors que comte d'Aumale, y estoient : celle-là toute gaye et joyeuse, voyant le temps de ses triomphes approcher ; celui-ci se promenant par la chambre de la Dauphine ; et de fois à autre alloit à la porte savoir des nouvelles, et quand il revenoit : Il s'en va, disoit-il, le galand. »

Quand Marie arriva, Diane avait au moins quarante ans ; mais elle était la plus belle et la plus grande dame de toute la cour. Nulle n'aurait osé prétendre à être sa rivale. La reine elle-même, âgée seulement de vingt-six ans, ne cherchait pas à lutter contre un ascendant irrésistible, et consentait à loger chez elle, au château d'Anet, ravissante demeure, même avant d'avoir été restaurée par le génie de Philibert de Lorme. Le roi comblait Diane de richesses et de pouvoir. Le pape (Paul III) comptait avec elle, et lui envoyait une chaîne de perles d'un grand prix. Les favoris, le connétable de Montmorency, le maréchal de Saint-André et les Guise la flattaient, afin de partager avec elle les bonnes grâces du maître.

Les Guise, qui n'étaient pas seulement des courtisans et des hommes de guerre, mais par-dessus tout des chefs de parti et des hommes d'État, jetaient dès lors les fondements d'une grandeur plus incontestée en passionnant leur sœur, la reine douairière d'Écosse, et le roi Henri II, pour le mariage de leur nièce avec le Dauphin.

Le comte d'Arran, régent du royaume, le plus proche parent et le plus proche héritier de Marie Stuart, toujours empressé de plaire, ne contraria point le voyage de la jeune reine ; il entra même dans les vues de la reine mère, qui, avec toute la véhémence d'une princesse lorraine, désirait unir sa fille au Dauphin. Le comte d'Arran avait été préparé peu à peu à ce grand acte politique par l'ambassade de France, qui n'épargna rien pour le gagner, ni raisons, ni argent, ni honneurs. Conseillé en cela par les Guise, le roi Henri II lui fit une pension considérable, et lui accorda le duché de Châtellerault. Cette dernière faveur, si précieuse aux yeux du plus grand seigneur de l'Écosse, le séduisit entièrement, et il donna son consentement à tous les projets du cabinet de Saint-Germain.

Marie de Guise ne le tint pas quitte pour si peu. Elle eut l'insinuation, l'habileté suprême de décider le duc de Châtellerault à lui céder la régence. Le duc se démit en faveur de la reine mère, au grand étonnement de l'Écosse, à la grande colère des Hamilton, et surtout du nouvel archevêque de Saint-André, le frère du duc. Devenue, par cette abdication, maîtresse du royaume, Marie de Guise exerça le gouvernement avec toute la sagesse que comportaient son sexe et les passions, soit du parti qu'elle avait à combattre, soit du parti qui la soutenait. Or, ces passions étaient terribles et désorientaient souvent sa route. Ses vrais ministres étaient le cardinal de Lorraine et le duc de Guise, l'honneur de leur maison, dont le cardinal lui écrivait :

« … Monsieur nostre frere est de retour, et vint trouver le roy à Paris, avec si noble et grande compaignie, que de longtemps n'en fut veu une plus belle. Et fault que je vous die, Madame, que non-seulement le roy et tous ceulx du royaulme le prisent et estiment, mais aussy les estrangers, et mesme les ennemys, le tiennent pour le plus vaillant homme de la chrestienté. Il se porte fort bien, Dieu mercy… »

Ils conseillèrent à la reine régente de fortifier le pouvoir royal par l'établissement d'une armée régulière qui relèverait directement de la couronne. Ils lui conseillèrent aussi de cimenter l'Église romaine, quelquefois par la modération, quelquefois par les rigueurs, et de saper ainsi, par une conduite adroite et ferme, la réforme dans ses bases. La reine régente essaya et échoua. Elle mit toute son activité, toute sa volonté dans ces deux grands labeurs : l'accroissement du pouvoir royal et le maintien de la foi catholique. Elle s'y dévoua en princesse digne de ses deux noms, et elle succomba à la peine.

Elle aurait désiré réprimer l'indépendance sans frein et diminuer le prestige de la haute noblesse, en réduisant la suite de certains seigneurs qui marchaient accompagnés comme des rois. Plusieurs faisaient leurs tournées féodales et arrivaient au parlement, quand il était convoqué, avec une escorte qui dépassait mille cavaliers. La reine régente rendit contre un pareil abus une ordonnance qui fut affichée à l'entrée de toutes les églises d'Édimbourg et à la porte de tous les châteaux. Les seigneurs firent arracher l'ordonnance, afin, disaient-ils, de la lire plus commodément. Quand ils se rencontraient sur le grand escalier du palais où s'assemblait le parlement, ils s'abordaient en riant, et vantaient ironiquement le soin que la reine prenait de leur bourse, de leur bœuf et de leur ale, en cherchant à les débarrasser des drôles qui les ruinaient par un appétit désordonné. « Mais, ajoutaient-ils, ils aiment tant à vivre à nos dépens, que la reine y perdra son temps et ses placards. »

Marie de Guise ne se découragea point et présenta au parlement un impôt qui lui permît de lever des troupes régulières et permanentes. L'impôt fut rejeté à une immense majorité, et les orateurs s'écrièrent, en frappant de leurs gantelets la table de leurs délibérations, qu'ils n'avaient pas besoin de bras mercenaires pour protéger de toute invasion leur chère Écosse.