Vaincue dans le sein même du parlement, la reine eut recours aux négociations particulières, qui toutes furent vaines. Elle supplia les plus puissants de recevoir garnison dans leurs manoirs crénelés, sous prétexte de les mieux défendre contre les Anglais. Ils avaient résisté aux ordres et aux menaces, ils se jouèrent des prières. Leurs refus unanimes sont très-heureusement résumés dans celui de Douglas, comte d'Angus.

La reine, au nom de son intérêt pour Douglas, lui proposa de recevoir une garnison française dans son château de Tamtallon, trop exposé aux insultes et à la haine des Anglais. Douglas s'inclina, et dit qu'il était tout dévoué aux deux reines et au pouvoir royal ; puis, s'adressant à son faucon favori qu'il portait sur le poing, et qui, gorgé de viande, lui en demandait encore : « Oiseau glouton, dit-il, seras-tu donc insatiable et ne trouveras-tu jamais que c'est assez? » De dépit, la régente se mordit la lèvre jusqu'au sang. Mais lorsqu'elle fut parvenue à se dominer, elle pressa de nouveau le comte d'obéir au vœu qu'elle lui exprimait. Le comte, cette fois, la regardant en face, lui répondit : « Madame, mes châteaux sont à votre Grâce, ils sont prêts à baisser devant vous leurs ponts-levis ; mais, par le cœur sanglant des Douglas, tous mes ancêtres et tous mes descendants me renieraient si je cessais d'en être le gouverneur. »

Le comte d'Angus, en parlant pour lui, exprimait le sentiment de toute la féodalité écossaise.

La régente, plus entraînée par les prêtres et par ses frères aux violences du fanatisme qu'inclinée aux tempéraments de la politique, réussit moins encore, s'il est possible, dans les affaires religieuses. Elle recommença les confiscations et ralluma les bûchers. Les intervalles de tolérance furent courts. La persécution, loin de courber à l'obéissance, provoqua la révolte. Les lords de la congrégation, nom sous lequel on désignait les seigneurs protestants insurgés, se mirent à la tête de leurs vassaux, de leurs amis, et en appelèrent au Dieu des armées. Dans leurs rangs brillait lord James Stuart, fils naturel de Jacques V. A une époque où les lettrés de profession embarrassaient leur génie de tant de mauvais goût et d'affectation, il parlait, il écrivait la langue de la politique et des affaires avec la vigueur mâle et l'énergique simplicité d'un homme dont la place devait être la première dans le gouvernement de son pays. C'était un jeune puritain ardent et réfléchi, d'une ambition profonde, d'une audace calme, de talents innombrables. Égal déjà et prêt à tous les hasards de l'avenir, il avait d'avance l'instinct de l'autorité, le nerf du commandement, l'auréole d'une grande destinée. Il était le courage, la sagesse et l'espérance de son parti. La régente essuya plusieurs échecs et se jeta dans le château d'Édimbourg. L'intrépide troupe de Français, qui était sa véritable force militaire, se défendit dans Leith avec un héroïsme désespéré contre les efforts réunis de l'Écosse réformée et de l'Angleterre. Les protestants, vainqueurs partout, rendirent partout persécution pour persécution. Ils volaient, tuaient, incendiaient. Les monastères, surtout, étaient livrés au pillage et aux flammes : « Abattons les nids, disaient les presbytériens, et les corbeaux s'envoleront. » La reine mourut de douleur (Juin 1560).

François et Marie, dont l'union si longtemps projetée par les Guise s'était accomplie, comprirent, à la situation des esprits en Écosse, qu'il fallait avoir recours à l'indulgence, aux concessions. Ils acceptèrent en gémissant le traité d'Édimbourg (6 juillet 1560). Ils renonçaient, par ce traité, au droit d'introduire dans le royaume des troupes étrangères. Ils subissaient la clause d'un conseil de gouvernement formé de douze membres, dont cinq seraient nommés par les états. Ils se résignaient à laisser le parlement maître des délibérations politiques, et souverain arbitre des questions religieuses.

Ils reconnurent en même temps la légitimité de la reine Élisabeth, dont ils s'engagèrent à effacer de leur blason les armes et la couronne. La paix proclamée à ces conditions, les troupes françaises et anglaises évacuèrent l'Écosse.

Le parlement, qui avait conquis l'omnipotence, ne tarda pas à l'exercer dans le sens et dans le courant de la réforme, vers laquelle l'esprit public gravitait de plus en plus. Composé des grands et des petits barons, des représentants du clergé et des bourgs, un parlement écossais était vraiment une assemblée nationale où dominait toutefois la haute noblesse. Celui qui se réunit après le traité du 6 juillet fut en réalité un parlement constituant. Le plus grand seigneur de ce parlement était le duc de Châtellerault ; le plus riche, le comte de Huntly. Le comte de Lethington y brillait par sa facile éloquence, par sa supériorité incomparable dans les affaires étrangères ; le comte de Morton, par son audace, par sa dextérité dans les intrigues intérieures ; John Knox, par sa science, sa fougue et son autorité de tribun dans les questions religieuses. Lord James Stuart se faisait remarquer déjà comme le centre puissant de ces influences diverses, qu'il arrêtait et qu'il précipitait à son gré. Les parlements écossais convoqués en une seule chambre avaient cela de redoutable qu'ils discutaient peu, agissaient vite et marchaient droit au but.

Le parlement de 1560 profita de tous ses avantages. Il frappa de réprobation les dogmes de l'Église romaine et interdit tout exercice du culte de cette Église, sous peine de confiscation des biens pour la première transgression, sous peine de bannissement pour la seconde, et pour la troisième sous peine de mort. Il décréta qu'une confession de foi serait rédigée par les docteurs les plus habiles du presbytérianisme.

Cette confession de foi s'éloignait à plusieurs égards du protestantisme anglais.

Les deux différences principales entre la réforme de l'Écosse et celle de l'Angleterre méritent d'être signalées en peu de mots.