Le comte de Morton avait eu la précaution d'exiger l'oubli de tous les attentats qu'on pourrait lui reprocher d'avoir commis envers le roi. Il ne s'était point contenté de la parole de Jacques, il avait obtenu un pardon écrit, signé et scellé du grand sceau. Cette prévoyance fut vaine. Jacques craignait le comte de Morton et ses favoris le haïssaient. Ils insinuèrent aisément au roi qu'il fallait sacrifier au bien public un sujet trop puissant, et le punir de ses forfaits. Jacques avait des scrupules. Il ne voulait pas violer sa parole royale. On le rassura par un subterfuge qu'il accueillit avec joie. Ses deux favoris, Esme Stuart d'Aubigny et James Stewart, lui persuadèrent qu'il n'était pas fait mention dans l'amnistie accordée au comte de Morton du meurtre de Henri Darnley, père du roi. Jacques alors entra dans un complot que James Stewart lui dévoila.
A quelques jours de là, le roi présidait son conseil dont les membres étaient les principaux seigneurs de l'Écosse, presque tous jaloux du plus grand d'entre eux, le comte de Morton. James Stewart s'avança précipitamment jusqu'au fauteuil de Jacques, et, fléchissant le genou, lui demanda justice contre le comte. « Il a, répondit Jacques, mon pardon royal pour les crimes mêmes dont il aurait pu se rendre coupable envers ma personne. — Sans doute, reprit Stewart, mais l'assassinat de votre père, de lord Darnley, vous ne l'avez pas absous, et j'accuse Morton d'en être complice. »
Le comte répliqua d'abord avec hauteur ; puis, voyant qu'on se disposait à l'arrêter, et devinant qu'on était déterminé, il dédaigna de se défendre. Les juges étaient choisis, et le procès fut prompt. Le tribunal devant lequel comparut Morton était composé de ses ennemis. Il en récusa quelques-uns, mais ils continuèrent à siéger.
Morton ne se fit pas d'illusion. Au lieu d'écrire son plaidoyer, il écrivit son testament.
Il légua d'immenses trésors au comte d'Angus, son neveu, d'autres disent à son fils naturel, Jacques Douglas. Quoi qu'il en soit, on ne sait ce que devinrent ces trésors enfouis dans des tonnes cerclées de fer, au fond des souterrains du comte ou cachés dans les caves de ses partisans les plus dévoués. Ce redoutable millionnaire, armé si longtemps des foudres du pouvoir, se sentit pauvre dans le dernier mois de sa vie. Il manquait du luxe accoutumé et même du nécessaire. Un jour qu'il se rendait de sa prison au tribunal, une vieille femme en haillons lui demanda l'aumône. Il chercha, par habitude, dans la poche de son justaucorps, et la trouva vide. Alors il emprunta d'un de ses gardes quelques schellings, puis, les donnant à la mendiante en secouant la tête : « Douglas n'est plus Douglas, dit-il ; voilà désormais ses largesses. »
Il fut condamné, comme il s'y attendait, et déclaré complice de l'assassinat de Darnley. Le comte écouta son arrêt stoïquement, sans plainte, sans emportement, avec une froide intrépidité. Quand la sentence lui fut prononcée, il releva la tête en Douglas, et c'est lui qui ressemblait à un juge ; ses juges, qui tous avaient été les flatteurs de sa régence, ressemblaient à des condamnés.
Élisabeth, dès qu'elle fut avertie du danger de Morton, tenta de le sauver. Elle envoya Randolph en Écosse, afin d'obtenir, soit par les menaces, soit par les caresses, une grâce que Jacques ne voulut point accorder. Les ruses de l'ambassadeur anglais, l'or qu'il sema pour corrompre, les paroles qu'il prononça pour effrayer, tout fut inutile. Jacques demeura inflexible. Randolph fut même obligé de se soustraire à la colère du roi par la fuite. Du reste, il ne se dissimulait pas l'énormité des crimes de Morton. « Je ne puis désirer pour le comte aucune merci, écrivait-il au chancelier d'Angleterre, s'il y a quelque vérité dans ce qu'on dit de lui, dans ce qui est avoué par plusieurs en qui il avait mis sa confiance. »
La nuit qui suivit sa sentence et qui précéda son exécution, le comte de Morton dormit d'un sommeil paisible, comme autrefois la veille d'une bataille. Ses remords devaient être grands, mais son courage était plus grand encore, et lui ferma les paupières au bord de sa fosse ouverte. A son réveil, le ministre presbytérien qui l'assistait le supplia d'avouer qu'il était vraiment complice du meurtre de Darnley. « Bothwell me proposa de l'être, dit-il, et je refusai. — Vous lui gardâtes le secret? reprit le ministre. — Sans doute, ajouta le comte : à qui donc l'eussé-je révélé? A Darnley? il aurait tout répété à Marie par faiblesse. A la reine? elle était la première complice. Dans les deux cas j'étais perdu. Qu'importe tout cela? ajouta-t-il ; la maiden est là. On n'en veut ni à mon innocence, ni à ma culpabilité. On en veut à ma puissance. Je suis un soldat et un homme politique. Je ne m'étonne ni de mon supplice, ni de la bassesse de mon accusateur et de mes juges. Je daigne leur pardonner. Je mourrai comme j'ai vécu, en Douglas. » Il parut se recueillir avec une gravité religieuse devant l'éternité, et chercher une mystérieuse saveur au trépas, peut-être au repos. Il marcha bravement jusqu'au lieu du supplice, et ni un soupir, ni un attendrissement ne trahirent l'âme hautaine du patricien. Seulement, au pied de l'échafaud, de violentes et courtes convulsions accusèrent une agitation intérieure dont il ne tarda pas à supprimer tous les signes. La nature troublée un moment redevint stoïque en Morton. La maiden trancha sa vie. C'était une machine qu'il avait importée lui-même du comté d'York en Écosse. Le coupable était ajusté sous une hache affilée surmontée de plomb, et suspendue à une corde roulant sur une poulie. Le bourreau, en lâchant la corde, précipitait la hache, qui décapitait le condamné. C'était tout simplement la guillotine, que la philanthropie d'un membre de l'Assemblée constituante crut inventer pour adoucir les supplices, et qu'un Douglas, le plus terrible des régents de l'Écosse, avait introduite dans sa patrie pour abattre plus vite ses ennemis. Il fut la plus illustre victime de cette arme légale qu'il destinait à d'autres. Il souffrit le trépas comme il l'avait infligé, avec cette indifférence superbe des dictateurs aristocratiques ou révolutionnaires qui ont tant abusé des passions et de la force, qui ont tant épuisé les émotions, qu'à la fin il leur est égal de vivre ou de mourir.
James Stewart, le favori de Jacques, l'accusateur du régent, commanda les troupes de service et présida en personne à l'exécution.
La tête de Morton fut exposée au-dessus de la porte de la Tolbooth, cette geôle noire et menaçante encore dans sa caducité. Le corps du comte fut abandonné tout le jour sur l'échafaud. Un cavalier de James Stewart jeta par pitié sur le cadavre de Morton son manteau de soldat. De tous ceux qui avaient partagé les longues prospérités du régent, nul ne se présenta, soit pour lui rendre ce triste devoir, soit pour l'accompagner quand les valets du bourreau le portèrent au cimetière des criminels. La terreur ou l'ingratitude avait écarté les anciens partisans du comte ; ses parents étaient en fuite ou en armes, et Morton n'avait pas un ami.