Le second danger qui menaça mortellement Marie Stuart, en cette mémorable année (1572), fut la Saint-Barthélemy.
La Saint-Barthélemy, cette monstrueuse tragédie accomplie alors en France, illumina de joie et le Vatican et l'Escurial, mais elle eut un retentissement formidable en Écosse et en Angleterre. Plus de trente mille huguenots périrent dans ce massacre terrible. Aux abords du Louvre et le long des quais de la Seine, « le sang, dit d'Aubigné, couroit de tous costés, cherchant la rivière. » Le pape se réjouit, Philippe II tressaillit d'aise, et le seul sourire qui ait éclairé sa figure blême et morbide passa sur ses lèvres. Élisabeth en rugit de colère et de douleur. Tout son royaume s'émut avec elle. D'abord elle refusa de voir l'ambassadeur de France, qui voulait justifier son maître ; et quand elle daigna l'admettre, ce ne fut que le 9 septembre, à Oxford, dans une chambre tendue de noir, elle-même et toute sa cour en grand deuil. M. de La Mothe-Fénelon déclara, de la part de Charles IX, à la reine, que la religion était hors de cause, et que la Saint-Barthélemy n'avait pas été organisée contre des protestants, mais contre des conspirateurs. La reine d'abord garda un silence obstiné et menaçant. Elle le rompit d'une voix sourde, indignée, et répondit un long discours ambigu, emmiellé au bord, amer au fond. Sa conclusion fut qu'il était bien étrange que M. l'amiral de Coligny et ses coreligionnaires eussent été ainsi égorgés sans l'intervention de la justice. Les conseillers, les ministres de la reine, entourant ensuite M. de La Mothe-Fénelon, ajoutèrent que c'était « le plus énorme faict qui, depuis Jésus-Christ, fust advenu au monde. »
Pendant qu'Élisabeth et tous les protestants d'Angleterre et d'Écosse étaient consternés, les catholiques, partisans de la reine Marie, se réveillèrent de leur découragement et se concertèrent avec leur imprudence accoutumée. La révolte devint imminente. Burleigh et Leicester pressèrent Élisabeth de sacrifier Marie Stuart. Ils lui démontrèrent que cette mort importait à la tranquillité du royaume. Les évêques la proclamèrent légitime ; les lords et les communes, nécessaire ; et toute l'Angleterre applaudit à ces manifestations barbares.
« Je vous suplie très-humblement, » écrivait M. de La Mothe-Fénelon à Catherine de Médicis, « de parler un mot de bonne affection à M. de Walsingam pour la royne d'Escoce, car je vous puis assurer, madame, qu'elle est en grand danger. »
Élisabeth, qui désirait plus qu'aucun homme et qu'aucun parti le trépas de sa rivale, de celle qu'elle avait toujours haïe d'une haine mêlée de fiel et de sang, Élisabeth résista toutefois à l'entraînement général. Elle avait la religion de la monarchie. Elle répugnait à faire tomber une tête royale au grand jour. La couronne qui ornait cette tête abhorrée devait la rendre précieuse et sainte à l'univers entier. Élisabeth ne voulait pas affaiblir le respect pour les princes, ce respect qui était la sécurité de tous les trônes ; mais elle voulait se venger de son ennemie, la frapper dans les ténèbres, sans que la majesté souveraine ni sa réputation fussent compromises ; et voici quelle noire intrigue elle ourdit. Elle dépêcha Killegrew à Édimbourg, avec la mission ostensible de travailler à rétablir la paix dans ce malheureux pays déchiré par la guerre civile, et avec l'ordre secret de tramer le meurtre de Marie Stuart sur la terre d'Écosse par des mains écossaises. Élisabeth donna elle-même ses instructions à Killegrew en présence de Burleigh et de Leicester, les seuls complices, les seuls instigateurs de cet attentat. Killegrew partit, résolu à tout tenter pour le succès de son indigne ambassade.
La reine d'Angleterre livrerait Marie Stuart, pourvu que, après avoir demandé cette extradition, le gouvernement de l'Écosse s'engageât à faire périr Marie sans délai et sans éclat. Une seconde clause imposée au gouvernement écossais était de ne point nommer Élisabeth.
Elle se félicitait déjà, la cruelle princesse, et tout en disant : « La reine d'Écosse est ma fille, » elle ajoutait avec un accent sinistre : « Celle qui ne veut bien user envers sa mère mérite d'avoir une marâtre. »
Killegrew alla droit à Dalkeith, au château de Morton, qui l'écouta favorablement et lui promit son concours, concours régicide, que j'ai omis dans le récit de la vie et de la mort du comte, mais qu'il est équitable de restituer ici. Marr, régent du royaume, fut moins accessible aux machinations de l'Angleterre. Sa froideur inquiéta Killegrew et ne le découragea pas. Il eut recours à Morton, qui entraîna le comte de Marr. Un acte fut rédigé par eux, et porté à Burleigh par l'abbé de Dunfermlin. Marr consentait à délivrer Élisabeth, l'Angleterre et l'Écosse de Marie Stuart et des périls qu'elle faisait courir au protestantisme. Il stipulait trois conditions principales : la réserve entière des droits de Jacques VI, le payement de tout l'arriéré dû à l'armée écossaise, et la présence du comte d'Essex avec trois mille hommes de troupes anglaises à l'exécution de Marie Stuart.
Chose étrange! Élisabeth, Burleigh et Leicester demandaient, Killegrew sollicitait, et Morton accordait un assassinat! Le comte de Marr croyait-il n'accéder qu'à une grande mesure nationale? Il admet une exécution qui suppose un jugement. Odieux sophisme d'une vertu aux abois qui cherche, par un dernier et vain effort, à colorer d'un semblant de procédure un abominable forfait! Ah! certes, s'il y avait eu un jugement, il aurait été sommaire. « Tout sera fini en quatre heures, » écrivait triomphalement Killegrew à Burleigh.
Ce fut le 26 octobre que le comte de Marr envoya l'abbé de Dunfermlin à Burleigh ; le 28, il mourait à Stirling. Il tomba subitement malade à son retour de Dalkeith, où il avait été s'entendre avec le comte de Morton, ce grand fascinateur.