Son appartement était triste et malsain. « Je me trouve, écrivait-elle à M. de Mauvissière, en très grande perplexité pour ma demeure en cette maison, s'il m'y faut passer l'hyver prochain ; car n'estant, comme je vous l'ai autrefoys mandé, que de meschante vieille charpenterie, entr'ouverte de demy pied en demy pied, de sorte que le vent entre de tous costez en ma chambre, je ne sais comme il sera en ma puissance d'y conserver si peu de santé que j'ay recouverte ; et mon médecin, qui en a esté en extresme peine durant ma diette, m'a protesté qu'il se déchargeroit tout à fait de ma curation, s'il ne m'est pourveu de meilleur logis, luy mesme me veillant, ayant expérimenté la froydure incroyable qu'il faisoit la nuit en ma chambre, nonobstant les estuves et feu continuel qu'il y avoit et la chaleur de la saison de l'année ; je vous laisse à juger quel il y fera au milieu de l'hyver, cette maison assise sur une montagne au millieu d'une plaine de dix milles à l'entour, estant exposée à tous ventz et injures du ciel. Je vous prye luy faire requeste en mon nom (à la reine Élisabeth), l'asseurant qu'il y a cent païsans en ce villaige, au pied de ce chasteau, mieuz logez que moy, n'ayant pour tout logis que deux méchantes petites chambres. De sorte que je n'ay lieu quelconque pour me retirer à part, comme je peux en avoir diverses occasions, ni de me promener à couvert : et pour vous dire, je n'ay esté oncques si mal commodément logée en Angleterre, qui est le piz où j'avois séjourné auparavant. »

Et puis des scènes de violence et de meurtre avaient jeté sur cette maison une ombre sinistre. Un soir, la reine, appuyée à sa fenêtre, vit retirer d'un puits de sa cour un catholique dont la constance avait irrité les puritains qui avaient puni de mort ce martyr. Un autre jour, à son lever, Marie apprit qu'un jeune prêtre, catholique aussi, qu'elle avait remarqué plusieurs fois se débattant au milieu de ses gardes et luttant avec eux pour ne point assister aux offices protestants, avait été étranglé dans une tour de Tutbury, à quelques pas de son appartement.

De tels attentats contre les catholiques, dans le château qu'elle habitait, et qui était ainsi transformé en geôle publique, la remplirent d'indignation, de trouble et de noirs pressentiments.

Ce qui accroissait encore son aversion pour cette demeure, c'est que l'une des femmes qu'elle aima le mieux, et qui lui adoucit le plus la captivité, sa bonne Rallet, y mourut.

L'imagination de Marie était frappée. A combien d'ennemis et d'amis elle survivait! Nous les avons comptés ailleurs. Le sort impitoyable avait ajouté à cette liste, déjà si longue, ses serviteurs, ses nobles, ses parents les plus proches, les plus intimes dans son cœur.

Elle avait perdu successivement les Beatoun, John et André, frères de l'archevêque de Glasgow, tous deux ses maîtres d'hôtel, ses conseillers, et dont l'aîné était l'un de ses libérateurs de Lochleven. Elle avait perdu Raullet, l'un de ses secrétaires, un homme d'un caractère difficile, mais tout consumé du feu de son zèle pour sa maîtresse et pour la maison de Lorraine.

Elle avait perdu, en avril 1576, le comte de Bothwell, dont la raison succomba d'abord, et dont la vie s'éteignit enfin au fort de Dragsholm, où le retenait le roi de Danemark. Revenu à lui-même un peu avant l'agonie, le comte justifia, dit-on, Marie Stuart du meurtre de Darnley dans une déclaration authentique et suprême. Cette pièce, il est vrai, n'existe plus en original, si toutefois elle a jamais existé. Le bruit néanmoins se répandit en Europe que Bothwell avait juré sur la damnation de son âme pour l'innocence de la reine d'Écosse. Marie crut à cette générosité de Bothwell, et, bien qu'elle ne l'aimât plus, sa reconnaissance pour ce dernier acte de tendresse, le souvenir d'Holyrood, de Dunbar, de ses folles amours, de ses bonheurs si vite évanouis, tant d'impressions terribles réveillées par ce trépas fatal et lointain, la plongèrent dans une sombre tristesse. Cette tristesse, mêlée de scrupules et sans doute de remords, sembla saigner sous un aiguillon mystérieux, et rappelle involontairement un souhait adressé par Marie Stuart, en 1575, au pape Grégoire XIII. La reine priait le chef de l'Église d'autoriser le chapelain qu'elle choisirait à lui donner l'absolution de certains cas réservés au saint-père seul, et que nul prêtre n'a le droit de remettre, si ce n'est à l'article de la mort. Il y a là peut-être un aveu indirect, le cri étouffé d'une conscience en détresse. Toutefois, Marie ne fit en aucune autre circonstance d'allusion à son crime que pour le nier. Si elle l'avoua plus explicitement, ce ne fut qu'à Dieu.

Elle avait perdu don Juan d'Autriche, empoisonné dans son camp devant Namur.

Don Juan n'était pas un sentiment pour Marie Stuart, c'était plutôt, soit un calcul d'ambition, soit un songe de gloire qu'elle caressait dans ses prisons. Elle savait qu'elle était plainte du héros de Lépante, et l'on disait tout bas qu'il voulait se faire roi des Flandres, dont il était gouverneur, pour offrir un trône à l'auguste captive. Quoi qu'il en soit de ses projets, le vainqueur de l'islamisme portait ombrage à Philippe II. Ce Tibère de l'Escurial, sur un simple soupçon, prépara et infligea, de la nuit du cloître royal, à son ambitieux frère, le sort de Germanicus.

Marie Stuart avait perdu sa grand'mère, qui l'avait bercée sur ses genoux, qui l'avait gâtée enfant, jeune fille et reine ; seule faiblesse qu'ait montrée durant sa longue vie cette duchesse de Guise, la Cornélie de tant de Gracques féodaux.