On rapporte qu'un jour elle aperçut à travers les lourds barreaux de sa chambre une troupe de cigognes que leurs petits suivaient instinctivement dans les airs : « Voilà, dit-elle en les montrant du doigt à ses femmes, les images de deux biens qui me manquent : la liberté premièrement, et la piété filiale dont Jacques me prive. » Puis, se reprenant avec l'accent d'une résolution inébranlable : « S'il persiste dans l'hérésie, je le déshériterai de mes droits à la couronne d'Angleterre, et je les transmettrai au roi catholique. »
Le désir de la liberté remplissait son âme et s'en échappait à tout instant.
Elle écrivait à lord Burleigh (mars 1585) : « … Ma liberté est aujourd'hui la seule chose en ce monde qui me peut contenter en esprit et en corps ; sentant l'un et l'autre si affligés par ma prison de dix-sept ans, qu'il n'est en ma puissance de la supporter plus longuement. Je vous prie donc, encores un coup, très affectueusement qu'il y soit mis une foys fin, sans me laisser davantage ici traynant à la mort. »
Ce fut à peu près en ce temps-là (septembre 1585) que Castelnau quitta l'Angleterre et fut remplacé par M. de Châteauneuf. Avant de partir, il obtint la promesse que Marie Stuart serait conduite en un château moins délabré et plus salubre que Tutbury. Ce fut un dernier service qu'il rendit à la prisonnière.
De 1575 à 1585, Castelnau avait lutté pour sauver du naufrage des révolutions religieuses la tête de Marie Stuart et cette vieille fraternité de l'Écosse avec la France, qui remontait jusqu'à Charlemagne. Il fut peu secondé, il fut même entravé par son gouvernement. Ses efforts furent grands, généreux, habiles, mais vains. Sa trace glorieuse mérite d'être honorée par l'histoire. Il fut l'un des plus sérieux et des plus puissants diplomates du XVIe siècle, la plus grande époque de la diplomatie du monde. Ce ne fut pas lui, ce ne fut pas la diplomatie qui manqua à Marie Stuart et à l'alliance de la France et de l'Écosse ; ce fut le levier du protestantisme, ce furent Catherine de Médicis et Henri III, ce fut la royauté déloyale et fourbe des Valois.
L'union des deux royaumes de la même île par l'alliance anglaise, substituée en Écosse, à cause de la conformité de religion, à l'alliance française, tel fut le but profond que la politique britannique poursuivit dans l'ombre longtemps avant de l'atteindre sous Jacques VI.
Les ambassadeurs français combattirent cette politique tortueuse et persévérante. On n'a pas assez loué les ressources d'intelligence et de fermeté qu'ils déployèrent dans cette tâche impossible. Michel de Castelnau s'y distingua entre tous, et nous lui devons ce témoignage au moment où il se sépare de Marie Stuart.
La reine d'Écosse s'affligea du départ de l'ambassadeur, et son isolement s'empira de l'absence d'un ami si ancien, si éprouvé.
Visitée par toutes les adversités, malade, désabusée, pauvre, écrasée sous les pierres de ses donjons, rejetée par l'Écosse, abandonnée de ses proches, même de son fils, mais toujours courageuse et charmante, n'aspirant qu'à dénouer sa chaîne ou à la briser, prête à tout pour conquérir la liberté ; telle était Marie Stuart, lorsque, le 24 décembre, d'après l'engagement pris envers Castelnau par le conseil privé, elle fut transférée à Chartley, un château du comte d'Essex, dans le comté de Stafford. Elle s'y établit avec toute sa maison, encore nombreuse, malgré les réductions successives dont la tyrannie d'Élisabeth l'avait décimée.
La reine d'Écosse avait un maître d'hôtel, dignité qui répond à celle de maréchal du palais ; c'était Melvil, chargé du gouvernement intérieur et de la direction suprême. Marie avait aussi un médecin, un chirurgien, un apothicaire, et un valet de chambre. Pasquier, son argentier, était chargé de sa cassette et de tous ses joyaux.