Babington s'exalta encore dans le commerce de ces hommes de parti. Lorsqu'il repassa en Angleterre, il fut recommandé par eux à la reine d'Écosse, et par elle à l'ambassadeur de France. Marie fit plus. Elle écrivit de sa main une lettre de haute estime et de confiance sans bornes à Babington. Il ne se posséda pas de joie, et, dans les transports de sa reconnaissance, il crut que ce ne serait pas trop de sa vie pour payer une telle faveur.
Il se rapprocha de l'ambassade française, le canal par où passaient toutes les lettres secrètes que Marie écrivait de ses prisons, toutes celles qui lui arrivaient de l'Écosse, de l'Angleterre, de l'Espagne, de l'Italie, de la France et des Pays-Bas. Il fut quelques mois l'intermédiaire entre la reine et ses correspondants de tous les pays. Mais lorsque sir Ralph Saddler et Sommers, puis sir Amyas Pawlet, furent chargés de la garde de la reine, leur surveillance fut si active, que Babington, privé d'ailleurs auprès d'eux des facilités que lui donnaient l'indulgence et l'ancienne familiarité de lord Shrewsbury, se ralentit insensiblement, non dans son zèle, mais dans ses démarches, et recula devant l'impossible.
Les paquets mystérieux s'accumulèrent alors à l'ambassade. Quand M. de Châteauneuf remplaça M. de Mauvissière, il en trouva des monceaux, et il préposa Cordaillot, un de ses secrétaires, aux seules affaires de la reine d'Écosse.
Dans le même temps, à Reims, près du tombeau où reposait Marie de Guise, la mère de Marie Stuart, le séminaire des jésuites anglais était une école de fanatisme. Le docteur Allen, qui recevait de Philippe II une pension de deux mille écus d'or par an, était le recteur de ce séminaire. On y exaltait l'infaillibilité du pape, dont on lisait les bulles que les professeurs et les prédicateurs commentaient dans leurs chaires comme sur un trépied. On honorait, on célébrait le régicide. On enseignait le meurtre des souverains hérétiques, surtout le meurtre d'Élisabeth. On montrait le ciel ouvert à quiconque serait assez hardi pour tenter la grande entreprise et pour combattre le saint combat. Une étincelle de ce foyer de conspiration tomba sur l'imagination de John Savage, qui avait longtemps servi sous le duc de Parme, et il offrit d'exécuter ce que la religion commandait. Il fut approuvé, ménagé, caressé, et il se dirigea vers l'Angleterre afin d'y assassiner Élisabeth.
Un prêtre du séminaire de Reims, Ballard, partit aussi, et se rendit à Paris, pour conférer des desseins de Savage et de ses propres plans avec les amis de Marie Stuart. Il vit Charles Paget et Morgan, l'archevêque de Glasgow et don Bernard de Mendoça. Il fut convenu entre eux que la mort d'Élisabeth serait suivie de l'avénement de Marie au trône d'Angleterre, et du rétablissement du catholicisme dans toute la Grande-Bretagne. C'était là le double rêve de Marie elle-même, des Guise, du pape et de Philippe II. Mais afin que cette contre-révolution s'accomplît, il fallait une conspiration, il fallait plus d'un homme à l'œuvre, il fallait que le soulèvement des catholiques correspondît à l'assassinat d'Élisabeth, à la délivrance de Marie Stuart, et motivât un débarquement de troupes espagnoles prêtes à seconder de si heureux événements. On donna des lettres à Ballard pour Babington, dont on était sûr.
Ballard passa la Manche sous un costume militaire, et sous le nom du capitaine Fortescue. Il découvrit Babington, lui remit ses lettres, lui raconta les projets arrêtés par le comité de Paris, et lui parla de la résolution de Savage, qui devait tout faciliter, tout aplanir. Il eut soin d'indiquer le but de cette grande entreprise : la résurrection du catholicisme en Angleterre, et le couronnement de Marie Stuart. Il satisfit la foi, il embrasa le sentiment de Babington. Il lui déguisa l'assassinat sous la religion, sous l'enthousiasme. Babington promit même le meurtre. Il s'engagea à trouver des complices, tous gentilshommes, qui aideraient comme lui Savage dans son périlleux coup de main, et qui le compléteraient en délivrant la reine Marie. Il tint parole, il gagna et enrôla Edward Windsor, Barnewell, Tichebourne, Dunn, Charnoc, Abington, Charles Tilney, Thomas Salisbury, Jones Travers et Robert Gage.
Content d'avoir mis le feu à ces jeunes courages, et d'avoir préparé les voies, Ballard revint à Paris rendre compte de son voyage, et retourna bientôt à Reims pour contempler sans risques, de ce port pieux, le spectacle de l'incendie qu'il avait allumé au delà du détroit.
Walsingham avait l'œil et la main dans la conspiration. Elle jaillit des passions catholiques et politiques, dont les partisans de Marie Stuart étaient consumés, soit en France, soit en Angleterre. Mais si le profond et astucieux ministre ne créa pas cette conspiration, il la vit éclore, la réchauffa, la cultiva dans des proportions terribles. Il y entretenait ses affidés les plus pénétrants, les plus actifs. C'était l'usage des conseillers d'Élisabeth. « Par toutes les cours de l'Europe, écrit l'ambassadeur de France, M. de Châteauneuf, ils ont des hommes, lesquels, sous ombre d'estre catholiques, leurs servent d'espions ; et n'y a colléges de jésuites, ni à Rome ni en France, où ils n'en trouvent qui disent tous les jours la messe pour se couvrir et mieux servir à cette princesse (Élisabeth) ; mesme il y a beaucoup de prestres en Angleterre tolérés par elle pour pouvoir, par le moyen des confessions auriculaires, découvrir les menées des catholiques. »
Jusque-là, les principaux instruments de Walsingham étaient Polly et Greatly, mêlés aux conspirateurs de Londres, et Maude, un prêtre attaché aux pas de Ballard dont il avait la confiance.
Walsingham était loin cependant de tenir tous les fils du complot ; il en connaissait la réalité, mais il en ignorait les principaux acteurs, les ramifications, les détails, les circonstances décisives. Il n'était pas sans inquiétude, et il s'impatientait des obscurités, des lenteurs qui l'entouraient, lorsqu'un nouveau personnage apparut.