La reine d'Écosse interrogea vainement ses gardiens sur ce messager. Le même jour, selon son habitude, elle monta à cheval, et son œil inquiet sondait l'espace, désespérant d'y apercevoir ses libérateurs, lorsque, par une manœuvre de son escorte, elle fut séparée de ses gens et conduite à sa nouvelle résidence. Elle y fut enfermée seule dans une petite chambre, sans plumes, encre, ni livres. C'est là qu'elle apprit la découverte de la conspiration, la saisie de tous ses meubles, de tous ses coffres, de tous ses papiers, l'arrestation de Nau et de Curle, ses deux secrétaires.
Sir Amyas Pawlet ne ramena sa prisonnière à Chartley que le 30 août. Soumise à une surveillance plus rigoureuse, à des humiliations plus cruelles, elle pressentit le dénoûment terrible. Waad, assisté des agents de Walsingham, avait traversé cette prison royale. Ils avaient tout emporté : lettres, argent, bijoux. Quand Marie rentra dans son appartement, elle le trouva violé et dépouillé. Ses serviteurs étaient noyés dans les larmes, ses parures et son linge inventoriés, ses bahuts vides. Ces pauvres chambres que le malheur et la majesté royale auraient dû rendre sacrées, la brutalité d'une police ignoble les avait saccagées, et l'insulte s'était mêlée au pillage. Marie, dont l'âme était plus dévastée que sa demeure, ne se fit aucune illusion. Elle comprit toute sa destinée, et s'y résigna en princesse d'Écosse et de Lorraine. « Sir Amyas, dit-elle à Pawlet dont elle rencontra le regard, il me reste encore deux choses : dans mes veines le sang royal qui me donne droit à la succession du trône d'Angleterre, et dans mon cœur un dévouement sans bornes à la religion de mes aïeux. »
Elle comprenait maintenant que ce sang serait bientôt tari et que ce cœur ne battrait pas longtemps. Elle écrivit et parvint à faire passer à son cousin le duc de Guise une lettre où elle épancha tous les sentiments qui l'oppressaient. « Mon bon cousin, dit-elle, ayez pityé de mes pauvres serviteurs destituez, car l'on m'a tout osté icy, et m'attends à quelque poison ou autre telle mort secrette… Je désire que mon corps soyt à Reims, auprès de feue ma bonne mère, et le cœur auprès du feu roy mon seigneur (François II). »
La reine d'Écosse allait être transférée au château de Fotheringay, dans le comté de Northampton, à quelques milles de Peterborough. Ce fut la dernière hôtellerie anglaise où la conduisit l'hospitalité d'Élisabeth.
Depuis plusieurs années cette question s'agitait dans les conseils de Greenwich et se prolongeait d'irrésolutions en irrésolutions.
Dès 1581, Burleigh écrivait à Walsingham : « Le conseil, aussi variable que l'atmosphère, n'est parvenu à aucune conclusion, car Sa Majesté elle-même ne s'est prononcée sur aucun point. Tellement que, fatigués de parler, les membres se sont séparés, et que la reine a remis le tout à une autre époque. On a délibéré longtemps pour savoir dans quel lieu on confinerait la reine d'Écosse, pour instruire et juger son procès. On ne voulut pas de la Tour. Le conseil recommanda à l'unanimité le château de Hertford, et la reine y consentit durant tout un jour ; mais elle changea bientôt d'avis, et dit qu'il était trop près de Londres. Alors on parla de Fotheringay, qu'elle trouva trop éloigné ; puis successivement de Grafton, de Woodstock, de Northampton, de Coventry et de Huntingdon, qu'elle refusa tous, les uns, parce qu'ils n'étaient pas assez fortifiés, les autres à défaut de convenance. Le parlement sera probablement dissous, et sa prochaine réunion fixée au 10 décembre prochain ; mais la reine veut que la cause de la reine d'Écosse soit entendue et terminée avant cette réunion ; néanmoins on ne peut rien faire jusqu'à ce que le lieu de sa translation soit choisi. »
Le 25 septembre 1586, Élisabeth s'était enfin déterminée. Marie Stuart monta dans son coche par un ciel couvert et s'achemina vers Fotheringay. « Ce temps ressemble, dit-elle, au temps des vendanges à Fontainebleau. Seulement ici j'ai le cœur moins joyeux. » Elle était escortée par deux délégués du conseil privé, Mildmay et Barker, et par cinquante hommes d'armes sous les ordres de sir Amyas Pawlet.
La reine examina curieusement en prisonnière l'aspect du pays, soigné comme un parc. Elle remarqua les châteaux, les maisons, les villages d'une rare propreté, et dont la pauvreté se cachait, comme aujourd'hui, sous les fleurs. Elle oublia un instant ses longs ennuis sur la vieille route solitaire. Elle admira des paysages d'une incomparable verdure. Malgré elle, une impression de fraîcheur pénétra un instant jusqu'à son âme au milieu de ces délicieux comtés où l'Angleterre, qui a la religion des héritages et pour qui les limites sont sacrées, cultivait les haies avec une sorte de piété domestique et nationale ; tandis qu'en Allemagne la secte insensée des anabaptistes sapait tous les fondements de la propriété, cette base divine des familles et des États.
Quand Marie Stuart toucha au terme de son voyage, le pays changea un peu. La route tourna dans la prairie, où le sable fin remplace la terre durcie et rugueuse. Les grands chênes se groupèrent par bouquets çà et là, et les buissons devinrent touffus comme des taillis. La reine versa quelques larmes dans l'avenue qui la conduisit à la grille de l'église peuplée de tant de vieux tombeaux. Son coche s'étant arrêté un instant à cette grille, l'escorte prit sur la gauche et mena Marie jusqu'aux fossés de Fotheringay. A un signal, le pont-levis s'abaissa, et la reine, descendue de voiture près du tertre, nu maintenant, couronné alors de batteries, entra pour jamais dans le château. Elle monta les degrés de l'appartement qu'on lui avait préparé. Malgré le feu qui brûlait dans l'âtre, sa chambre était humide. Elle désigna d'un geste à ses femmes la fenêtre fermée de barreaux de fer ; elle s'y accouda en soupirant, puis, à travers les petites vitres encadrées dans des lames de plomb, elle jeta un regard morne sur la campagne.
Le Nen, presque immobile au pied du château, coulait lentement sous une pluie de feuilles d'automne que le vent secouait des arbres. Par delà s'étendaient quelques champs de houblon, vigne amère du nord, et d'immenses prairies où galopaient des poulains sauvages, où paissaient les moutons gras, les vaches brunes et les chevaux noirs particuliers à ce comté. Sur le dernier plan, des collines boisées s'élevaient et répandaient leurs grandes ombres mélancoliques.