Il y avait dans chaque parti une fidélité chevaleresque, un fanatisme religieux ; il y avait de plus dans l'âme des Anglais un fanatisme politique.
Cette raison d'État, la mollesse des cours étrangères occupées ailleurs, l'ascendant d'une doctrine jeune qui était sûre de l'avenir, et qui s'efforçait d'immoler le passé avec ses emblèmes ; la supériorité de la situation d'Élisabeth, qui tenait Marie sous la hache ; la violence aveugle de tout un peuple, dont les délais stimulaient l'impatience ; toutes ces causes étaient menaçantes pour Marie, et ne présageaient que trop une catastrophe.
Le parlement anglais avait fait et renouvela, dans l'ardeur de son zèle, l'association pour la sûreté de la reine. Il institua vingt-quatre commissaires pour rechercher tous les fauteurs de révolte contre Élisabeth. Il avait aussi été réglé que la personne pour laquelle s'ourdiraient de pareils complots pourrait être poursuivie, si elle les avait connus et encouragés.
Cette disposition, nous l'avons dit, était une arme forgée contre Marie Stuart.
On ne tarda pas à l'en frapper. On saisit l'occasion de la conspiration de Babington, dont tous les fils étaient dans les mains de Walsingham. Après la condamnation et l'exécution des conjurés, on instruisit le procès de la reine d'Écosse, leur complice. Le statut d'association autorisait cette étrange procédure. Élisabeth nomma, le 6 octobre 1586, quarante-six juges, au nombre desquels étaient les premiers pairs du royaume et ses principaux conseillers. Ils se rendirent à Fotheringay au nombre de trente-six. Arrivés le 12, ils notifièrent à Marie Stuart, par sir Walter Mildmay, par sir Edward Barker, et par sir Amyas Pawlet, leur commission scellée du grand sceau, et une lettre d'Élisabeth, qui annonçait sa détermination à la reine d'Écosse.
Marie lut cette lettre et cet acte sans émotion extérieure, et rejeta fièrement toute compétence des juges anglais. « Une chose me surprend, dit-elle, c'est qu'Élisabeth, ma bonne sœur, veuille me traiter comme sa sujette, et m'ordonne de comparaître en jugement, moi qui suis reine, et qui ai appris à ne rien faire qui soit indigne de moi ou de mon fils. »
Marie Stuart protesta trois fois contre toute juridiction anglaise. Elle fut sourde aux instigations de Bromley, lord chancelier, et de Burleigh, lord trésorier, qui se présentèrent devant elle, le 13 octobre, avec quelques autres commissaires et le vice-chancelier Hatton. Elle dédaigna la menace qu'ils lui firent de passer outre au jugement, en son absence, et sa résolution paraissait inébranlable, lorsque le vice-chancelier prit la parole. Il s'exprima avec insinuation, avec respect, et il mêla une feinte pitié à son argumentation perfide. « Vous êtes prévenue, dit-il en finissant, mais non convaincue d'avoir conspiré la mort de notre glorieuse souveraine. Justifiez-vous, Madame, nous en serons heureux. Les lois vous y invitent, votre dignité vous le commande. Si vous vous taisiez, votre mémoire en serait flétrie à jamais, et le monde expliquerait votre silence par le sentiment accablant de votre crime. Ne permettez pas, Madame, une telle interprétation. »
Ce raisonnement insidieux fit une vive impression sur Marie, et elle consentit à être interrogée.
Les commissaires, après s'être retirés, donnèrent leurs ordres, et dans la nuit du 13 au 14 (octobre 1586), un mouvement inaccoutumé remplit le château de Fotheringay. Des ouvriers et des soldats allèrent et vinrent aux flambeaux, portant des planches, des échelles, des étoffes et des tentures.
Le 14, à neuf heures du matin, un dais aux longs plis de velours rouge, surmonté du léopard, et semblable à celui qui se voit aujourd'hui à Saint-James, était dressé au rez-de-chaussée, dans la grande salle du château. Sous ce dais splendide un fauteuil à franges d'or, siége d'Élisabeth absente, avait été préparé comme une insulte à l'infortune de Marie Stuart. Autour de ce trône féodal s'élevaient en amphithéâtre des gradins recouverts aussi de velours rouge, où étaient rangés : à droite, dix-huit commissaires, parmi lesquels on remarquait Bromley, lord chancelier, Burleigh, lord trésorier, les comtes de Kent, d'Oxford, de Rutland ; à gauche, dix-huit autres commissaires, au nombre desquels étaient les comtes de Stafford et de Morley, Walsingham, Saddler, et le vice-chancelier Hatton.