En avant du trône de justice était assis, à une table chargée des pièces du procès, l'attorney général, secondé de quelques magistrats et de deux greffiers.
Une foule de gentilshommes protestants des comtés voisins, se pressaient en ennemis plutôt qu'en spectateurs, de la grande porte jusqu'à la barre. Tels étaient le tribunal et l'auditoire de Marie Stuart. Le peuple n'avait pas été admis.
Quand la reine fut introduite, les lords s'inclinèrent et elle les salua avec une majesté triste. De son bras droit, autour duquel s'enlaçait un carcan de perles en écharpe, elle s'appuyait sur le bras dévoué d'André Melvil, son maître d'hôtel. Elle s'arrêta un instant comme pour considérer cette pompe du prétoire, et dit : « C'est donc ainsi que la reine Élisabeth fait juger les princes par les sujets. » Après ces paroles, Marie suivit Pawlet jusqu'au simple escabeau qui l'attendait, et Pawlet monta au tribunal sur un gradin plus bas que ceux des lords.
Marie, touchant de la main l'escabeau de velours qui lui était destiné : « Je n'accepte ce siége que comme chrétienne ; ma place est là, dit-elle, en montrant le fauteuil du dais. Je ne suis pas seulement reine, ainsi que d'autres ; je suis reine dès le berceau, et le premier jour qui m'a vue femme, m'a vue reine. » Puis se tournant vers Melvil, qui se tenait debout à son côté : « Voilà bien des commissaires, dit-elle encore en secouant la tête, et parmi eux pas un ami! »
Le chancelier Bromley ouvrit la séance par un discours pédantesque de puritain et de courtisan. Il honora, en les développant, les motifs qui avaient guidé la reine d'Angleterre dans la mise en accusation de la reine d'Écosse. Il soutint que leur souveraine Élisabeth aurait trahi Dieu et l'Église de Dieu si elle eût reculé devant une telle cause, et si elle eût laissé dans le fourreau le glaive de la loi.
Marie Stuart exigea, avant de répondre, que ses protestations contre l'incompétence des juges fussent enregistrées.
« J'ai abordé en Angleterre, s'écria-t-elle, pour y chercher la protection qui m'était due. On m'a jetée dans des prisons où j'ai langui pendant dix-huit années, où l'on m'a présenté du fiel pour ma faim, du vinaigre pour ma soif. Je ne reconnais ni l'autorité d'Élisabeth ni la vôtre. Je n'ai de pairs que les rois, de juge que Dieu ; et si je m'abaisse à me défendre devant vous, moi, deux fois reine, deux fois ointe, ce n'est que pour faire éclater mon innocence. »
Gawdy, un des magistrats de la couronne, accusa la reine d'Écosse de n'avoir pas repoussé le titre de reine de la Grande-Bretagne ; d'avoir noué avec lord Paget, Charles Paget et d'autres agents, une intrigue qui devait aboutir à son évasion, à la conquête de l'Angleterre et à la destruction du protestantisme par les Espagnols ; il l'accusa d'avoir, dans sa correspondance avec don Bernard de Mendoça, promis de transférer les droits de Jacques VI à Philippe II sur la couronne d'Élisabeth, si Jacques n'embrassait pas le catholicisme ; il l'accusa d'avoir conféré la régence d'Écosse à lord Claude Hamilton, et d'avoir autorisé un parti séditieux à se saisir de la personne de Jacques pour le livrer au pape ou au roi d'Espagne comme captif jusqu'à sa conversion. Marie réfuta toutes les charges élevées contre elle, en éludant celles qui concernaient les desseins sur son fils. Elle déclara qu'on était libre de lui appliquer des qualifications quelconques sans qu'elle en fût responsable ; que, du reste, détenue contre le droit des gens, durant de si longues années, elle n'avait commis aucun délit en appelant l'aide de ses amis et des princes ses alliés pour sa délivrance.
Lord Burleigh reprenant la parole, reprocha à Marie ses relations séditieuses avec Babington. Marie les ayant niées avec force, Burleigh ordonna qu'il fût donné lecture à la reine de la lettre que Babington lui avait adressée le 6 juillet, et de la longue réponse qu'elle y avait faite le 17. — « Que signifient ces pièces mauvaises? reprit la reine ; où sont les originaux? S'ils existaient, vous les produiriez. — La confession de Babington a certifié ces pièces, Madame. — Pourquoi, dit Marie, vous êtes-vous hâté de tuer ce jeune gentilhomme? Il fallait l'interroger en ma présence. — Le témoignage de Curle et de Nau confirme celui de Babington, reprit lord Burleigh. — Curle et Nau ont parlé sous les menaces de la torture, mais ils sont vivants ; mandez-les ici, et nous verrons s'ils ne désavoueront pas ces mensonges. Quand tout ce que j'ai écrit est innocent, comment prouverez-vous que mes secrétaires n'ont pas pu ajouter ce qui est coupable? D'ailleurs, milords, songez-y. Il y va de l'intérêt des princes sacrés de l'huile sainte. N'attenterez-vous pas à leur honneur, à leur sécurité, en les livrant à la merci de leurs moindres serviteurs? »
Le point sur lequel Marie Stuart se défendit avec la plus ardente obstination fut le projet d'assassinat contre Élisabeth. Elle affirma qu'elle y était entièrement étrangère. « Je n'ignore point, dit-elle, les devoirs que m'imposent l'humanité, la religion. J'abhorre l'assassinat, qu'elles réprouvent. Bien loin d'avoir excité personne à un tel crime, j'ai souvent modéré le zèle de mes partisans exaspérés par leurs propres persécutions ou par les miennes. J'ai souhaité seulement d'adoucir l'oppression où gémissent les catholiques d'Angleterre ; mais par quels moyens? En implorant la justice de la reine Élisabeth. Pour rien au monde je n'aurais voulu imiter Judith ; j'aimais mieux suivre l'exemple d'Esther, et intercéder comme elle. »