Il y eut un moment, à la fin de cette première et mortelle audience, où Marie, dont l'indignation triomphait de la fatigue, attaqua Walsingham sans ménagement. Cédant à son ressentiment légitime, et lançant un regard de feu sur le secrétaire d'État toujours impassible, elle poussa un de ces cris perçants de victime qui montent jusqu'à Dieu, et qui rejaillissent en remords dans la conscience endurcie des oppresseurs.
« Vous, Monsieur le secrétaire, dit-elle, vous qui m'avez entourée d'espions, de calomnies, de piéges, comment me persuaderez-vous que mes papiers et chiffres enlevés de ma prison de Chartley n'ont pas été altérés? Je vous connais, poursuivit-elle avec une véhémence croissante, vous n'avez cessé de tramer la mort de mon fils et la mienne. »
Walsingham, troublé, répondit vivement que, comme particulier, il était honnête homme, et que, comme ministre, il avait agi selon la fidélité qu'il devait à sa glorieuse souveraine et à son pays.
Le secrétaire d'État, à l'étonnement de l'assemblée, perdit son sang-froid en cette occasion. L'émotion de Marie Stuart l'avait remué, et cette voix royale que l'historien entend à travers les siècles, Walsingham l'entendit peut-être plus d'une fois sur sa couche dans la solitude de ses nuits.
Le second jour, 15 octobre, la reine se défendit de nouveau. Elle défia ses accusateurs de lui apporter les originaux de ses lettres, et de lui confronter ses deux secrétaires Nau et Curle. Lord Burleigh, avec une opiniâtreté cruelle, reprit une à une les charges qui pesaient sur Marie Stuart, et l'en accabla sans relâche et sans pitié, comme si Élisabeth eût rempli le fauteuil vide placé sous le dais. Marie releva le gant que lui jetait le vieux homme d'État. Elle eut toutes les éloquences : elle fut hardie, subtile, pathétique, impétueuse ; puis, la faiblesse de la femme surmontant la dignité de la reine, des larmes coulèrent le long de ses joues, et souvent des soupirs profonds s'échappèrent de sa poitrine. « Quand je vins en Écosse, s'écria-t-elle, j'offris à votre maîtresse, par Lethington, une bague en cœur comme gage de mon amitié ; et quand, vaincue par mes rebelles, j'entrai en Angleterre, j'avais reçu à mon tour un gage d'encouragement et de protection. » En disant ces paroles, elle tira de son doigt une bague que lui avait envoyée Élisabeth. « Regardez ce gage, milords, et répondez. Depuis dix-huit années que je suis sous vos verrous, de combien de manières votre reine et le peuple anglais ne l'ont-ils pas méconnu en ma personne? »
Attaquée par le lord chancelier, par le lord trésorier et par d'autres commissaires, Marie déploya, dans ses répliques soudaines, des ressources d'esprit admirables. Ce duel terrible, où la parole adroite, aiguë, se croisait comme l'acier, dura pendant deux jours. De tous les attendrissements dont il fut entremêlé, le plus profond fut réveillé dans le sein de Marie par un souvenir de son cœur. Au nom du comte d'Arundel et de ses frères, tous fils du duc de Norfolk, Marie tressaillit. Des pleurs mouillèrent ses yeux, et elle s'écria douloureusement : « O maison de Howard, illustre au-dessus des plus illustres, combien tu as souffert pour ma cause! combien tu as saigné pour l'amour de moi! »
L'instruction de ce grand procès, où tous les légistes, tous les lords, tous les hommes d'État d'un royaume se réunirent dans une lutte inégale contre une faible femme, était terminée. Lord Burleigh ne laissa pas prononcer la sentence à Fotheringay. Il lut une dépêche de la reine Élisabeth qui ajournait la commission au 25 octobre.
« Que décideront-ils? » demandait avec anxiété Melvil à sa maîtresse. Marie, répondant par ces versets bibliques dont elle nourrissait son âme : « Les taureaux de Basan m'ont obsédée, dit-elle ; et maintenant ils vont se ruer sur moi, comme le lion ravisseur et rugissant, sicut leo rapiens et rugiens. »
Cette impression de la reine était malheureusement prophétique.
Les juges étaient retournés à Londres. Ils s'assemblèrent à Westminster, dans la chambre étoilée. Ils déclarèrent que Marie Stuart avait eu connaissance de la conjuration, et que même elle y avait trempé ; qu'elle avait eu l'intention d'usurper, par le meurtre d'Élisabeth, la couronne d'Angleterre et de ruiner la religion évangélique. Ils prononcèrent à l'unanimité la peine de mort contre la reine d'Écosse. La politique dépravant encore la cruauté par une amorce infâme au parricide, ils ajoutèrent que cet arrêt ne préjudicierait en rien soit à l'honneur, soit aux droits de Jacques VI.