Les deux chambres donnèrent à cette décision sanguinaire l'autorité de leur sanction. Elles envoyèrent un message à Élisabeth, et la prièrent d'exécuter le jugement.
Ce fut le 19 novembre (1586) que lord Buckhurst, et Beale, clerc du conseil, arrivèrent à Fotheringay, et annoncèrent à Marie la fatale nouvelle. Elle la reçut avec une sérénité digne de ses plus généreux ancêtres, et elle continua de nier toute complicité de meurtre, en congédiant les agents officiels d'Élisabeth.
L'une des scènes les plus émouvantes qui suivirent la sentence de Marie, ce fut en quelque sorte la dégradation royale infligée par ordre d'Élisabeth, bien que plus tard la reine d'Angleterre ait désavoué cette brutalité tyrannique.
Sir Amyas Pawlet vint avec Drury, qu'on lui avait adjoint pour la garde de Fotheringay. Il s'enquit de Marie avec une brusque sécheresse, si elle persistait dans son impénitence papiste, et si elle ne se repentait pas de ses crimes envers Élisabeth. Marie le regarda d'un grand cœur, et lui répondit qu'elle était catholique plus que jamais ; que, pour le reste, elle souhaitait à la reine d'Angleterre une conscience aussi tranquille qu'à la reine d'Écosse. « Puisqu'il en est ainsi, reprit Pawlet, sachez, Madame, que ma maîtresse m'a notifié de détendre votre dais, en vous déclarant qu'autrefois reine, vous n'êtes plus désormais qu'une femme morte civilement. »
« M'ôter mon dais! s'écria Marie, mon dais, le symbole de la souveraineté dont Dieu lui-même a sacré mon front dès mon berceau! Apprenez, sir Amyas, que mon titre est hors de toute atteinte humaine. Je suis née reine, j'ai vécu et je mourrai reine, en dépit de votre maîtresse hérétique. Vous, le conseil d'Élisabeth, et son parlement, vous avez la puissance qu'ont les voleurs au coin d'un bois sur le voyageur, la puissance de la force, la puissance que les assassins de Richard avaient sur ce malheureux prince : mais j'ai comme lui mon droit ; je saurai mourir avec mon droit comme Richard et comme tant d'autres princes de ce royaume injustement immolés. »
La reine s'était animée, sa voix s'était élevée peu à peu ; une vive rougeur colorait ses joues, l'indignation éclatait dans son expressive physionomie, et ses yeux lançaient des éclairs. Ses femmes et ses domestiques étaient accourus. Pawlet leur ordonna de détendre le dais. Tous ensemble s'y refusèrent, et pas un ne voulut toucher à cet auguste emblème. Les filles de la reine invoquèrent même la vengeance du ciel sur ceux qui avaient commandé et qui exécuteraient cet acte impie. Pawlet fut obligé d'appeler sept ou huit soldats. Il fit enlever le dais, et, pour mieux dégrader la reine, il se couvrit et s'assit devant elle. Cette exécution accomplie, il sortit, laissant Marie muette de surprise, mais si noble et si imposante sous cet outrage qu'il n'aurait pu supporter plus longtemps sa présence. Quand il fut parti, on crut que Marie allait céder à un de ces accès de colère qui dégénéraient quelquefois chez elle en crises nerveuses. On fut trompé. Loin de succomber à son emportement, elle le domina ; et, se recueillant avec une majesté sereine, religieuse, elle pria Melvil de remplacer par le crucifix ces insignes qu'on avait profanés, ces tristes insignes de la royauté terrestre.
Dans ces cruelles extrémités, en face de la hache et du billot, déjà sous l'ombre de l'échafaud qui se dressait, abandonnée de tous, Marie ne s'abandonna pas elle-même, ne cessa pas un instant de se posséder. Elle pensa à tout. Elle n'oublia pas la moindre chose, le plus infime détail, le plus humble serviteur. Par une bonté touchante, elle régla jusqu'au sort d'un pauvre idiot attaché à ses domaines et incapable même de reconnaissance.
Elle écrivit à Élisabeth :
Novembre 1586.
« Madame, je rends grasces à Dieu de tout mon cœur de ce qu'il luy plaist de mettre fin par vos arretz au pèlerinage ennuyeux de ma vie ; je ne demande point qu'elle me soyt prolongée, n'ayant eu que trop de temps pour expérimenter ses amertumes. Je supplie seulement Vostre Majesté que, puisque je ne dois attendre aucune faveur de quelques ministres zélez qui tiennent les premiers rangs dans l'Estat d'Angleterre, je puisse tenir de vous seule, et non d'autres, les bienfaits qui s'ensuivent.
« Premièrement, comme il ne m'est pas loisible d'espérer une sépulture en Angleterre selon les solennités catholiques practiquées par les anciens roys vos ancêtres et les miens, et comme dans l'Escosse on a forcé et violenté les cendres de mes ayeuls, quand mes adversaires seront saoulez de mon sang innocent, je vous demande que mon corps soyt porté par mes domestiques en quelque terre saincte pour y estre enterré, et surtout en France, où sont les os de la royne ma très-honorée mère, afin que ce pauvre corps, qui n'a jamais eu de repos tant qu'il a esté joint à mon âme, le puisse finalement rencontrer lorsqu'il en sera séparé.
« Secondement, je prie Vostre Majesté, pour l'appréhension que j'ay de la tyrannie de ceux au pouvoir desquels vous m'avez abandonnée, que je ne sois point suppliciée en quelque endroit caché, mais à la veue de mes domestiques et autres personnes qui puissent rendre tesmoignage de ma foy et de mon obeissance envers la vraye Église, et défendre les restes de ma vie et mes derniers soupirs contre les faux bruits que mes adversaires pourroient faire courir.
« En troisième lieu, je requiers que mes domestiques, qui m'ont servy parmy tant de tribulations, se puissent retirer librement où ils voudront et jouyr des petites commodités que ma pauvreté leur a léguées dans mon testament.
« Je vous conjure, Madame, par le sang de Jésus-Christ, par nostre parenté, par la mémoire de Henry septiesme, nostre père commun, et par le tiltre de royne que je porte encore jusques à la mort, de ne me point refuser des demandes si raisonnables et me les asseurer par un mot de vostre main, et là dessus je mourray comme j'ay vescu,
« Votre affectionnée sœur et prisonnière,
« Marie, royne. »
Elle écrivit au pape Sixte-Quint, se confessant être une grande pécheresse, s'humiliant devant le chef des fidèles, et implorant une absolution générale pour « son âme, entre laquelle et la justice de Dieu elle interposoit la croix du Sauveur. »