Une sombre voûte conduisait dans la cour quadrangulaire du château d'Holyrood. Marie traversa cette voûte et entra pensive dans le palais de ses aïeux, dont une partie a été rebâtie à neuf sous Charles II, et dont le monument principal existe encore aujourd'hui dans son style primitif, avec sa galerie aérienne, sa façade imposante et ses six tours blasonnées d'épées en croix et de chardons surmontés de la couronne d'Écosse.
Marie avait rencontré sur son chemin tantôt de l'indifférence, tantôt de la surprise, quelquefois de l'hostilité, rarement de l'élan, jamais ces acclamations qui l'accueillaient partout en France et en Lorraine. Ses oncles et leurs amis étaient indignés. Marie était étonnée, inquiète. Elle allait se coucher, lorsque cinq ou six cents bourgeois d'Édimbourg vinrent sous ses fenêtres lui donner la pire des sérénades, une sérénade protestante. Ils s'accompagnèrent toute la nuit de mauvais violons et de cornemuses, en chantant les psaumes d'une voix aigre et enrouée. Et comme miss Seaton narguait tout bas les huguenots : « Hélas! dit Marie, nous ne sommes pas en France ici ; au lieu de rire, j'ai plutôt envie de pleurer. »
La reine ne put fermer l'œil, elle qui avait tant besoin de sommeil. Elle se montra sur le matin, et, faisant un violent effort, elle remercia gracieusement, du haut de sa galerie, la foule qui continuait à psalmodier en s'écoulant.
Marie se remit au lit, mais elle ne dormit pas. Les mauvais présages s'étaient succédé l'un à l'autre depuis Calais. Elle les repassait sans doute involontairement, et avec effroi, dans les ténèbres de la première nuit de son retour sous le toit de ses pères.
Arrivée à Leith, la reine avait remarqué, de la tour où elle s'était reposée, un pin découronné près de sa fenêtre. On lui avait dit que la veille, à l'heure même où elle aurait dû débarquer, l'arbre avait été frappé de la foudre et brisé. Pendant toute sa route de Leith à Édimbourg, du milieu de sa double escorte, elle avait observé le silence sombre et presque menaçant de la foule curieuse accourue sur son passage. Les monts d'Arthur et de Salisbury, ces monts nus et sévères qu'elle apercevait devant elle et qui dominent Holyrood, avaient redoublé son abattement. Enfin, parvenue au château, dans sa chambre, au moment où, déshabillée par ses femmes, elle regardait avec attendrissement un admirable portrait de Jacques V, son père, ce portrait était tombé et la toile s'était crevée d'une manière irréparable à l'endroit de la belle figure du prince.
Toutes ces pensées agitèrent Marie, et la tinrent cruellement éveillée jusqu'à l'heure où elle se leva pour la messe. Elle avait désiré qu'un prêtre catholique bénît ainsi, par la plus auguste des cérémonies religieuses, son arrivée en Écosse. Le peuple, averti, s'insurgea contre cette manifestation papiste, et, sans la fermeté du prieur de Saint-André, lord James Stuart, qui se jeta entre l'émeute et l'autel, le prêtre aurait été immolé, sous les yeux mêmes de la reine, dans la chapelle d'Holyrood. Elle eut alors l'intuition des deux fanatismes qui la menaçaient. A Leith, elle avait deviné le protestantisme politique de sa noblesse ; à Édimbourg, elle comprenait le protestantisme sectaire de la multitude.
Elle fut triste jusqu'au soir. Son premier dîner à Holyrood avait été marqué par un incident significatif. C'étaient les magistrats d'Édimbourg, dirigés par Knox, qui l'avaient ordonné. Au dessert, ces magistrats presbytériens firent avancer tout à coup un enfant qui présenta à Marie Stuart, sur un plateau d'argent, les clefs de la ville entre une Bible et un Psautier, symboles tyranniques du protestantisme, qui disaient mieux qu'un discours à quelles conditions était la couronne, à quel prix était l'obéissance de l'Écosse.
Marie ne se ranima et ne retrouva une gaieté fugitive et un peu factice que le lendemain aux flambeaux. Il y eut réception royale. La petite cour française de Marie Stuart surpassait en magnificence sa cour écossaise. Le plaid de fin tartan était vaincu par le manteau coupé à la dernière mode de Paris. Les dentelles de Flandre, la soie de Chypre, les pierres précieuses et les perles ornaient la bonne grâce des jeunes courtisans d'outre-mer, qui éclipsaient avec insouciance ces Écossais qu'ils considéraient comme des sauvages, et qui ne pouvaient rivaliser avec eux que d'intrépidité et de belles armes.
Le grand escalier d'Holyrood, du côté du parc, cet escalier que ses degrés nombreux, larges et bas rendaient si doux à monter, était plus vivant qu'il ne l'avait jamais été. Des torches brûlaient dans des niches sur des candélabres de pierre ; des orangers et des myrtes parfumaient le porche majestueux arrondi en cintre et parsemé de petites ogives. On suivait avec admiration le pilier massif qui soutenait cet escalier léger, et qui dominait de ses guirlandes de bas-reliefs quatre balcons intérieurs superposés l'un sur l'autre.
La galerie et les salons de réception resplendissaient de lumières. Ces lumières, qui se reflétaient dans les glaces de Venise de Marie de Lorraine, étincelaient au-dessus de charmants porte-flambeaux achetés en France par Marie Stuart, et qu'elle avait fait déballer en arrivant. Ils étaient de bois sculpté et représentaient, échelonnés en cariatides, de petits sylvains aux pieds de bouc, aux corps et aux visages d'enfant. C'étaient des chefs-d'œuvre dont quelques-uns sont conservés encore à Holyrood. Tout le monde les admira et applaudit au goût de la reine.