Quelque temps après son arrivée en Écosse, Marie, qui sentait instinctivement la force du protestantisme religieux où s'allumait le protestantisme politique, double foyer entretenu et soufflé par l'Angleterre, Marie comprit de quelle importance il serait pour elle de conquérir John Knox. « Il faut le gagner, disait-elle, ou bien il fera couler plus de larmes qu'il n'y a de flots dans le Forth. »
On avait tant répété à la reine qu'elle était irrésistible! Elle voulut essayer la séduction de son intelligence et de sa courtoisie sur le réformateur.
Elle eut plusieurs entretiens familiers avec lui.
Les timides amis de Knox craignirent les enchantements de la sirène papiste, et conseillèrent à leur guide vénéré d'éviter les piéges, afin de n'être pas tenté. Mais, amoureux de controverse, Knox ne craignait rien. D'ailleurs ses disciples ardents avaient confiance aussi, et disaient de lui ce que les catholiques avaient dit de saint Filan : « Satan ne peut rien sur l'homme dont la main gauche jette une flamme qui éclaire la main droite, lorsqu'il copie la nuit les saintes Écritures. »
Knox, sûr de lui-même, alla donc au palais où l'attendait la reine. Il se présenta fièrement, sa Bible sous le bras, avec la morgue presbytérienne, vêtu de l'habit brun introduit par Calvin et du manteau drapé sur l'épaule, à la mode de Genève.
Introduit sans retard près de Marie, il la salua silencieusement. Elle le pria de s'asseoir et lui dit : « Je souhaiterais, monsieur Knox, que ma parole agît sur vous comme votre parole agit sur l'Écosse. Nous serions amis, et ce serait le bien du royaume.
— Madame, répondit Knox, sourd à cette flatterie de princesse, la parole est plus stérile que le rocher, quand elle est mondaine ; mais quand elle est inspirée par Dieu, les fleurs, les épis et les vertus en sortent. »
Animé par la discussion et par le sentiment de sa supériorité, Knox fut âpre avec la reine qui était charmante avec lui, et qui espérait, à force de grâces, trouver le défaut de la cuirasse du sectaire ou du citoyen. Knox resta invulnérable. Au milieu de ses respects officiels il fut franc, ironique, intraitable. Il écrasa le catholicisme ; il attenta même à la royauté de Marie.
« Madame, lui dit-il, j'ai parcouru l'Allemagne, et je suis un peu pour le droit saxon. Lui seul est juste. Il réserve le sceptre à l'homme : il se contente de donner à la femme une place au foyer et une quenouille. »
Knox était comme Luther. Le diable qu'il redoutait le plus, ce n'était pas le diable de la ruse et de la volupté : c'était le diable de la théologie. Il traita donc Marie Stuart avec cette superbe qui lui était naturelle, et que centuplait la dictature sacerdotale qu'il exerçait sur l'opinion publique de son pays. Républicain et protestant, il haïssait deux fois Marie. Il lui reprocha parures, festins, bals, spectacles. Il exprima même des soupçons cruels, et prononça des mots outrageants.