Au milieu de ses embarras d'affaires, de ses plaisirs, de ses triomphes, de ses remords de femme et de reine, une douleur plus amère que l'exécution de Chastelard atteignit Marie. Ce fut la mort de son oncle, le duc François de Guise.

Le jour où elle reçut cette nouvelle funèbre, elle n'était pas descendue, selon sa coutume, dans ses jardins. Elle était dans sa chambre lorsqu'on l'avertit de l'arrivée de Raullet. C'était l'un de ses secrétaires et de ses messagers de confiance. Il revenait de Paris. Elle ordonna qu'on l'introduisît sans retard. Il était vêtu en grand deuil. Il s'inclina devant Marie et lui remit en silence un pli aux armes de Lorraine. Marie l'ouvrit. C'était une lettre de la duchesse de Guise qui lui annonçait l'assassinat du duc, son mari. Aux premières lignes, la reine pâlit, puis s'écria avec un sanglot : « Monsieur mon oncle mort! Ah! Jésus, Jésus! » Et fondant en larmes, elle se retira dans l'un des cabinets qui attiennent encore à sa chambre. Là on l'entendit gémir et pleurer avec angoisse. Ces premiers transports passés, elle reparut et voulut savoir jusqu'aux moindres circonstances de l'attentat.

Raullet les lui raconta. Il lui apprit comment Poltrot avait été présenté à M. de Soubise, gouverneur de Lyon pour les huguenots ; comment M. de Soubise avait dépêché ce fanatique à M. l'amiral, qui lui avait donné de l'or, des encouragements, et qui l'employait en qualité d'agent secret dans l'armée catholique. « M. de Soubise me mande, lui avait dit Coligny, que vous avez bonne envie de servir la religion. Allez devant Orléans et servez-la bien. »

Ces mots n'étaient probablement qu'une recommandation d'espionnage ; mais Poltrot les interpréta sanguinairement.

Le vrai nom de cet aventurier était Jean de Méré. C'était un gentilhomme de l'Angoumois. Il vint au camp royal. Il avait longtemps vécu dans les Asturies, dont il avait contracté l'accent. Sa belle taille, son teint basané, sa réserve, sa gravité, tout son extérieur d'Espagnol plut à M. de Guise. Poltrot lui insinua qu'il désirait abjurer la religion protestante. M. de Guise applaudit à ce projet, et, sans presser autrement Poltrot que par ses courtoisies, ne négligea aucune occasion de le distinguer. Il l'invitait souvent à sa table, lui adressait la parole avec bonté, et lui permettait de l'accompagner à la promenade ou aux remparts. Poltrot se montrait reconnaissant et semblait s'être dévoué au duc. Il épiait le moment favorable. Tous les jours, M. de Guise traversait le Loiret dans un petit bateau afin de visiter les ouvrages du siége. Le 18 février (1563), Poltrot le vit partir seul avec M. de Rostaing. Il monta lui-même à cheval et alla attendre sa victime en un carrefour du bois par où M. de Guise devait revenir. Poltrot descendit de son cheval et l'attacha à un arbre dans l'épaisseur des taillis, puis, se cachant, il se mit à guetter sa proie. Le temps s'écoulait. L'agitation du meurtrier croissait de minute en minute, et son courage chancelait. Il pria Dieu de le réconforter ; il pria Dieu pour l'assassinat, comme on le prie pour la charité, tant le fanatisme est exécrable, sacrilége, aveugle, tant il bouleverse et confond dans la conscience toutes les notions du crime et de la vertu!

Cependant M. de Guise, dont les travaux si bien surveillés avançaient, s'en retournait content, au crépuscule, et disait par intervalles : « Orléans est à nous! » Il se réjouissait de ce grand siége qui allait ruiner l'influence des huguenots. Il avait repassé le Loiret dans son petit bateau et se rendait, toujours en compagnie de M. de Rostaing, au château de Corney où était la duchesse, à peu de distance du camp. Lorsqu'il approcha du carrefour, causant avec une pointe de gaieté française que lui donnait la certitude d'une victoire nouvelle, Poltrot, qui l'aperçut à travers les arbres, trembla de tous ses membres. Il eut un instant de défaillance et fut près de renoncer à son attentat. Mais, s'indignant contre lui-même, il étouffa cette faiblesse, se roidit contre toute pitié et arma son pistolet. M. de Guise cheminait sans défiance et sans cuirasse à quelques pas de son assassin, qui, l'ajustant du taillis où il s'était posté entre deux noyers, lui déchargea, presque à bout portant, dans les reins, trois balles empoisonnées. Le duc fléchit sur la crinière de son cheval ; il essaya de tirer son épée, mais son bras était sans force ; il ne put que se relever un peu et dire : « Je crois que ce n'est rien. » M. de Rostaing et quelques soldats survenus à la détonation, le soutenant, il eut l'incroyable énergie de regagner sans plainte son logis où les chirurgiens s'assemblèrent en toute hâte.

Il embrassa tendrement la duchesse éplorée, l'exhortant à la résignation, racontant lui-même ce guet-apens des huguenots, et s'en déclarant « navré pour l'honneur de la France. » Comme le jeune prince de Joinville s'était emparé de la main de son père et la pressait contre ses lèvres, le duc baisa les cheveux blonds de son fils, en disant : « Dieu te fasse la grâce, mon enfant, de devenir homme de bien! »

Les chirurgiens donnèrent quelque espérance. Le 22, ils firent une incision à la blessure et la sondèrent. La fièvre était ardente. Le cardinal de Guise ayant engagé avec toutes sortes de ménagements l'illustre malade à recourir aux sacrements de l'Église : « Ah! dit le duc, souriant et serein, vous me faytes un tour de frère de me pousser au salut où j'aspire. Je ne vous en affectionne que plus grandement. » Le duc alors se confessa à l'évêque de Riez, le confident et le narrateur des derniers sentiments et des dernières paroles de ce héros.

La fièvre redoubla dans la nuit du 23. M. de Guise ne conservant plus d'illusion, sentant sa fin prochaine, appela près de son lit la duchesse et le prince de Joinville, son fils aîné.

« Ma chère compagne, dit-il à la duchesse désolée, je vous ay tousjours aimée et estimée. Je ne veux pas nier que les conseils et fragilitez de la jeunesse ne m'ayent conduit quelquefois à chose dont vous avez pu estre offensée : je vous prie me le pardonner. Depuis les trois dernières années, vous sçavez bien avec quel respect j'ay conversé avec vous, vous ostant toutes occasions de recevoir le moindre mescontentement du monde. Je vous laisse de mes biens la part que vous en voudrez prendre ; je vous laisse les enfants que Dieu nous a donnez… Je vous prie que vous leur soyez toujours bonne mère. »