On lui disait, et on lui persuadait sans peine, qu'elle était aussi séduisante que sage. Et pourtant, à en juger par ses portraits les meilleurs, elle n'approcha pas plus de la grâce que de la bonté. Elle n'eut la réalité ni de la beauté ni de la vertu ; elle n'en eut que le décorum. Ses cheveux et ses sourcils étaient fins et souples, mais ils étaient presque fauves. Ses paupières dégarnies de cils n'adoucissaient pas, en les ombrageant, ses yeux bleus et clairs dans leur fixité. Son nez était aigu comme son regard. Sa bouche, petite et maussade, ne paraissait faite que pour commander et réprimander. Son teint, d'un blanc mat, avait le reflet pâle et inanimé de la cire, sous un coloris faux de fraîcheur. Les muscles seuls du visage étaient vivants. Les plis des joues frémissaient par une tension de la volonté, comme dans le curieux buste de Robespierre ; et c'est l'une des affinités de l'envieux et prude tribun avec la reine d'Angleterre. Élisabeth portait mal son immense fraise, ses larges manches et son manteau éclatant. Elle n'avait d'irréprochables que les mains, signe de la distinction aristocratique ; et d'admirable que le front, siége de l'intelligence.
Le crime et le meurtre sortirent plus tard de la rivalité féroce de la reine d'Angleterre. En attendant, ses protestations d'amitié ne trompèrent ni la reine d'Écosse ni son ambassadeur, qu'Élisabeth congédia avec une douceur étudiée. Ils sentirent que sous le velours des paroles, la haine se cachait comme le poignard dans le fourreau.
Malgré cette haine et tous les autres obstacles, Marie Stuart n'avait qu'une pensée : son mariage avec Darnley.
Quoique souvent rebutée, elle eut recours à Knox. Elle le fit appeler. C'était le prophète, le maître des âmes. Par Knox elle pouvait ramener la multitude et reconquérir une popularité qui lui était si nécessaire. Knox vint. La reine consulta d'abord cet homme immuable, qui l'écoutait avec le calme de la force, les bras croisés sur sa poitrine. Knox lui déconseilla ce mariage qu'il flétrit durement. La reine pria, ordonna, supplia, pleura, se tordit les mains et s'évanouit. Knox ne s'attendrit point ; il ne changea ni de sentiment ni d'attitude, et quand la reine reprit connaissance, elle le retrouva tranquille, inébranlable, sans entrailles comme un principe, planant froidement au-dessus de la passion, de la douleur qu'elle n'avait pas su contenir.
Alors elle éclata contre le réformateur. « Qui êtes-vous donc dans l'État, pour vous mêler de mon mariage? s'écria-t-elle. Allez, votre place n'est pas à la cour. — Sans doute, répondit Knox ; je n'ai d'autre mission que de prêcher l'Évangile. Si vous me voyez ici, du reste, ne me le reprochez pas, car c'est vous qui m'avez mandé. Je ne suis ni lord, ni baron, ni comte, mais je suis citoyen de l'Écosse et ministre de l'Église de Dieu. A ce double titre, mon devoir est d'avertir mon pays. Je prémunirai le peuple, la noblesse, le clergé. Je le déclare, quiconque osera consentir à ce que vous épousiez un papiste, trahira la religion du Christ et les libertés du royaume. »
Poussée à bout, la reine lui enjoignit de sortir ; et violemment aidée dans cet outrage par le lord de Dun, témoin de sa faiblesse et de sa fureur, elle chassa Knox. En traversant les salons d'attente, il rencontra les groupes frais et charmants des filles de la reine, causant gaiement, riant, folâtrant et se moquant peut-être de sa rudesse. Knox, les regardant : « Ah! la plaisante vie que la vôtre, belles dames, si elle durait toujours! Mais les vers du tombeau toucheront votre chair et remplaceront ces parures dont vous êtes si vaines. Oh! l'horrible chose que cette mort qui court après vous et qui vous atteindra, quoi que vous fassiez! » Les rires cessèrent, et Knox s'éloigna de son pas ordinaire, lentement, fièrement, sans autre émotion sur le visage que celle du dédain.
Toute l'opposition protestante et politique était pour lui. Elle pensait que Marie ne devait pas donner un roi à l'Écosse, mais que l'Écosse devait donner un époux à la reine. Les lords conjurés, entre autres Murray, le duc de Châtellerault, les comtes d'Argill et de Rothes, après avoir tenté sans succès d'enlever Darnley, et ensuite d'arrêter Marie près de Leith, marchèrent sur Édimbourg. Avertie par ses espions, Marie sortit de la ville à la tête d'une troupe dévouée que sa présence animait et transportait. Les insurgés se dispersèrent, et l'Angleterre devint leur asile. La reine rentra victorieuse à Édimbourg, et fit approuver, par une assemblée de nobles, son mariage, dont l'acte fut rédigé par Riccio. Marie et Darnley le signèrent, le 29 juillet 1565, sur un pupitre d'or soutenu par quatre comtes. La cérémonie religieuse eut lieu dans la chapelle d'Holyrood, selon les rites de l'Église romaine.
« Voici comment le mariage s'est fait, » écrit Randolph au comte de Leicester dans une lettre du 31 juillet. « Le dimanche matin, entre cinq et six heures, la reine fut conduite à sa chapelle par plusieurs de ses nobles. Elle avoit une grande robe noire de deuil, et un fort grand chaperon de deuil, peu différent de celui qu'elle portoit au triste jour des funérailles du roi François II, son premier mari. Elle fut conduite à la chapelle par les comtes de Lennox et d'Atholl, qui la laissèrent là pour aller chercher son mari, lequel fut accompagné par ces mêmes lords. Ils furent reçus par le prêtre qui officioit. Les bans furent publiés pour la troisième fois, et il fut pris acte par un notaire, comme quoi personne n'avoit rien dit contre ce mariage, ni allégué aucune chose qui pût empescher d'y procéder. Les paroles furent prononcées ; on mit les anneaux au doigt de la reine. Il y en avoit trois, et celui du milieu étoit orné d'un diamant de grand prix. Elle et le lord se mirent ensemble à genoux. On fit sur eux plusieurs prières. La reine attendit qu'on dist la messe. Le lord lui donna un baiser et la laissa là. Il s'en alla à la chambre de la reine, où elle vint le joindre quelque temps après. On supplia la reine d'oublier, dans ce jour de solennité, ses peines et ses chagrins, de quitter ses habillements lugubres, et de se prêter à un train de vie plus agréable. Elle fit quelque difficulté de se rendre à ces représentations ; mais après une faible résistance, qui étoit plutôt, à ce que je crois, une affectation qu'une vraie douleur, tous ceux qui étoient présents et qui peuvent l'approcher, eurent la permission de lui oster chacun une épingle. Elle fut remise à ses dames ; elle changea d'habillements. Elle n'alla pas se coucher, pour faire connoistre à tout le monde que les plaisirs des sens n'entroient pour rien dans les motifs de son mariage, mais seulement le bien de son pays, et le désir de ne le pas laisser plus longtemps sans un héritier. Des gens méfiants, et portés à donner à tout une mauvaise interprétation, prétendent qu'ils se cognoissoient déjà avant d'en venir au mariage. Le mariage célébré, il s'ensuit ordinairement grande chère et des danses. Toute la noblesse était à leur disner. Les trompettes sonnoient. On annonça des largesses. On jeta beaucoup d'argent aux environs du palais, et ceux qui purent en attraper en profitèrent. Le roi et la reine disnèrent à la même table ; la reine étoit au haut bout, servie par les comtes Atholl, Sewer, Morton, Caver, et Crawford, échanson. Les comtes Églington, Cassilis et Glencairn, rendirent les mêmes offices au roi. Après le disner, ils dansèrent pendant quelque temps, et ensuite ils se retirèrent jusqu'à l'heure du souper. Le souper se passa comme le disner, et fut suivi de quelques danses, après quoi ils allèrent se coucher. Je n'ai point été témoin oculaire de ce que j'écris à Votre Seigneurie, mais elle ne doit avoir sur ceci aucun doute, attendu les voies par lesquelles ces choses me sont parvenues. Je fus mandé pour me trouver au souper, mais je refusai d'y aller. »
Libre du joug que le parti protestant appesantissait sur elle ; délivrée de la tutelle adroite, prévoyante, mais lourde de Murray, la reine révoqua l'exil du comte de Bothwell, qui s'était réfugié en France et qui s'empressa de revenir en Écosse. Elle s'entoura en même temps de Lennox, d'Atholl, de Caithness, des lords Hume et Ruthven, tous alors favorables au catholicisme.
Les partisans de la réforme et le peuple murmurèrent. Des satires, des chansons, des petits livres et des images grotesques furent lancés contre Marie. La caricature était une des armes des protestants en France, dans les Pays-Bas, en Écosse, partout.