Cette injure silencieuse fut la dernière goutte qui fit déborder le vase trop plein de fiel et de pleurs.
Fatigué d'outrages, Darnley se décida enfin à se retirer chez son père, le comte de Lennox. Après un court séjour à Holyrood, il s'éloigna navré d'Édimbourg, car il aimait la reine. Il parcourut, morne et désolé, le vieux chemin mal tracé à travers un pays sauvage, couvert de joncs, de bruyères, accidenté de petites montagnes, éclairé par les reflets blafards des étangs et des marécages. Il n'avait pas fait plus d'une lieue qu'il éprouva de violentes coliques et des déchirements d'entrailles intolérables. Il continua, presque expirant, jusqu'à Glasgow. Les plus habiles médecins furent appelés, et l'un d'eux, Jacques Abernethy, déclara que Darnley était empoisonné. Tous les secours de l'art furent employés, et sauvèrent à demi le pauvre roi. On accusa Marie d'avoir versé elle-même le poison. C'était une calomnie de l'opinion et une erreur de la science. Le roi n'était malade que de la petite vérole.
Dès cette époque, il est vrai, la reine, dans tout le feu de son amour pour Bothwell et de sa haine contre Darnley, s'était liée étroitement aux lords ennemis du roi, à Murray, à Morton, à Huntly, au comte de Lethington : Argill était l'un des plus violents après Bothwell.
Marie les vit à Craigmillar, aux environs d'Édimbourg, où elle s'était retirée pour se distraire un peu de ses luttes intérieures. Mais elle ne trouvait nulle part la paix. Au château de Craigmillar comme à Holyrood on remarqua sa tristesse. Elle secouait en vain sa chaîne d'épouse, cette chaîne ne se brisait pas. Elle pouvait bien être la maîtresse de Bothwell, elle ne pouvait devenir sa femme. De là son abattement. « La maladie de la reine, écrivait du Croc à l'archevêque de Glasgow, consiste principalement dans un chagrin profond qu'il est impossible de lui faire oublier. Elle ne fait que répéter ce mot : « Je voudrais être morte! »
Les lords confédérés, témoins de la douleur de la reine, et tous intéressés à la captiver par ambition, la pressèrent de consentir à deux coups d'État : le divorce, puis l'exil du roi. Elle ne répondit que par des soupirs, que par le vague projet de se réfugier en France, et de confier à Darnley le gouvernement de l'Écosse. « Madame, s'écria le comte de Lethington, nous, les principaux de votre noblesse et de votre royaume, nous ne le souffrirons pas. Nous trouverons certainement le moyen de délivrer Votre Grâce de cet homme… Milord Murray, ici présent, n'est pas moins scrupuleux comme protestant que vous comme papiste, et je suis sûr pourtant qu'il regardera ce que nous ferons à travers ses doigts, et ne dira rien. »
A cette avance voilée, mais terrible, la reine, loin de blâmer, loin de s'indigner, s'enveloppa dans une maxime générale qui était déjà comme une tolérance anticipée de l'assassinat. Elle dit qu'il valait mieux remettre les choses dans la main de Dieu, que de rien essayer dont elle pût se repentir plus tard. « Mais, répondit Lethington, encouragé par l'air de Marie et la mollesse de sa parole, laissez-nous agir, madame, et mener l'affaire. Votre Grâce n'en verra que de bons effets, et le parlement approuvera tout ensuite. »
La fameuse et secrète conférence de Craigmillar ne demeura pas stérile. Les hommes qui en faisaient partie passaient vite de la pensée à l'action. Ils ne perdirent pas de temps.
Bientôt le band pour l'assassinat de Darnley fut rédigé par sir James Balfour, consenti par Bothwell, Lethington, Huntly, Argill. Morton refusa de signer par prudence, Murray par prudence et par conscience. Les scrupules pieux de Murray, autant que son habileté supérieure, l'écartèrent toujours de toute participation directe au meurtre. Le meurtre accompli, il en recueillait les fruits. C'était un presbytérien ambitieux dont un rayon religieux traversait la sagesse profane, égoïste et politique. Cette nuance de l'âme de Murray ne doit pas être omise, car elle se réfléchit dans toute la suite de sa vie.
Ainsi, la reine connaissait le plan homicide et régicide dressé contre son mari. Quelle mesure prit-elle? Aucune. Loin de combattre les lords conjurés, elle était la maîtresse de l'un d'eux, et l'amie de tous les autres!
A ce moment solennel de sa destinée, la pente sur laquelle elle cherche vainement à s'arrêter est devenue trop rapide. Poussée par Bothwell, elle y fait un pas décisif et glisse jusqu'à l'abîme.