La réforme semblait dans un inextricable nœud d'où elle ne pouvait se tirer. Il lui fallait, contre ses doctrines et malgré ses docteurs, devenir une puissante armée, prendre le glaive de bataille.
Calvin n'avait pas hésité à prendre celui de justice, à fonder la juridiction de sa république en condamnant à mort les chefs de l'ancienne Genève, qui l'auraient livrée à la France catholique. Contraction cruelle de salut public, où Genève, pour vivre, se poignarde elle-même. Les Libertins mourants entraînent leur ami, le grand, l'infortuné Servet. (V. la note.)
Toute la réforme italienne, espagnole, qui était à Genève, et dont le rationalisme en rompait l'unité, doit disparaître et fuir. À l'Angleterre, qui brûle les protestants comme raisonneurs (1555), Calvin montre Genève, et dit des philosophes: Ceux-ci ne sont pas protestants.
Loin de contester à l'autorité le droit de sévir, il le reconnaît hautement... Tout pouvoir vient de Dieu. Les rois sont d'institution divine. C'est une vaine occupation aux hommes privés de disputer quel est le meilleur état de police... Si ceux qui vivent sous des princes tirent cela à eux pour révolte, «ce sera folle spéculation et méchante. Bien que ceux qui ont le glaive soient ennemis de Dieu, il a institué les royaumes pour que nous vivions paisiblement sous sa crainte.»
Voilà la doctrine génevoise. C'est dire assez que Genève, la force du parti, comme exemple républicain et comme séminaire de martyrs, en faisait aussi la faiblesse par sa doctrine d'autorité, de respect des puissances.
Le salut vint, je crois, de deux choses par où l'Église protestante, sans s'en apercevoir, s'affranchit de Genève.
Notre noblesse française, ruinée par la cour, par le règne honteux de Diane, gardait peu de respect pour l'autorité tombée en quenouille. Elle se prit d'amour, d'admiration, pour les hommes austères, dont les mœurs faisaient la satire de cette honte publique. Le devoir incarné lui apparut dans Coligny.
D'autre part, le contact de la noblesse d'Écosse, de ses covenant organisés par l'excitateur Knox, bien plus positif que Calvin, modifia de bonne heure la réforme française, et fut un contre-poids au système d'obéissance quand même où persistaient les docteurs génevois.
Et pourtant nulle idée de résistance encore dans la respectable et touchante fondation de l'Église de Paris (1555). L'occasion en fut un baptême. Un gentilhomme, venu de province avec sa femme enceinte, ne voulut pas faire baptiser l'enfant selon le rite qu'il croyait idolâtre. Il demanda un ministre de la parole, le pur sacrement de l'esprit. Cette forte et puissante Église de Paris, qui a tant fait et tant souffert, naît d'elle-même autour d'un berceau (1555).
C'était le moment où Marie la Sanglante, sacrée par un malentendu, ouvrait en Angleterre sa terrible persécution. Un prêtre (précurseur mémorable, prophète et conseiller de la Saint-Barthélemy) prêcha à Saint-Germain-l'Auxerrois l'imitation des saintes ruses qui avaient trompé l'Angleterre: «Le roi, dit-il, devrait un moment faire le luthérien; les luthériens s'assembleraient partout; on ferait main basse sur eux; on en purgerait le royaume.»