On se porta chez le cadi, homme fort respectable, pour lui faire appuyer la réclamation. Sur son refus, on assomma ses gens, on pilla sa maison. On essaya aussi de piller le couvent grec, qui heureusement se défendit. On poignarda sans pitié une malheureuse caravane de vingt malades ou blessés dont l’escorte avait été en route attaquée par des Arabes. Même avant, on avait massacré tout ce qui était dans la maison du général du génie Caffarelli. Il n’y était pas. Mais on trouva là tous les précieux instruments des sciences, appareils de chimie et de physique, télescope, etc., mille choses précieuses, impossibles à remplacer (la mer se trouvant fermée), impossibles à suppléer, sinon par des efforts incroyables d’invention. Le fanatisme avait trouvé là son véritable ennemi, la science, et il ne l’épargna pas, sentant d’instinct tout ce qu’il a à craindre d’elle et de la vérité.
Le général Dupuy, commandant de la place, haï pour sa sévérité, s’étant dès le commencement engagé dans la foule, avait été tué par une lance improvisée (faite d’un couteau) qui lui coupa une artère.
Le Trésor, qu’on attaqua ensuite, était heureusement gardé par un corps invincible, les grenadiers de la fameuse 32e demi-brigade.
L’Institut d’Égypte, sans garde militaire, et dans un lieu fort exposé, se défendit vaillamment lui-même ; ces savants, jeunes la plupart, se préparaient à une lutte désespérée, lorsque la foule, d’elle-même, prit une autre direction.
Bonaparte était absent, mais à peu de distance. Quand il rentra, il trouva déjà trois portes fermées et inaccessibles. Que serait-il arrivé, si les Arabes du voisinage, dont plusieurs étaient, dit-on, envoyés par les Mamelucks, par Mourad-Bey, s’étaient mis de la partie ? Le pillage eût commencé d’être l’affaire principale. Le quartier des juifs, des grecs, des cophtes pendant une heure fut dévasté. L’argent, les bijoux, les femmes, tout était de bonne prise pour ces prétendus fanatiques. Le vaillant général Bon, heureusement, prit le commandement, balaya à coups de fusil les rues principales, refoula la masse dans un seul quartier. Quinze mille, et les plus exaltés, se jetèrent dans la grande mosquée, jurèrent de s’y défendre. Bonaparte, qui arrivait, mit du canon à l’entrée des rues principales, de manière que le centre fût environné, assiégé.
Cependant, vers le soir, les rebelles ne bougèrent plus, attendant probablement les secours qu’on leur avait promis, et que leurs émissaires allaient chercher. De son côté, Bonaparte, ne pouvant enfiler par le boulet les rues tortueuses, étroites, avait à minuit monté une batterie sur une hauteur qui dominait tout et qui n’était qu’à cinquante toises de la grande mosquée.
A l’aube, les quinze mille qui s’y étaient concentrés et voyaient entrer en ville une foule de pillards arabes, se croyaient forts, sans apercevoir qu’ils avaient la mort sur leur tête. Ils ne s’en doutèrent que quand ils virent un obus tomber dans la mosquée, et d’autre part les grenadiers en fermer toutes les issues, de sorte qu’il n’échappât personne. Sous les obus, la mosquée fut bientôt percée à jour, et tout le quartier environnant ne fut plus que ruines.
Bonaparte avait reçu avec une bonté sévère le divan des cheiks, qui demandaient grâce pour la ville. Quoique fort irrité par la mort d’un de ses aides de camp, un Polonais plein de mérite, il donna ordre aux batteries d’en haut de cesser le feu, et même consentit que les cheiks allassent demander aux désespérés de la mosquée s’ils voulaient se rendre. Ils ne répondirent qu’à coups de fusil.
L’arrivée de Kléber, venu d’Alexandrie au Caire pendant l’action, prouva aux habitants que les côtes étaient toujours au pouvoir des Français. D’autre part, les Mamelucks de Mourad, contenus par Desaix, n’avaient pas pu descendre du midi, ce qui avertissait la ville que, ni d’en haut, ni d’en bas, elle n’avait à attendre de secours. Cela n’empêcha pas qu’au faubourg des bouchers, ces gens qui sont souvent sous l’ivresse du sang, s’acharnèrent à combattre à l’aveugle. De plus, à la grande mosquée, plusieurs, étant montés sur les balustrades intérieures qui tournent autour de l’édifice, continuaient de tirer, de tuer.
Jamais en pays musulman, on n’avait vu, après un traitement si doux et si humain, une révolte si acharnée, sans cause. Aussi, d’une part, nos soldats qui avaient perdu beaucoup des leurs ; d’autre part, les cophtes et les juifs, dont les musulmans avaient pillé les maisons, outragé les familles, demandaient une forte répression. En vain. Le général fut inflexible. Il accorda très peu aux vengeances les plus légitimes. On ne vit point les grandes mitraillades de Lyon en 93, ni celles des villes indiennes en 1857.