Le navigateur passa ensuite par le détroit de Van-Diémen, entre la grande île Kiusiu et Tanega-Sima, détroit jusqu'alors mal indiqué, et, rectifiant la position de l'archipel Liou-Kieou, que les Anglais plaçaient au nord du détroit de Van-Diémen et les Français trop au sud, il rangea, releva et nomma le littoral de la province de Satsuma.
«Le coup d'œil de cette partie de Satsuma est charmant, dit Krusenstern. Comme nous en prolongions la côte à une petite distance, nous pouvions voir distinctement tous les sites pittoresques qu'elle nous offrait. Ils variaient et se succédaient rapidement à mesure que le vaisseau avançait. L'île n'est qu'un assemblage de sommets pointus, les uns terminés en pyramide, d'autres en coupole ou en cône, tous abrités par les hautes montagnes qui les environnent. Si la nature a été prodigue d'ornements pour cette île, l'industrie des Japonais a su y en ajouter d'autres. Rien n'égale la richesse de culture que l'on admire en tous lieux. Elle ne nous eût peut-être pas frappés, si elle se fût bornée aux vallées voisines des côtes,—ces terrains ne sont pas non plus négligés en Europe,—mais ici, non seulement les montagnes sont cultivées jusqu'à leurs sommets, mais ceux des rochers mêmes qui bordent le rivage sont couverts de champs et de plantations qui forment avec la couleur brune et sombre de leur base un contraste singulier et nouveau pour les yeux. Nous fûmes également bien étonnés à la vue d'une allée de grands arbres qui se prolongeait le long de la côte à perte de vue à travers monts et vallées. On y distinguait, à certaines distances, des bosquets destinés, sans doute, au repos des voyageurs à pied, pour qui cette route a probablement été faite. Il est difficile de porter aussi loin qu'au Japon l'attention pour les voyageurs; car nous vîmes une allée semblable près de Nangasaki et une autre encore dans l'île de Meac-Sima.»
A peine la Nadiejeda avait elle mouillé à l'entrée du port de Nangasaki, que Krusenstern vit monter à son bord plusieurs «daïmios», qui lui apportaient la défense de pénétrer plus loin.
Bien que les Russes fussent au courant de la politique d'isolement que pratiquait le gouvernement japonais, ils espéraient qu'ayant à leur bord un ambassadeur de Russie, nation voisine et puissante, ils recevraient un accueil moins offensant. Ils comptaient aussi jouir d'une liberté relative, dont ils auraient profité pour recueillir des renseignements sur ce pays alors si peu connu, et sur lequel le seul peuple qui y eût accès s'était fait une loi de se taire.
Mais il furent déçus dans leurs espérances. Loin de jouir de la même latitude que les Hollandais, ils furent, durant tout leur séjour, entourés d'une surveillance aussi minutieuse que blessante et même retenus prisonniers.
Si l'ambassadeur obtint de descendre à terre avec sa garde «en armes», faveur inouïe dont il n'y avait pas d'exemple, les matelots ne purent s'écarter en canot. Lorsqu'on leur permit de débarquer, on entoura de hautes palissades et l'on munit de deux corps de garde cet étroit lieu de promenade.
Défense d'écrire en Europe par voie de Batavia, défense de s'entretenir avec les capitaines hollandais, défense à l'ambassadeur de quitter sa maison, défense... Ce mot résume laconiquement l'accueil peu cordial des Japonais.
Krusenstern profita de son long séjour en cet endroit pour dégréer complètement et radouber son navire. Cette opération tirait à sa fin, lorsque fut annoncée la venue d'un envoyé de l'empereur, d'une dignité si haute, que, selon l'expression des interprètes, «il osait regarder les pieds de Sa Majesté impériale.»