Ce personnage commença par refuser les présents du czar, sous prétexte que l'empereur serait obligé d'en renvoyer d'autres avec une ambassade, ce qui était contraire aux coutumes du pays; puis il signifia la défense expresse à tout vaisseau de se présenter dans les ports du Japon, et la prohibition absolue aux Russes de rien acheter; mais il déclarait en même temps que les provisions fournies pour le radoub du vaisseau et les vivres délivrés jusqu'à ce jour seraient payés aux frais de l'empereur du Japon. En même temps, il s'informa si les réparations de la Nadiejeda étaient bientôt achevées. Krusenstern comprit à demi-mot et fit hâter les préparatifs du départ.
En vérité, il n'y avait pas lieu de se féliciter d'avoir attendu depuis le mois d'octobre jusqu'au mois d'avril une pareille réponse! L'un des résultats que s'était proposés le gouvernement était si peu atteint qu'aucun navire russe ne pouvait plus aborder dans un port japonais. Politique étroite et jalouse, qui allait retarder d'un demi-siècle la prospérité du Japon!
Le 17 avril, la Nadiejeda levait l'ancre et commençait une campagne hydrographique très fructueuse. Seul, La Pérouse avait précédé Krusenstern dans les mers qui s'étendent entre le Japon et le continent. Aussi, le navigateur russe désirait-il lier ses recherches à celles de son prédécesseur et combler les lacunes que celui-ci avait été forcé de laisser, faute de temps, dans la géographie de ces mers.
«Mon plan, dit Krusenstern, était d'explorer les côtes sud-ouest et nord-ouest du Japon, de déterminer la position du détroit de Sangar, auquel les cartes d'Arrowsmith, dans le Pilote de la mer du Sud, et celles de l'atlas du voyage de La Pérouse attribuent cent milles de largeur, tandis que les Japonais ne lui donnent qu'un mille hollandais; de relever la côte occidentale d'Ieso, de tâcher de découvrir l'île Karafouto, indiquée, d'après une carte japonaise, sur quelques cartes modernes entre Ieso et Saghalien et dont l'existence me paraissait très probable; d'examiner ce nouveau détroit et de relever entièrement l'île Saghalien depuis le cap Crillon jusqu'à la côte nord-ouest, d'où, si j'y trouvais un bon port, j'enverrais ma chaloupe pour vérifier le passage encore problématique qui sépare la Tartarie de Saghalien; enfin, d'essayer de passer par un autre canal au nord du détroit de la Boussole, entre les Kouriles.»
Ce plan si détaillé, Krusenstern allait le réaliser en grande partie. Seules les reconnaissances de la côte occidentale du Japon et du détroit de Sangar, ainsi que celles du détroit qui ferme au nord la Manche de Tarakaï, ne purent être faites par le navigateur russe, qui laissa, malgré lui, à ses successeurs, le soin de terminer cette importante opération.
Krusenstern embouqua donc le détroit de Corée, constata pour la longitude de l'île de Tsus une différence de trente-six minutes entre son estime et celle de La Pérouse,—différence qui se trouve rectifiée, chez celui-ci, par les tables de correction de Dagelet, qu'il faut absolument consulter.
L'explorateur russe se trouva également d'accord avec le marin français pour remarquer que la déclinaison de l'aiguille aimantée est très peu sensible dans ces parages.
La position du détroit de Sangar entre Ieso et Niphon étant très incertaine, Krusenstern tenait à la préciser. La bouche située entre le cap Sangar, par 41° 16´ 30´´ de latitude et 219° 46´ de longitude, et le cap de la Nadiejeda au nord, par 41° 25´ 1´´ de latitude et 219° 50´ 30´´ de longitude, n'a pas plus de neuf milles de large. Or, La Pérouse, qui, ne l'ayant pas reconnue, se fiait à la carte du voyageur hollandais Vries, lui donnait cent dix milles. C'était une importante rectification.
Krusenstern n'embouqua pas ce détroit. Il voulait vérifier l'existence d'une certaine île, Karafouto, Tchoka ou Chicha, placée entre Ieso et Saghalien sur une carte parue à Saint-Pétersbourg en 1802, et basée sur celle qu'avait apportée en Russie le japonais Koday. Il remonta donc, à petite distance, la côte de Ieso, en nomma les principales indentations, et s'arrêta quelque peu à la pointe septentrionale de cette île, à l'entrée du détroit de La-Pérouse.
Là, il apprit des Japonais que Saghalien et Karafouto ne font qu'une seule et même île.