En 1665, Pierre Allix, le père, fut remplacé par Elie Benoist, alors ministre à Sainte-Escobille (Seine-et-Oise), qui céda ce poste à Pierre Allix, le fils, depuis ministre à Charenton. Elie Benoist resta à Alençon jusqu'à la révocation de l'Édit de Nantes, dont il a écrit l'histoire. On lui donna pour troisième collègue, en 1669, Pierre Mehérent de la Conseillère, gentilhomme de race normande, prédicateur tempétueux qui eut, comme lui, maille à partir avec le P. de La Rue.
À l'occasion de la présentation de ce ministre, on vit se produire un fait qui montre combien le zèle des protestants d'Alençon s'était refroidi. Cette église, au synode de Normandie, tenu au mois de mai de cette année, fut notée comme n'ayant pas acquitté sa contribution à la caisse synodale, et pour ce fait, la nomination définitive de la Conseillère au poste de troisième ministre à Alençon fut suspendue jusqu'à ce que la contribution en souffrance fût payée[10].
On ne doit pas s'étonner que, dans ces circonstances, le mouvement des abjurations soit devenu de plus en plus actif. Quelques-unes, plus ou moins intéressées, donnèrent même lieu, dès cette époque, à plus d'un abus. Il ne paraît pas que l'archevêque de Narbonne ait été mêlé à aucune affaire de ce genre et que, par là, il ait donné occasion aux attaques calomnieuses de Blessebois. Occupé des affaires de son frère, accablé par le coup de foudre qui avait atteint toute sa famille, il ne chercha pas des diversions à ses chagrins dans l'activité extérieure. Il se renferma dans l'accomplissement, de ses devoirs d'archevêque, qu'il ne cessa pas de remplir avec le zèle le plus méritoire. Il fit promulguer, en 1671, les statuts du synode du diocèse de Narbonne qu'il avait présidé en 1661, et qui témoignent de sa sagesse.
Il fonda à Narbonne un hospice pour les incurables, une maison des sœurs de la Croix, pour l'instruction des jeunes filles, un séminaire pour les clercs et des missions pour l'instruction des fidèles.
Quoique menant une vie très retirée, il avait à Alençon un train de maison assez complet.
Il avait conservé leurs gages à ses officiers; il avait plusieurs aumôniers, et l'un d'eux, l'abbé Desvignes, pouvait célébrer la messe dans ses appartements. Son maître d'hôtel, Louis Leblanc, au moment où l'on fit l'inventaire, fit des réserves sur l'argenterie et sur les meubles précieux dont il avait la charge. Il avait deux valets de chambre, six harnois de carrosse et une selle, six chevaux noirs et un gris. Dans les remises et écuries, deux carrosses, dont un grand, à portière de velours rouge, un petit, de velours gris plein et un charriot, une litière et deux harnois pour les mulets, sans compter une chaise à porteurs, peinte avec ses armes et son chiffre, et garnie de damas.
Il avait hérité de son père d'un certain goût pour les arts et les collections. Il avait dans ses appartements une cinquantaine de tableaux, dont trois portraits d'évêques inconnus, un de saint François de Salles et un du père Vincent, plusieurs tableaux en miniatures, la Vierge, une toile représentant Tobie avec quatre figures, un saint Jean prêchant au désert, un saint Pierre, le Ravissement de saint Paul, un paysage représentant une ville et plusieurs navires, probablement le port de Narbonne, plusieurs statuettes en argent doré, une tapisserie de la Savonnerie, contenant un paysage.
La bibliothèque était riche en Bibles, en ouvrages de piété et de théologie, mais renfermait aussi des livres sur la littérature, les voyages, notamment trente petits volumes contenant les Relations de la Chine, un Dictionnaire caraïbe, l'Hydrographie de Fournier, une carte du Canal des Deux-Mers, l'Histoire des ducs de Narbonne, trois exemplaires des ordonnances épiscopales de l'archevêché de Narbonne, les Défenses de Foucquet, une liasse de requêtes de Jean Le Noir, théologal de Sées, un volume sur l'abbaye de la Trappe, un recueil des pièces relatives à la canonisation de saint François de Sales, les bulles de l'évêque de Nîmes[11] qui lui avaient été adressées comme archevêque métropolitain, quatre liasses de lettres relatives à l'administration du diocèse de Narbonne, une autre concernant le collège de la même ville, une liasse d'acquêts faits par le sieur Ballot, ci-devant intendant de sa maison, quatre manuscrits reliés et plusieurs liasses de sermons, etc.
Les objets de luxe et d'agrément ne faisaient pas défaut. Dans le salon, un billard garni de drap vert avec un petit molet d'argent, une montre sonnante à miroir, enchâssée d'ébène, un petit miroir représentant les visages en plusieurs façons, un parasol de damas violet, à manche d'ébène, deux écrans de taffetas de la Chine, garnis de galons d'or et d'argent, etc.
L'acte le plus important qui ait marqué le séjour de l'archevêque de Narbonne à Alençon, est l'acquisition d'une maison destinée aux Jésuites et dans laquelle il passa les derniers temps de sa vie.